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MICROARREGLOS DE DNAUNA HERRAMIENTAPARA DETECCIÓN Y DIAGNÓSTICOJORGE RAMÍREZ SALCEDO
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MICROARREGLOS DE DNA
UNA HERRAMIENTA
PARA DETECCIÓN
Y DIAGNÓSTICO
Que es un microarreglo??
Glucosa
2 hr + Glucosa 2 hr + Etanol
RNA total
cDNA
Cy5
RNA total
cDNA
Cy3
Uso principal de los
Microarreglos de DNA
Síntesis de cDNA
Incorporación
indirecta de marca fluorescente
Alexa555
Alexa647
Cy3
Cy5
AISLAMIENTO
DE RNA TOTAL
SÍNTESIS Y
MARCADO
DE cDNA
PREHIBRIDIZACIÓN
HIBRIDIZACIÓN
LAVADO
LECTURA
Cy3 Cy5 +
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
GENE EXPRESSION PATTERNS OF
BREAST CARCINOMAS
DISTINGUISH TUMOR SUBCLASSES
WITH CLINICAL IMPLICATIONS
Therese Sørliea, et al.
PNAS September 11, 2001 vol. 98 no. 19 10869–10874
Arreglo para genes específicos
Ejemplo de hibridización de un chip
diagnóstico para clasificar pacientes
por su firma genética para una patología
MICROARREGLOS DE DNA
PARA DETECCIÓN
DE PATÓGENOS
DNA genómico E. coli
5´ 3´
sonda
DNA genómico C. jeyuni
5´ 3´
sonda
DNA genómico L. monocitogenes
5´ 3´
sonda
DNA genómico Salmonella spp
5´ 3´
sonda
Diseño de sondas
DNA genómico E. coli
5´ 3´
DNA genómico C. jeyuni
5´ 3´
DNA genómico L. monocitogenes
5´ 3´
DNA genómico Salmonella spp
Obtención de DNA marcado
5´ 3´
Hibridización
Ejemplo de hibridización de chip diagnóstico para clasificar bacterias por su firma genética
Formato de chip de 16 retículas
MICROARREGLOS DE DNA
PARA DETECCIÓN
DE OGMs
Exploración – tamizaje
(determinar si el promotor o el terminador están presentes)
BAJA
ALTA
Esp
ecif
icid
ad
del
bla
nco
Blanco específico del Gen
Construcción específica
(no importa la combinación de primers hay que asegurar que esta la construcción)
Blanco específico
(hay que asegurar que el evento esta inserto en la planta de acuerdo a los expedientes de los
desarrolladores, las secuencias que ellos proporcionan)
ORGANISMO ORGANISMO TRANSGEN
2.5 mm
2.5
mm
ORGANISMO ORGANISMO TRANSGEN
Organismo y/o Evento 01
Organismo y/o Evento 02
Organismo y/o Evento 03
Organismo y/o Evento 04
Organismo y/o Evento 05
Organismo y/o Evento 06
Organismo y/o Evento 07
Organismo y/o Evento 08
Organismo y/o Evento 09
Organismo y/o Evento 10
PRUEBA DUPLICADO
Maíz, MON-00810-6
Maíz, MON-00603-6
Maíz, MON-00863-5
Maíz, MON-00863-5
Maíz, DAS-01507-1
Maíz, DAS-01507-1
Soya, MON-04032-6
Soya, MON-04032-6
Soya, DP-356043-5
Soya, DP-356043-5
PRUEBA DUPLICADO
B. thuringensis s. kur-cry1AB
Agrobacterium sp-CP4 cp4
B. thuringensis s. kum-cry3Bb1
E. coli-ntpII
B. thuringensis v. Aiz-cry1F
S. viridochromognes-pat
Agrobacterium sp-5eno3P
E. coli-ntpII
B. licheniformis-gat4601
Glycine max-gm-hra
Maíz-Control Maíz-MON863-5
O P A Tg Tr O P A Tg Tr
Hasta 1000 sondas por arreglo
16 muestras individuales
Idénticas condiciones de:
Hibridización
Lavado
Lectura
Desventajas; se deben procesar
las 16 muestras al mismo tiempo
Prototipo visual para la distribución de sondas
en microarreglos para detección y diagnóstico
Formatos de chip múltiple, para la prueba simultanea de muestras
1000 sondas
16 muestras individuales
1000 sondas
96 muestras individuales
http://microarrays.ifc.unam.mx/
UNIDAD DE MICROARREGLOS DE DNA
UNAM
INSTITUTO DE FISIOLOGÍA CELULAR
Ciudad Universitaria D.F. AP70242. CP04510
Tel. 56225753 FAX 56225630
e-mail jramirez@ifc.unam.mx
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