Microarreglos: unaforma de entender el feto · CLAUDIA SERRANO, M.D.,MSC MédicaGineco-obstetra y...

CLAUDIASERRANO,M.D.,MSCMédica Gineco-obstetra ygenetistaDirectora médicaycientífica

Genética,confiableeinnovadora

Microarreglos:una formadeentender elfeto

Cariotipo

FISH- q-PCR

Enfermedadesmonogenicas

HGC-a

MicroarreglosSNP´s

NGS

Exoma fetal

Tamizaje

Ultrasonido

Prenat Diagn 2010;30:674–681

Dificultad diagnóstica

15 -20% de malformaciones son cromosómicas

30-40%Enfermedades monogénicas/del-dup

Expresión variable

Fenotipos incompletos

Heterogeneidad genetica yalélica

Prenat Diagn 2010;30:674–681

Comoresuleve elproblema……

• Noes necesario tener undiagnóstico clínico exacto

• Evalúa varias regiones cromosómicas y/oADNde

formasimultánea

• Costos aceptables

• Oportunidad

Genética,confiableeinnovadora

QuéesunMICROARREGLOounARRAY?

Genética,confiableeinnovadora

QuéesunMICROARREGLOounARRAY?

Microarreglo oHibridación Genómica Comparada

Genética,confiableeinnovadora

CómosehaceHGC-a?

Genética,confiableeinnovadora

Cómosehacemicroarreglo+SNP?

Cómosehacemicroarreglo+SNP?

Contaminación materna delamuestraUPDMosaicismoTriploidía

Tipos demicroarreglos

Tipos demicroarreglos

Resolución

Prenatal

Altaresolución

SNP ADN/ARN

ADN

ARN

Genética,confiableeinnovadoraGenética,confiableeinnovadora

HIBRIDACIONGENOMICA

COMPRADAPORARRAYS

MICROARREGLOS:CuentaconSNP´squepermiteneldiagnósticodepérdidadeheterozigosidad(LOH),disomíauniparental(UPD)ycontaminaciónmateraenlas

pruebasprenatales

CARACTERISTICAS CGH-a aCGH OPTIMA CytoScan 750K CytoScan HD

Resolución 160K 160K 750K 2.67MillonesK

MarcadoresSNPs 150.000 148,450 750,436 6,876,796

MarcadoresNoPolimórficos 18.000 18,018 550,000 1,953,246

Resoluciónperdidadelaheterozigosidad (LOH)

NoAplica 5Mb 1Mb 1Mb

Mosaicismo Apartirdel30% Apartirdel30% Apartirdel20% Apartirdel15%

UPD No Si Si Si

ResoluciónDeleciones 1Mb 1Mb 1Mb 10Kb

ResoluciónDuplicaciones 2Mb 2Mb 2Mb 25Kb

PRENATAL 396genes 396genes NoserecomiendaparaDxprenatal

NoserecomiendaparaDxprenatal

Tiempodeentrega 20-30díascalendario 20-30díascalendario 30-45díascalendario 30-45díascalendario

Genética,confiableeinnovadoraGenética,confiableeinnovadora

HIBRIDACIONGENOMICA

COMPRADAPORARRAYS

MICROARREGLOS:CuentaconSNP´squepermiteneldiagnósticodepérdidadeheterozigosidad(LOH),disomíauniparental(UPD)ycontaminaciónmateraenlas

pruebasprenatales

CARACTERISTICAS CGH-a aCGH OPTIMA CytoScan 750K CytoScan HD

Resolución 160K 160K 750K 2.67MillonesK

MarcadoresSNPs 150.000 148,450 750,436 6,876,796

MarcadoresNoPolimórficos 18.000 18,018 550,000 1,953,246

Resoluciónperdidadelaheterozigosidad (LOH)

NoAplica 5Mb 1Mb 1Mb

Mosaicismo Apartirdel30% Apartirdel30% Apartirdel20% Apartirdel15%

UPD No Si Si Si

ResoluciónDeleciones 1Mb 1Mb 1Mb 10Kb

ResoluciónDuplicaciones 2Mb 2Mb 2Mb 25Kb

PRENATAL 396genes 396genes NoserecomiendaparaDxprenatal

NoserecomiendaparaDxprenatal

Tiempodeentrega 20-30díascalendario 20-30díascalendario 30-45díascalendario 30-45díascalendario

Numéricas

Deleciones/duplicaciones

Disomíasuniparentales

Mosaicos

Perdidadeheterocigocidad

Alteraciones cromosómicas

Casoclínico- 66754

27años - G2P1A0Amenaza deabortoExposición aalcoholmoderadoRCIUdesde lasemana 27Ecografías:CIV

66754

Genética,confiableeinnovadora

66754

66754

Casoclínico- 66023

29años - G2P1A0SN:9,5mmHueso nasalhipoplásicoRegurgitación tricuspideaPieequivo-varo bilateralAcortamiento mesomélico extremidadesHidrops fetal

Genética,confiableeinnovadora

66947 45,XY,t(14;22)(q32;q11.2),-22

66947 45,XY,t(14;22)(q32;q11.2),-22

66947 45,XY,t(14;22)(q32;q11.2),-22

Casoclínico- 65422

42años– G1P1A046,XX,t(4;8)(q35;q22)Embarazo de26semanas:RCIU,tetralogía deFallotNIPT:negativo

Tamizar?Dx Invasivo?

NIPT?Seguimiento ecográfico?

Nada?

65422

Madreconcariotipo 46,XX,t(4;8)(q35;q22)

65422 Madreconcariotipo 46,XX,t(4;8)(q35;q22)

63483

Primigestante de 34 años con embarazo de 26 semanas con cardiopatía conotruncal, estenosis pulmonar.

65748

arr(hg18)2p12p11.2(76,865,584-89,129,064)x2-3

64858

Pérdida deheterocigocidad

Mayores a10Mb- Genesrecesivos

65358 Contaminaciónmaterna

TasadedeteccióndeCNV´s segúnlasmalformacionescongénitashalladas

Alteración Deteccióndeanomalías Observaciones Publicaciones

Diagnósticoprenatal 6%

12.000 análisis prenatales5,5%cariotiponormal72%alteraciones<10Mb1,4%alteraciónadicionalalahalladaenelcariotipo1,1%VOUS

Shaffer etal,2012Wou etal.2016

SN >3,5mm 12%(5-20%)6% sinotrasanomalíasestructurales13-20%otrasanomalíasUS2%hallazgossignificadoindeterminado

Leung etal2011Donelly etal2014

Deseomaterno0,3-0,5%1,5%fetossanos

PosiblementeeselRx enlapoblacióngeneraldeRM

Armengoletal2010Wou etal2016

Padresportadoresdealteracionescongénitas 35% Rearreglos balanceados Breman etal2012

Obito fetal 8,2% Liu etal2011

Abortos 40%PRG Sugiura etal2012

Retardo psicomotor,autismoymalformacionespostnatales

20% Camaro etal2010Calou etal2017

• Análisis delainformación prenatalpuede serdispendiosa yhallazgos conimplicacionesdesconocidas• VOUS

• Algunas alteraciones deben ser confirmadas conotras técnicas

• Costos

Limitaciones

Interpretación deresultadosUSanormal

Anormal Normal

Array

Anormal

Cariotipo padres

Normal

NGS- exoma fetal

VOUS

Arraypadres

LOH

Enf recesivas

FISH– q-PCR

Indicaciones

J.Suelaetal./Med Clin (Barc).2017;xxx(xx):xxx.e1–xxx.e8

Indicaciones

1. CUANDOELCARIOTIPOESNORMAL.Cardiopatías,defectosfosaposterior,SNaumentada,múltiplesmalformaciones,labioypaladarhendido,D.E.

2. Cromosomasmarcadores3. Translocaciones“balanceadas”4. Translocacionesnobalanceadas5.Óbitofetalconmalformaciones

Genética,confiableeinnovadora

Microarreglos:una formadeentender elfeto.Familia:asesoramiento genéticoVentajas - LimitacionesConfirmar conotras pruebas

Genética,confiableeinnovadora

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