La Coalescencia. wooding/TreeToy/ Mozilla Firefox

La Coalescencia La Coalescencia

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Especiación incipiente en el género Orestias en el Altiplano sur

Jimena Guerrero Fabiola Peña

O. chungarensis

O.laucaensis

O.piacotensis

O. parinacotensis

10 etapas:

1. Obtener las secuencias

2. Alinear las secuencias

3. Sitios Polimorficos

4. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)

5. Realizar el test D de Tajima (y otros)

6. Construir la red de haplotipos (network)

7. Inferencia demográfica a partir de la mismatch (crecimiento instantáneo)

8. Inferencia demográfica en base al modelo de crecimiento exponencial

9. Detectar variaciones de la taza de coalescencia visualizando una genealogía

10. Conclusiones

BEAST

Lamarc

Abrir Orestias.nex

Etapa 4. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)

1. Número de sitios polimórficos S

2. Número de haplotipos K

3. Diversidad H = 1 - pi2 (pi

2 : frecuencia del haplotipo i)

4. Número promedio de diferencias entre 2 secuencias

Etapa 5. Realizar el test D de Tajima (y otros)

Estadística de Tajima (D) = 2Ne

1

1

1)(

n

i iSE

E() = sensible a las frecuencias

2 estimadores de :

sólo al número de mutaciones

D 0 equilibrio mutación-deriva

D > 0 faltan haplotipos raros (cuello de botella)

D < 0 exceso de haplotipos raros (crecimiento)

)(n

n

aSVar

aS

D

Etapa 6. Construir la red de haplotipos (network)

Generar orestias.rdf

orestias.rdf

Etapa 7. Construir la distribución del número de diferencias entre pares de secuencias

Rogers and Harpending 1992 (pdf)

8. Inferencia demográfica en base al modelo de crecimiento exponencial

Paso 1: Copiar “Orestias.xml” en el mismo directorio que Lamarc

Paso 2:

orestia.xml

Paso 3: cambiar parametros

A

G

X

Listo!!!!

A

G

X

. iniciar programa

Paso 5: abrir archivo Nt orestias.xls e incorporar los valores de g y

Paso 6: incorporar el valor de u

(esta vez por sitio y por año)

U = 2.10-8

Etapa 9. Detectar variaciones de la taza de coalescencia visualizando una genealogía

http://evolve.zoo.ox.ac.uk/webapps/skyline.html

t = 0.495 x 1/u

BEASTBayesian Ecological Analysis of Statistical Trends

Estudio de caso N°4:

Conectividad en Galaxias maculatus

Pilar Salinas

Maculatus.nex (2 grupos: lago y Fiordo)

Bajo Pascua

Fiordo

Lago

fiordo lago

K

S

H

Pi

Tajima

Fu

-Network (todos juntos)

-Mismatch y estimacion tiempo expansion cuando relevante

-Fluctuate (lago.phy – fiordo.phy)