IBt/UNAM Nomenclatura. Reactividad del esqueleto. Desnaturalización. Daño y reparación....

IBt/UNAM

•Nomenclatura.•Reactividad del esqueleto.

•Desnaturalización.•Daño y reparación.•Enzimología básica de Acidos Nucleicos.

•Secuenciación y síntesis de Acidos Nucleicos.

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

IBt/UNAM

Acidos Nucléicos (estructuras)

•Papel moderno de DNA y RNA.

•Fuerzas que intervienen. •Flexibilidad y polimorfismo del DNA.

•Topología.•Acidos Nucléicos y Genomas.

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Acidos Nucleicos

Bioquímica y Biofísica

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Nomenclatura. Notación. Tipos de bases. RNA vs. DNA

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

Tautomería

Bases Raras

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

Reactividad del esqueleto.

H+, OH- (RNA vs. DNA).

Fragilidad mecánica y sus implicaciones.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

Reactividad del esqueleto.

Despurinación. Metilación. Desaminación. Implicaciones de sustitución en anillo en la reactividad del esqueleto.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Desnaturalización. Tm (Composición de bases, efecto de sal).

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Desnaturalización. UV. Hipercromicidad

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM •Hibridación. Fenómeno notable. Utilización.

Acidos Nucleicos (bioquímica y biofísica)

•PNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Hibridación multiple en chips

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

– Secuenciación y síntesis de Acidos Nucleicos.•Síntesis: Problema básico resuelto (fase

sólida, grupos protectores, automatización. Dinámica de la síntesis comercial). DNA vs. RNA.

•Secuenciación: Métodos originales. Método actual. Métodos futuros.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Síntesis Química de DNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Secuenciación Enzimática

Estado del arte: electroforesis capilar

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM Desarrollos futuros

• Degradación enzimática (procesiva) de moleculas individuales. Depende de la detección de una sola molécula

• Detección electroquímica (canales en membranas) del paso de una sola molécula.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

– Daño y reparación. Enzimología importante. Motor de la evolución.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

– Enzimología básica de Acidos Nucleicos.• Nucleasas (inespecíficas, restricción,

dependientes de estructura o estado). Nick. Gap.• Fosfatasas, cinasas.• Ligasas• Metilasas.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

• Papel moderno de DNA y RNA. (Papel primitivo. ¿Por qué la pregunta?)

• Estructura clásica del DNA. (¿Cómo sabemos que es así? Watson y Crick fué un modelo satisfactorio.)– Medidas.

– Complementaria.

– Antiparalela.

– Implicaciones de la estructura propuesta.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAMLibertad Conformacional

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Estructura de Acidos Nucléicos: Fuerzas que

intervienen. • (¿Serán las mismas que en proteínas?).• Hidrofobicidad y apilamiento (stacking).• Puentes de hidrógeno

(complementaridad estérica y dirección). Implicaciones que perfilan estructuras alternativas.

• Fuerzas electrostáticas. Realmente desestabilizan. (Pensar consecuencias)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Stacking

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Apareamiento de Bases

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Flexibilidad y polimorfismo del DNA.

• DNA A.

• DNA Z.

• DNA H.

• Bending y kinking.

• Polimorfismo e interacción proteína-

DNA. (Contenido informacional de los

surcos).

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM DNA B DNA A

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

DNA B

DNA A

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

DNA Z

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM Telómeros

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Interacción Proteína-DNA

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM• Loops. Cruciformes.

• Lineal vs. circular (círculos efectivos).• Superenrrollamiento.

Topología.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Superenrrollamiento

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Superenrrollamiento

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Superenrrollamiento

Al disminuir L, se facilitan los procesos de replicación y transcripción.

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

Superenrrollamiento

IBt/UNAM

Estructura de RNAs (tRNA y rRNA)

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

RNA de transferencia

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

IBt/UNAM

RNA ribosomal

Acidos Nucleicos (Sección Bioquímica)

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Acidos Nucléicos y Genomas• Diversidad de tipos y tamaños.

• Avance sostenido de la ciencia genómica