3.-taxonomia magister 2012.ppt

Dra. Maria angelica mondacaDepartamento de microbiologiaFacultad de ciencias biologicas

Universidad de concepcion2012

CARACTERIZACION FENOTIPICA

TAXONOMIA

Identificación Caracterización de un organismos

Clasificación organismos en grupos

Nomenclatura nombre

Características fenotípicas morfología Propiedades metabólicas Serología análisis ácidos grasos

Caracteristicas genéticas

1. Ferdinand Cohn (1872) : morfologíacocos, bacilos, espirales

2. Orla-Jensen (1909) : fisiologíaactividad metabólica

3. Orla-Jensen (1909); Kluyver y van Niel (1936): relación evolutiva de las bacterias

CARACTERÍSTICASCLÁSICAS

MORFOLÓGICAS Forma celularTamaño de las célulasMorfología de las coloniasCaracterísticas ultraestructuralesTinción flagelosMecanismo de movilidadForma y localización de endoesporasInclusiones celularescolor

FISIOLOGICAS Y METABÓLICAS

Fuentes de C y NComponentes de la pared celularFuentes de energíaProductos de fermentaciónTipo nutricionalTemperatura de crecimientoLuminiscenciaMecanismo de conversión de energíaMovilidadTolerancia osmóticaRelaciones con el oxígenopH óptimo de crecimientoPigmentos fotosintéticosNecesidad y tolerancia a la salMetabolitos secundariosSensibilidad a antibióticos

ECOLÓGICAS

Ciclo vitalRelaciones simbióticasPatogenicidadPreferencia de hábitatNecesidad de temperatura; pH;Necesidad de oxígenoNecesidad de concentración osmótica

GENÉTICAS

Posibilidad de recombinación porConjugación oTransformación

Plásmidos

Caracteres microscópicos

Bacterial classification

Cell morphology Shapes

Rod Cocci Spiral

Associations Individual Diplo- Staphylo- Strepto-

G+ G- AF WL IC

Bacteria

Rod CocciRod Cocci Spiral

Classification & Diagnosis

Type of colonies Appearance

Color, shape, size and smoothness

On differential media Blood, MacConkey,

Características de las colonias

PigmentaciónSuperficieTamañoFormaProducción de polisacáridooloropacidadconsistenciacambio de color del medio

Características de colonias

Tamaño:Grande diámetro mayor a 1 mmMediana diámetro aproximadamente igual a 1 mmPequeña diámetro menor a 1 mm

ColorBlanco, Crema, Amarillo limón, Negro, etc

SuperficieBrillante, Lisa, Granular, Rugosa

ConsistenciaViscosa, Mantecosa, Friable (se disgrega al tocarla)

Densidad (con luz a través de la colonia)Opaca, Transparente, Traslúcida

AFINIDAD TINTORIAL

Tinción de Gram

Tinción de Ziehl- Neelsen ( Mycobacterium, Nocardia)

Coloracion de Gram

Cristal violetaLugolAlcohol acetonaSafranina

Coloración Zielh - NeelsenColoración Zielh - Neelsen

Growth characteristics Oxygen requirement

Aerobic Anaerobic

Microaerophilic, aerotolerant Facultative

Spore formation Intracellular/extracellular Fastidious/non-fastidious

G+ G- AF WL IC

Bacteria

Rod CocciRod Cocci Spiral

+ spore -+ +/- -O2

Metabolism Utilization of specific substrates

Lactose (Sal/Shi/Yer/)-

Citrate (E. coli-/Klebsiella+)

Production of certain end products Fermentation end products

Acid (acetate, propionic acid, butyric acid etc.)

Acetoin Alcohol Amine H2S

Specialized tests Immunological

O-, H- & K-Ag (serotype) Precipitation, agglutination

Specialized enzymes Catalase--- Staph+. vs. Strep-. Coagulase---S. aureus+ vs. S.

epidermidis-

Oxidase---Neisseria gonorrhoea+

Urease---Proteus+, Helicobacter+

Antibiogram pattern Phage typing Fatty acid profile

Wall structure Gram +

Staphylococcus, Streptococcus, Clostridium, Bacillus

Gram - Enteric

Acid-fast Mycobacterium

Wall-less Mycoplasma

Unusual Obligate intracellular

Rickettsia, Chlamydia

Metabolic differencesCulture characteristics

Selective and differential media can aid in the identification of microbes

Selective media favors the growth of certain types of microbes by inhibiting the growth of others

Differential media contains a substance that certain bacteria change in a recognizable way

Metabolic differencesCulture characteristics

MacConkey agar is both selective and differential Bile salts and dyes inhibit

all but certain gram-negative rods “Selective”

Acid produced by bacteria able to ferment lactose will turn a pH indicator red and form red colonies “Differential”

Metabolic differencesBiochemical tests

Generally necessary for more conclusive identification Most rely on pH indicator or color change when a

compound is degraded

Metabolic differences

Biochemical tests Sugar fermentation

e.g., Lactose, sucrose, glucose, etc.

Fermentation results in acid production pH indicator changes color Pink yellow

Inverted tube (Durham tube) collects any gas produced

Metabolic differencesBiochemical tests

Urease detection Enzyme degrading urea

Urea CO2 & NH3

pH indicator turns bright pink in alkaline conditions

Helicobacter pylori

Metabolic differencesBiochemical tests

Commercial modifications of traditional biochemical tests e.g., APITM system

Fatty Acid AnalysisCells are treated with NaOH and methanol

Fatty acids are released and converted into methyl esters

Methyl esters analyzed via gas chromatography Profile compared

to those of known species