View
53
Download
0
Category
Preview:
DESCRIPTION
Genoma. Nucli. Teixit. Cél.lula. El cromosomes contenen les instruccions necessàries per viure i reproduir-se. Els cromosomes són els volums d’una enciclopèdia anomanada Genoma. Les lletres, les paraules i les frases com són?. Cromosomes: les lletres. Base. Dues cadenes de DNA: - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Genoma
• Els cromosomes són els volums d’una enciclopèdia anomanada Genoma.
Cél.lula
Nucli
Teixit
Les lletres, les paraules i les frases com són?
• El cromosomes contenen les instruccions necessàries per viure i reproduir-se.
Cromosomes: les lletres
Llavors un cromosoma serà:... A T A G G C T A C G C A A A C C G G T C T A ...
Dues cadenes de DNA:• alfabet quatre bases { A, C, G, T}• complementàries (A T, G C)
Base
Quina mida pot tenir?
Cromosomes: longitud
El genoma ve a ser unes 24 enciclopèdies
En promig, la llargada d’un cromosoma humà es com...
Sense fotografies, ni mapes, ni símbols de puntuació, ni espais en blanc … i tant sols amb quatre lletres A,C,G,T
Cromosomes: activació d’una instrucció
Traducció
Transcripció
Maduració
DNA:
Promotor GenDNA:
(gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada)
DNA:
RNA:
RNA:
Cuiner de les Torrades amb mantega i melmeladaPROTEÏNA:
Predicció dels llocs d’unió
DNA:
Promotor GenDNA:
(gana matí estiu) (Torrades amb mantega i melmelada)
DNA:
Com es poden predir?
Predicció dels llocs d’unió
Promotor GenDNA:
DNA:
Experimentalment es troben els llocs d’unió
atgagtcagagtttatctctgagtcacatcagcagctgagtcatgatgagtcatgctggtgactaagcagtcacgcttgg Què tenen en comú?
Predicció dels llocs d’unió
Es busca el millor alineament atgagtcacagtttatctctgagtcacctcagca gctg tgtcatgatgagtcatgctg ctgagtcacgcttgg ** ****
Obtenim el perfil que s’expressa amb la matriu
#a: 1 0 0 3 0 0 0 4 0#c: 3 0 0 0 0 0 4 0 3#g: 0 0 4 0 4 0 0 0 0#t: 0 4 0 1 0 4 0 0 1
Predicció dels llocs d’unió
La predicció es fa a partir de la matriu i se li assigna un pes
#a: 1 0 0 3 0 0 0 4 0#c: 3 0 0 0 0 0 4 0 3#g: 0 0 4 0 4 0 0 0 0#t: 0 4 0 1 0 4 0 0 1
La predicció …c t g a g t c a c… és molt bona
La predicció …c t g t g t c a c… és prou bona
La predicció …c t g t g t c a t… és regular
Predicció dels llocs d’unió: PROMO
ALGGEN: algorithmics and genetics group
Predicció dels llocs d’unió
Primera qüestion que cal resoldre:#a: 1 0 0 3 0 0 0 4 0#c: 3 0 0 0 0 0 4 0 3#g: 0 0 4 0 4 0 0 0 0#t: 0 4 0 1 0 4 0 0 1
Quin model estadístic em pot asegurar la rellevància de les matrius que calculem?
Es significativa la matriu ?
atgagtcagagtttatctctgagtcacatcagcagctgagtcatgatgagtcatgctggtgactaagcagtcacgcttgg
L’hem extret de alinear les seqüències
Ho estem investigant!
Predicció dels llocs d’unió
Segona qüestion que cal resoldre:
Són significatius els llocs d’unió trobats? Suposem que busquem en una seqüència de 1000 basesamb una matriu de longitud 4 i en trobem tres
Era d’esperar?
En una seqüència aleatòria de longitud 1000 hi ha 996 mots de longitud 4,
Hi ha 256 mots diferents de longitud 4, llavors
trobar-ne tres no és estadísticament significatiu!
Predicció dels llocs d’unió: PROMO
ALGGEN: algorithmics and genetics group
CONCLUSIOEls models estadístics són necessaris per estimar la
fiabilitat de les dades
Recommended