Febrero, 2009 Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas R. Simon.,...

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Sistemas de informacion para la Red Latinpapa: Avances y perspectivas

R. Simon., C.Aliaga.,L.Rojas.,V.Hualla y E.Salas

Mejoramieto de germoplasma y de cultivos (GECI) y Unidad Informática para la Investigación (RIU)

Colaboradores

GECI RIU E.Mihovilovich R.Simon W.Amoros V. Hualla M.Gastelo C.Aliaga G.Burgos L. RojasM. Orrillo S. Trebejo B. Ordoñez

Training A. Puccini M. Miky

Plataforma Información

- Avances 2008

- Sitio web

- Catalog web y CD

- Manejador de tareas

- Migracion a nuevo hardware y upgrade de software

- Revision de herramientas para manejo de datasets y analisis de datos (CIPPEX/CIPSTAT)

- Planes 2009

- Arquitectura de plataforma CIPPEX/CIPSTAT revisada

- Elementos

Página Web RedLatinpapa

FASE 1

- Se diagramó la web usando la Herramienta Wiki Confluence.

- Se clasificó la información según área de interes y se colocó en la web.

Ventajas

- No se necesita de un programador para aumentar o actualizar contenidoen la web.

FASE 2 Se construyó el catálogo de clonesusando PHP y MySQL (opensource) - Se recopiló información de SETs y de CIPPEX.

-Se programó el motor de búsquedaspara variables cuantitativas y cualitativas

Objetivo Primer año:

•Actualización de la información de Sets y Harvest Plust en CIPPEX: Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.

•La información de 101 Clones avanzados de GECI han sido migrados al Catálogo digital de la RED.

Base de Datos

http://research.cip.cgiar.org/redlatinpapa/pages/home.php

Productos Primer año: 101 clones avanzados en Catálogo digital

JIRA: herramienta para manejo de tareas

“Features”:

-Disenado para tareas cumplidas

-Posibilidades de monitoreo de avances

-Alertas

-Reportes

-Integracion con Sitio web

Entrenamiento en JIRA: herramienta para manejo de tareas

Hacemos click en “Create New Issue” para crear una nueva tarea

Pre breeding and Citogenic

Objetivo Segundo Año:

* Actualizar la información de Virus, Tizón Tardio y Pre mejoramiento en CIPPEX : Libros de campo, datos de lab de procesamiento, lab de calidad y fotos.

•La información de 200 Clones avanzados de GECI estarían a dispocisión de los socios a través del Catálogo digital de la RED.

•Herramientas CIPPEX/CIPSTAT a disposicion de socios

Contribucion CIP

-Nuevo servidor

-Ultimas versiones de software

-Finalizar: Marzo 2009

Beneficios:

-Mas rapido

-Nuevas posibilidades: p.e.

-Edicion de paginas web del sitio de Red desde Word

Migracion a nuevo hardware y software

Principio: facilitar generacion de nueva informacion (sinergia)!

Criterios:

-Balance entre centralizacion y manejo local

-Compartir datos y protocolos (de ensayos y analisis)

-… pero no depender ‘demasiado’ de connexion a la internet

-Objetivos:

-Herramientas para cada un socio

-Herramientas para la red de socios

-Transparencia para datos y analisis

Revision de herramientas CIPPEX/CIPSTAT

Planes 2009: vision de arquitectura

“Kits” para uso local

Herramientas compartidos

Manejo de datos

Control de calidad de

datos

Analisis

Catalogos

Repositorio de datasets

Integracion de datos

Reportes estandarizados de datos

Capacitacion:Buenas practicas compartidas

Planes 2009: implementacion de arquitectura

“Kits” para uso local

Herramientas compartidos

Manejo de datos

Control de calidad de

datos

Analisis

Catalogos

Repositorio de datasets

Integracion de datos

Reportes estandarizados de datos

Capacitacion:Buenas practicas compartidas

Formspe.e ICG

Uso demetadatos

yotros

Programasestadist.

Kit de 2008

CIPPEX 2.0:un dataset = publicacion

Data marts: p.e. biomart

R y ‘reportes reproducibles’(con ‘Sweave’)

DocumentacionEventos de capacitacion

Planes 2009: Repositorio CIPPEX 2.0

Ejemplo: pagina web en el mismo ‘Confluence’

Features:

-Atribucion de origen

-Facilitar citacion formal

-Historial de cambios

-Alertas de ‘updates’

-Control de acceso

-Facilitar integridad de datos

-Control de calidad

Planes 2009: Integracion de datasets optimizado para consultas

biomart (e otros…)

Demo: video

Planes 2009: Reportes reproducibles

Demo: video