Evaluación de Biologia Sintetica I

7/25/2019 Evaluacin de Biologia Sintetica I

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Autoevaluacin I_______________________________________

Facultad de CienciasUniversidad MayorProfesor: Javier Villacreses

Nombre de estudiante: Diego Alejandro o!a Abar!"a#Colegio: $an Fernando#

%l siguiente documento de autoevaluaci&n 'a sido dise(ado )ara *ue los alumnos )uedanidentificar el avance de sus conocimientos en el transcurso de las clases de iolog+a$int,tica- el material est. dividido en varios +tem con nivel de dificultad de lo m.s sim)le a lom.s com)lejo- con ejem)los gu+a#

Para )oder resolver la informaci&n m.s com)leja- es necesario usar el manual de iolog+a

sint,tica Paso a Paso /one0o'0one1

TEM I

Definiciones.Com)letar cada uno de los conce)tos a continuaci&n#

ADN: .cido deso2irribonucleico- contiene el material gen,tico de los seres vivos#A3N: .cido ribonucleico- )artici)a en la s+ntesis de )rote+nas y act"a de mensajero de lainformaci&n gen,tica#

Nucle&tido: Com)uesto *u+mico org.nico formado )or una base nitrogenada- un a!"car y.cido fosf&rico- es fundamental )ara los .cidos nucleicos#Nucle&sido: mol,cula monom,rica org.nica *ue integra las macromol,culas de .cidosnucleicos *ue resultan de la uni&n covalente entre una base nitrogenada con una )entosa*ue )uede ser ribosa o deso2irribosa#%nlace fosfodi,ster: ti)o de enlace covalente *ue se )roduce entre un gru)o 'idro2ilo en elcarbono 4 y un gru)o fosfato en el carbono 5 del nucle&tido entrante- form.ndose as+ undoble enlace ,ster#6enoma: Conjunto de genes contenidos en los cromosomas- lo *ue caracteri!a a unindividuo#iolog+a Molecular: Disci)lina cient+fica *ue tiene como objetivo el estudio de los )rocesos*ue se desarrollan en los seres vivos desde un )unto de vista molecular#Dogma central de la iolog+a Molecular: ilustra los mecanismos de transmisi&n y e2)resi&nde la 'erencia gen,tica tras el descubrimiento de la codificaci&n de ,sta en la doble ',licedel ADN#7ngenier+a 6en,tica: 8ecnolog+a del control y transferencia de ADN de un organismo a otro-lo *ue )osibilita la correcci&n de los defectos gen,ticos y la creaci&n de nuevosmicroorganismos#iolog+a $int,tica: $+ntesis de ingenier+a de sistemas biol&gicos con funciones nuevas *ueno se encuentran en la naturale!a#3e)licaci&n semiconservativa: Mecanismo de re)licaci&n de DNA en *ue cada una de las

'ebras sirve de molde )ara la s+ntesis de la 'ebra com)lementaria# As+- cada una de lasmol,culas 'ijas tiene una 'ebra de origen )arental y la otra reci,n sinteti!ada#

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8ranscri)ci&n: %s b.sicamente el )aso de ADN a 3NA mensajero gracias a una en!imallamada 3NA )olimerasa y toma de molde el ADN y lo transforma en A3N#Pl.smido: Mol,culas de ADN e2tra cromos&mico circular *ue se re)lican y transmiteninde)endientes del ADN cromos&mico#

Promotor: $ecuencia reconocida es)ec+ficamente )or la 3NA )olimerasa )ara iniciar latranscri)ci&n de una unidad de transcri)ci&n#6en: Part+cula de material gen,tico *ue- junto con otras- se 'alla dis)uesta en un orden fijoa lo largo de un cromosoma- y *ue determina la a)arici&n de los caracteres 'ereditarios enlos seres vivos#8erminador: Conjunto de secuencias *ue marcan el fin de la transcri)ci&n de una unidad detranscri)ci&n#ADN 3ecombinante: 3esultado del uso de diversas t,cnicas *ue los bi&logos molecularesutili!an )ara mani)ular las mol,culas de ADN y difiere de la recombinaci&n gen,tica *ueocurre sin intervenci&n dentro de la c,lula#

96M: 9rganismo gen,ticamente modificado- es a*uella )lanta- animal- 'ongo o bacteria ala *ue se le 'a agregado )or ingenier+a gen,tica uno o unos )ocos genes con el fin de)roducir )rote+nas de inter,s industrial o bien mejorar ciertos rasgos#Vectores: Mol,culas de DNA usadas como trans)orte )ara transferir nuevo materialgen,tico a una c,lula#%n!ima: Prote+na soluble )roducida )or las c,lulas del organismo- *ue favorece y regula lasreacciones *u+micas en los seres vivos#%n!imas de 3estricci&n: $on a*uellas *ue )ueden reconocer una secuencia caracter+sticade nucle&tidos dentro de una mol,cula de ADN y cortar el ADN en ese )unto en concreto-llamado sitio o diana de restricci&n#

ADN igasas: es una en!ima de ti)o ligasa *ue forma enlaces covalentes entre el e2tremo5; de una cadena )olinucleot+dica y el e2tremo 4; de otra cadena )olinucleot+dica#$itio de 3estricci&n: $itio de reconocimiento- donde la en!ima de restricci&n identifica unasecuencia de nucle&tidos dentro de una mol,cula de ADN y cortar el ADN en ese sitio#Abstracci&n: Ca)acidad de combinar distintas )artes )ara formar el sistema biol&gico delbiobricN de una secuencia de ADN con un tama(o ??@)b y una clonaci&nmolecular conce)tual en un )l.smido- en base a lo a)rendido 'asta a'ora en clases#

Secuencia I

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>gi|597569519|gb|KJ094314.1| Aristotelia chilensis

virus 1, co!lete c"s

8668A8CA6A6CCA8AA6A88AA68C886CA86AAAACC8C8AC86888CACAAA8888C86AA66AAAC

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A886AC66C888AAAA68CCAA68CCA6A886886686CAAC8CAA688CAA6AAAC888866A6C8AC8

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A8888C88CA6AA66AAAACCA6888A868C88CCAA6ACAA8AC866CCACAA68AC88C6ACACA868

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A6C8CAAACAAA6A8886AAAA86686A88CA88668866A88AC8A66A6AACC88C866CAAA8886A

C8A88AC68CAA88A866AACACC8CCAAAA6AAAA6AAAACCA8AAC8CAACCA868AA8CC8CCCAAA

AAA8ACCAACCACCACAAAACAA6A6CCAACCA8CCC8CA8CCC88AC8ACAAAAA66C8C88AAACA88

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6888CC8CC8C886AACCA8886A86A8CCACAAAA6CAC88CCACCACAA6866AAA68C8C86C8CC6

AC8ACCA6A6AACCAAA866A8CAACAA6A6C8A888CACAA6C66AA6C868CC8AAA8866CAA8CCC

A6AA86C86C8CAACA6AA8AAA8A8C8CCAAAAAA886A866AAA8CAACAAC6C8886AAA6AAA6C8

86A8668ACACA8668CC8A8CA88ACCC8CA6A6AACACA886C88C8C8ACA8AA66A6A88C8CA6CC88A8CCACCAACAAA6ACCA888A888C8CAA6AAA6A6A6A8AAAC6C8C88AAA6C8CAA8866AA6

A8A88ACCA6AA6AACA6CACA6CA6CA8CAAACCCC8CCA8C6A8A8A8ACA6ACAA8CC888866A86

68CAAC68C868AAC868CCC88C888C8ACCCCAAAA888C8CA6CCA88A8C86A86ACCA6AAAAAC

8886AAA6AC8A88866C8CCACA8CCA868A888CACACCA6A66A68AC6C8CAAAA6C8CAACCC8C

CCA6AAA6AC6AA6CCA66A68AAAACAA6888A8688CCAAAA6AAAAA8CCAAA66AA8A68CA8CA6

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AA6CA6ACAAAAC88CCA6AA688888CCA6C8CAAA886A88C6ACCAC86A88888C86AC8C8ACCA

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A8CA8C88CAAC88C88A8CA66C8CC86CCCC8CCA6AA66AACA6886AA6A8CCAA886AA6AA6A8

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A8CACCAC8ACCA6866AA668CA86CCA888668C8CAAAACA6C6CCA8CC88688CCAAAA66CAA8

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C86AAAA6AAAA86A8CA88668ACA6A6AC86886A888CC8C668A86CACA8CCACAAA66ACA68A

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A686A86AA8A88666666CCA8CC8CC886AA6AAA6A6ACAA8CACA66CA6A8A8686668ACAA6A

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6866ACA888CAAA6AC8CA6AAAA6CA88A8CAC8C8AC888CAAA6A6A88C886C868CAAAA6A66

AA8A6AAAA688CCA6A8ACA8C86A8866CCA8CA8888CA6A8B6AAA866ACA868CC8C8888CCA

C68A86C8ACAC88CAAACA6AA6AC8A88CCAAA88CACAAC88C8CA6A8666C8AA8668888C8A

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A66A6868CC668C88CACCCA6AC8ACCC888CA8CCAAAC888868888CC88CCA6AC888A8CC8C

ACAAAACCAA88C8C86888CC888668A888AC88A6868CCACAC8A8CAC8888CAAA8ACCA68CA

C8ACC888C8C8ACAA6A886A8CAAA8C8886CC8CAAAA66AA8888CCA8CCCCAA8ACACCA88AC

CCAACCA6ACC886A8AA8CAAC8A8C888CA86AAAACA88C88A6AA866888CACCCAC88CA8866

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888A86CCA8868C88C888ACAA66CA8688888CA8CA8CA6C888CCAACC8CA8888CA86CCAAA

a secuencia de ADN )ertenece a )arte de un virus de una )lanta nativa c'ilena- el ejercicio

consiste en co)iar esta secuencia y reali!ar un an.lisis de restricci&n 7n $ilico )or internet-en la siguiente )agina- 'tt):ncE#neb#comN%cutterE

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%l an.lisis *ue obtienen- es un an.lisis de restricci&nen el cual )ueden observar los distintos sitios de restricci&n )resentes en su secuencia#

Posteriormente a identificar todos los sitios de restricci&n )resentes- se eligi& las en!imas

*ue flan*ueaban el CD$ de la secuencia )roblema: sr67- )a7#

Para generar una digesti&n en l+nea debemos )resionar Custom digest.

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%n la siguiente ).gina deben seleccionar las en!imas elegidas: BsrGI, HpaI- y)osteriormente )resionar digest

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%l resultado siguiente les mostrar. las coordenadas donde las en!imas de restricci&nelegidas cortaran la secuencia )roblema- en este caso liberando el CD$ )resente en lasecuencia#

Presionar Vie Gel#

%l )resionar Vie gellos llevara a la re)resentaci&n gr.fica de un gel en l+nea#

Nota: Para *ue su gel se vea de la misma manera deben seleccionar en Gel t!pe: "#agarose,en la o)ci&n Mar$er/marcador molecular1: "$% dna ladder#

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&esultado final.

%l resultado del an.lisis de restricci&n muestra 4 bandas de distintos tama(os /)esomolecular1- el cual va a liberar el cds )ara clonaci&n molecular en )l.smidos#

A continuaci&n se muestra un es*uema de la clonaci&n del fragmento en un )l.smidocomercial- com)letar las )reguntas del ejercicio final#

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'(T): %ste es*uema es un ejem)lo de lo *ue tienen*ue dibujar Uds# a )artir de los resultados conseguidos en el siguiente ejercicio#

E*ercicio.

3eali!ar el mismo )rocedimiento de an.lisis de restricci&n )ara la siguiente secuencia de?G5E)b- cortando el CD$ mas grande *ue se encuentra dentro de la secuencia )resente yes*uematice su clonaci&n molecular en un )l.smido de 45H)b#

3es)onda a las siguientes )reguntas#

Iu, en!imas se usaron )ara cortar el fragmento de ADN con el CD$ m.s grande ycu.l es su tama(oK

ICu.l es el )eso molecular final del )l.smido con el gen/CD$1 incluidoK

Secuencia II

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ITEM III

asado en la lectura del ca)+tulo de iolog+a $int,tica A)licada del manual de iolog+a

$int,tica Paso a Paso /one0o'0one1- desarrolle su )rimer circuito biol&gico#