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Protozoarios
ParameciumGiardia
Índice Introducción Diplomónados y Parabasálidos Euglenozoos Alveolados Estramenópilos Cercozoos y radiolarios Amoebozoos
Introducción o Eucariotas unicelulareso Sin pared celular*oMóvileso No pigmentados *o Diversidad filogenética*o Aerobios*
Madigan M., Martinko, J., Parker, J. 2001. Brock: Biología de los microorganismos. Octava edición. Prentice Hall. Madrid, España. pp 582-583.https://scontent-dfw1-1.xx.fbcdn.net/hphotos-xpf1/v/t34.0-12/11855660_977731985634186_8462130059477915569_n.jpg?oh=709c3b68b7e2e07d8850781c6f539baf&oe=55E4A994
Diplomónados y Parabasálidos Unicelulares Flagelados que perdieron
los cloroplastos Viven en hábitats anóxicos Simbióticamente o como
parásitos Conservan energía por la
fermentación
Cuerpo parabasal ( da un soporte estructural al complejo de Golgi)
Hidrogenosomas para metabolismo anaeróbico
Viven en el tracto digestivo o urogenital de los vertebrados e invertebrados como parásitos o comensales simbiontes
• 2 núcleos de igual tamaño• Mitosomas (mitocondria reducida
que perdió el transporte de electrones, proteínas y enzimas del ciclo de ácido cítrico)
• No hidrogenosomas• No mitocondria• No peroxisomas
Trichomonas vaginalisGiardia lamblia (intestinalis)
Edad del genoma
TamañoMb rRNA Genes Intrones Exones No. de
cromosomasRango de No.
de genes
Rangos de densidad
génica (#Genes/Mb)
Rangos de pseudo-genes
Estado del Genoma
Giardia intestinalis
Más de mil
millones de años
11.2136 17 6,583 >4 >3 5
6,583 a 8,507
(por el momento)
587.0550a
656.779
(por el momento)
>2
5 genomas ensamblados y
reportados(4 nivel contig y 1
nivel scaffold)Whole Genome Shotgun
(WGS)
Spironucleus salmonicida
12.9546 8
8,507 - >14 - No hay
ensamblados >21
1 genoma ensamblado
Whole Genome Shotgun (WGS)
Está en proyecto de secuenciarlo
completamente por medio de una
combinación de 454 y Solexa
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=5738&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/26 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=txid5741[orgn] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/14510 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF393829 (Intrón identificado) Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 2009 Eukaryotic Genomes: From parasites to primates 2nd Edition. John Wiley & Sonss, Inc. (ed) pp. 733-734
DIPLOMÓNADOS
Edad del genoma Tamaño Proteinas rRNA Intrones Exones No. de
cromosomasRango de
No. de genes
Rangos de densidad
génica (#Genes/M)
Rangos de pseudo-
genesEstado del Genoma
Trichomonas vaginalis
Más de mil
millones de años
176.42Mb 59 679
668
1136 RNA-
coding genes
41-65
65 GENES CON
INTRONES
>61
660 815- 98611 344.7172
1354(Anotados) -
1976 (Posibles)
1 Genoma reportado y ensamblado (Permanent
Draft)
6 proyectos
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/258 http://trichdb.org/trichdb/showApplication.do http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2080659/table/T1/ http://trichdb.org/trichdb/showApplication.do http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject?LinkName=genome_bioproject&from_uid=258 https://gold.jgi-psf.org/projects?page=1&Project.Project+Name=Trichomonas&count=25 https://books.google.com.mx/books?id=wxgToEfT1ZQC&pg=PA55&dq=eucariotas+evolucion+millones+de+a%C3%B1os&hl=es&sa=X&ved=0CCAQ6AEwAWoVChMI-pqSjvLSxwIVSco-Ch1kYgcK#v=one
page&q=eucariotas%20evolucion%20millones%20de%20a%C3%B1os&f=false Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 2009 Eukaryotic Genomes: From parasites to primates 2nd Edition. John Wiley & Sonss, Inc. (ed) pp. 732-733 Christian Woehle, Gary Kusdian, Claudia Radine, Dan Graur, Giddy Landan,Sven B Gould 2014, The parasite Trichomonas vaginalis expresses thousands of pseudogenes and long non-coding RNAs
independently from functional neighbouring genes. BMC Genomics 2014, 15:906
PARABASÁLIDOS
EuglenozoosProtozoos flagelados
Incluye varias formas de vida libre así como unas pocas formas parásitas importantes, algunas de las cuales son parásitos de humanos.
La mayoría son pequeños, alrededor de 15-40 µm de tamaño, si bien muchos euglénidos alcanzan los 500 µm de largo.
Genomas secuenciadosCompletos Incompletos Sin datos
13 19 -
Organismo Tamaño
Contenido GC
Numero de cromosomas
Número de genes
Numero de pseudogenes
Genes Ribosomales
Densidad génica
T. Major 32.8 Mb 59.7 36 8209 104 63 250.27
T. brucei 35 Mb 46.4 11 8122 900 16 232.05T. cruzi 89.9 Mb 51 28 25183 3586 219 280.12
Leishmania donovani
27.5 Mb 59 36 8195 51 11 298
Leishmania major
32.8 59.5 36 8312 90 253.41
Leishmania infantum
32.1 59.5 36 8150 91 253.89
Leishmania braziliensis
32 57.3 35 8160 202 6 255
Leishmania mexicana
32.1 59.7 34 8147 102 253.8
Leishmania panamensis
30.9 57.4 35 7711 - - 249.54
Phytomas 17.7 48 - 6381 - - 360.5Crithidia fasciculata
41.2 57 - - - - -
Angomonas deanei
31.6 50.4 - 16936 - - 535.94
Strigomonas culicis
25.4 56.7 - 12083 - - 475.70
Estos son investigados por su papel en la enfermedad humana. Por ejemplo T. brucei es una especie de tripanosoma salival que causa tripanosomiasis africana, conocida también como la enfermedad del sueño en los seres humanos y nagana en animales.
Clase Rangos Tamaño Genes Contenido GC
%Densidad
Génica
Euglenozoa 17.7 – 89.9 Mb
6381 - 25183 46.4 – 59.7 232.05 – 535.94
http://protists.ensembl.org/index.htmlhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Euglenozoa
Alveolados• Un sistema de sacos membranosos, llamados "alvéolos", colocados debajo de la membrana
plasmática (sinapomorfía); los alvéolos pueden estar vacíos (por ejemplo colpodellids y apicomplexans) o lleno de material celulósico (por ejemplo thecate dinoflagelados y algunos ciliados)
• Distintos microporos a través de la superficie celular que funcionan con la pinocitosis.• Orgánulos extrusivas similares.
The Alveolata is a monophyletic group of primarily single-celled eukaryotes that have adopted extremely diverse modes of nutrition,
such as predation, photoautotrophy and intracellular parasitism.
Caracterisiticas
Genomas secuenciados
Completos Incompletos Sin datos
12 48 -
Sub phylum Rangos
Tamaño Genes Contenido GC % Densidad Génica
Apicomplexan 65 - 8.3 Mb 8,657 – 3,671 19.4 – 41.8% 25.5 – 486.14
Ciliados 73.09 – 130.353 Mb
26,996 – 39,581 22.3 – 38.8% 1408.57 – 166.83
Alveolata son un grupo de protistas que incluye; Ciliophora, Apicomplexa y Dinoflagellata. Los miembros de este grupo son de particular interés para la ciencia ya que son la causa de algunas de las enfermedades humanas y ganaderas graves.Organismo Tamaño Contenido GC
%Numero de
cromosomasNúmero de
genesPseudogenes Genes
ribosomalesDensidad
Génica
Apicomplexan Plasmodium falciparum 3D7
22.8 Mb 19.4 14 5268 10 24 231.05
Plasmodium yoelli yoelli
23.1 Mb 22.6 14 5878 - - 254.45
Plasmodium vivax 27.01 Mb 40.7 14 5503 28 42 203.9
Plasmodium knowlesi 23.4 Mb 39.3 14 5162 7 6 220.59
Plasmodium chabaudi 19.8 Mb 23 14 5128 3 - 25.5
Bavesia bovis 8.2 Mb 41.8 4 3671 - - 447.68Cryptosporidium hominis
9.2Mb 31.7 8 3956 - 24 430
Cryptosporidium parvum
9.1Mb 30.3 8 3886 - 15 427.03
Eimeria tenella 51.89 Mb 51.3 14 8657 - - 166.83Theileria annulata 8.4Mb 32.5 4 3792 1 8 451.42
Theileria orientans 9.1 Mb 41.5 4 4058 - 9 455.9
Theileria parva 8.3 Mb 34.1 4 4035 - 9 486.14Taxoplasma gondi 65 Mb 53.3 9 8032 - - 123.56
Ciliados Paramecium tetraurelia
73.09 Mb 28.1 50 y 350 39,581 1 - 1408.57
Tetrahymena thermophila
130.353 Mb 22.3 10 y 200 26,996 - - 207.09
Tetmemena (incompleto)
88.38 Mb 38.8 - - - - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=alveolata
Estramenópilos Heterokontophyta o Stramenopiles
Heteroconto• Células que tienen flagelos de desigual morfología. Los miembros de este filo presentan dos flagelos desiguales, uno
liso y otro con mestionemas.
Fucoxantina• Enmascara el color de las clorofilas a y c, de los beta carotenos y otras xantofilas.
Subfilos• Oomycetes, Diatomeae, Phaeophyceae (Algas cafés), Chrysophyceae (Algas doradas).
Cloroplastos• Poseen cuatro membrana envolventes. Los obtienen por transferencia horizontal de un alga roja.
OomycetesGénero o especie Genoma
(Mb)Estado del
genomaNo. de
cromosomasNo. de genes
No. de genes ribosomales
Cantidad de
pseudogénes
No. de exones
Densidad génica en
Mb
Fuente; Base de datos
Saprolegnia parasitica 53.13 En proyecto - 20435 266 67 - 384.62 NCBI/Genome
Phytophthora infestans 228.54 Terminado 8-10 19344 590 619 49990 84.64 NCBI/Genome
Phytophthora parasitica 82.39 En proyecto - 23240 117 31 - 282.07 NCBI/Genome
Saprolegnia diclina 62.89 Ensamblaje 11-13 17448 89 16 39884 277.43 NCBI/Genome
Hyaloperonospora arabidopsidis 78.89 En proyecto - 14321 260 28 - 181.53 Ensembl/
Genome
Aphanomyces invadans 71.4 Ensamblaje - 15416 167 25 20984 215.91 Ensembl/
Genome
Aphanomyces astaci 75.84 Ensamblaje - 19584 455 218 26724 258.22 NCBI/Genome
Rangos - Oomycetes
Rangos para Oomycetes
Tamaño de genoma (Mb)
No. de genes Cantidad de pseudogénes
Densidad génica
82.39 23240 16 84.64
228.54 14321 619 384.62
• El nombre significa "hongos huevo" y se refiere al oogonio, estructura grande y esférica que contiene los gametos femeninos.
• El grupo engloba especies tanto saprófitas como parásitas, muy vinculadas al medio acuoso.• Presentan una gran importancia económica puesto que engloban a parásitos de plantas vasculares, muchas de
ellas de interés agrícola.
Conidióforo de Hyaloperonospora parasitica
Diatomeae
Género o especie Genoma (Mb)
Estado del genoma
No. de cromosomas
No. de genes
No. de genes ribosomales
Cantidad de
pseudogénes
No. de exones
Densidad génica
Fuente; Base de datos
Thalassiosira pseudonana 32.44 Ensamblaje 27 11771 - 99 - 362.85 NCBI/Genome
Thalassiosira oceanica 69.07 En proyecto - 34500 142 - 50891 374.83 Ensembl/
Genome
Phaeodactylum tricornutum 27.56 En proyecto 34 12178 - 37 42012 441.87 Ensembl/
Genome
Diatomeae
Rangos para Diatomeae
Tamaño de genoma (Mb)
No. de genes Cantidad de pseudogénes
Densidad génica
27.56 11771 37 362.85
69.07 34500 99 441.87
• Muchas diatomeas son unicelulares, aunque algunas de ellas pueden existir como colonias en forma de filamentos o cintas.
• Se hallan rodeadas por una pared celular única hecha de sílice opalino (dióxido de silicio hidratado) llamada frústula.
Thalassiosira pseudonana
Phaeophyceae y Chrysophyceae(Algas cafés y doradas)
Género o especie Genoma (Mb)
Estado del genoma
No. de cromosomas
No. de genes
No. de genes ribosomales
Cantidad de
pseudogénes
No. de exones
Densidad génica
Fuente; Base de datos
Ectocarpus siliculosus 391.72 Ensamblaje 34 16567 - 12 - 42.29 NCBI/Genome
Nannochloropsis gaditana 33.99 Ensamblaje 23 3558 - 4 15,496 104.67 Ensembl/
Genome
Aureococcus anophagefferens 56.66 En proyecto - 11522 - 2 38244 203.35 NCBI/Genome
Nannochloropsis oceanica 27.64 En proyecto 21 5633 5 18233 203.79 NCBI/Genome
Rangos - Phaeophyceae y Chrysophyceae(Algas cafés y doradas)
Rangos para Phaeophyceae y Chrysophyceae
Tamaño de genoma (Mb)
No. de genes Cantidad de pseudogénes
Densidad génica
27.64 3558 2 42.29
391.72 16567 12 203.79
• Presentan una gran variedad en morfología y modos de nutrición; la mayoría son fotoautótrofos, aunque también hay heterótrofos (osmótrofos y fagótrofos). Viven en la mayoría de los lagos y lagunas de aguas dulces limpias y frías, y algunas especies son marinas.
Aureococcus anophagefferens
Cercozoos y radiolarios
• Producen pseudópodos filiformes (filopadios).
• Se alimentan por medio de pseudópodos filiformes
• Fotótrofos
• Incluye clorarachniófilos (fotótrofos marinos con un flagelo) y foraminíferos (marinos con testas o caparazones que contienen carbonato de calcio).
• Heterótrofos
• Marinos
• Tienen pseudópodos filiformes como los cercozoos.
• Testas compuestas de sílice con simetría radial y formadas por una pieza única.
Amphisphaera aoteaBigelowiella natans
Cercozoos
Genero Edad del genoma
Tamaño Mb
GC% Genes Intrones Exones No. De cromosomas
Rango de numero de genes
Rangos de densidad
génica (#Genes/M
b)
Rangos de pseudo-
genesEstado del Genoma
Bigelowiella natans
---- 94.7 45 2630 86 8.8 3
2630 - 9730
27.77 -381.56
5
2 genomas ensamblados
pero incompletos.
Plasmodiophora brassicae
------- 25.5 58.5 9730
4 (por cada gen
de longitud
de 60 pb)
--- --- ---
1 genoma ensamblado
pero incompleto.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=cercozoahttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/822 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/38756 Arne Schwelm, et. al. The Plasmodiophora brassicae genome reveals insights in its life cycle and ancestry of chitin synthases, 2015. Scientific Reports.Bruce A. Curtis, et. al. Algal genomes reveal evolutionary mosaicism and the fate of nucleomorphs, 2012. Nature 492, 59–65.
Radiolarios
Genero Edad del genoma
TamañoMb
GC % Genes Intrones Exones No. De cromosomas
Rango de numero de genes
Rangos de densidad
génica (#Genes/Mb
)
Rangos de pseudo-
genesEstado del Genoma
Radiolarios (en general)
65.5 millones de años
--- --- --- --- --- 800 --- --- --- No se encontraron genomas ensamblados ni reportados
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=radiolaria http://protists.ensembl.org/Multi/Search/Results?species=all;idx=;q=Radiolaria;site=ensemblunithttps://gold.jgi-psf.org/projects?page=1&Project.Project+Name=radiolaria&count=25 Brad Harrub. Apologetics Press : Creación vs. Evolución, Se Reporta la Secuencia Inicial del Genoma del Chimpancé, 2005.
Juan Carlos Raya Pérez, César L. Aguirre Mancilla. El Papel del Silicio en los Organismos y Ecosistemas, 2012. Conciencia Tecnológica, pp. 42-46.
AmoebozoosSubgrupos: o Gymnamoebaso Entamoebaso Hongos mucosos
o Movimiento ameboideo (corrientes del plasma)
o No todos son patógenoso Fagocitano Mayoría unicelulares
Acuáticos y terrestres de vida libre
No son patógenos
Pseudópodos lobulados
Parásitos en cavidad oral o tracto intestinal
Son patógenos
Son móviles en superficies solidas
Viven en materia vegetal en descomposición
• Hongos mucosos celulares (se agregan)
• Hongos mucosos plasmoidales (mov. ameboideo)
o Tamaño del genoma: 11.89-99.59 mb o Número de genomas secuenciados:
o Según AmoebaDB: 19 secuencias completas sin anotar (en proyecto) y 11 secuencias completas anotadas.o Según NCBI 30 genomas completos
o Rangos de densidad génica: .33-3421.5 genes/ Mbo Rangos de pseudogenes: 3 - 693o % GC: 32 - 42% ( APROXIMADAMENTE )
Secuencias completas con anotación en
proyecto
especie fecha tamaño de genoma (Mb) No. Contigs
E. histolytica cepa Rahman 02/02/2011 25.2 20492A. astronyxis cepa desconocida 31/01/2015 83.24 15100
A. castellanii Ma 07/02/2015 79.13 29072A. sp Galka 31/01/2015 79.46 28942
A. sp Incertae sedis 29/01/2015 77.8 7134A. sp T4b-type 31/01/2015 84.38 29688
A. culbertsoni A1 31/01/2015 48.87 5845A. lenticulata PD2S 31/01/2015 59.29 21185A. lugdunensis L3a 29/01/2015 90.59 28971
A. mauritaniensis 1652 31/01/2015 99.59 28966A. palestinensis Reich 29/01/2015 73.61 12659
A. quina Vil3 07/02/2015 76.22 19748A. rhysodes Singh 31/01/2015 65.15 16388
A. triangularis SH621 31/01/2015 94.93 26357E. histolytica DS4-868 04/08/2010 19.76 1180
E. histolytica KU48 17/08/2010 16.68 1172E. histolytica MS96-3382 24/08/2010 19.02 1171
E. histolytica KU50 04/08/2010 11.89 1100E. histolytica HM-1:CA 04/08/2010 17.73 1172
http://amoebadb.org/amoeba/getDataset.do?question=GenomicSequenceQuestions.SequencesByTaxon&display=detail#6
Secuencias anotadas
especie fecha tamaño de genoma
(Mb)
No. Contigs Genes tipo densidad de genes
pseudogenes codificante de
proteinasgenes de tRNA
E. histolytica HM-1:IMSS-B
08/03/2013 12.78 1938 6301 102025.03
E. histolytica HM-1:IMSS-A
18/04/2013 12.29 1685 6325 31942.16
3
E. histolytica HM-3:IMSS
01/04/2013 13.83 1880 7358 31878.82
1
N. fowleri ATCC 30863
05/11/2014 29.62 1124 15731 1751862.2
31
E. nuttalli P19 27/09/2012 14.4 5233 6187 6 2325.2E. moshkovskii
Laredo15/10/2012 25.25 3460 12260 69
2048.02189
E. histolytica HM-1:IMSS
27/11/2009 20.8 1496 8201 272527.95
105
E. histolytica KU27 12/02/2013 15.27 1796 7455 14 2044.5E. invadens IP1 27/11/2009 40.89 1149 11539 412 3421.5 24
E. dispar SAW760 27/11/2009 22.96 3312 8744 1511 2238.9 7A. castellanii str. Neff 18/03/2013 42.02 (supercontig
) 38414973 464
2722.03693
http://amoebadb.org/amoeba/getDataset.do?question=GenomicSequenceQuestions.SequencesByTaxon&display=detail#6
En NCBI hay 30 genomas
secuenciados
especie fecha tamaño de genoma (Mb) codificante de proteinas
genes de tRNA pseudogenes No. De genes de rRNA
Entamoeba histolytica 05-jul-11 20.84 8,342 80 99
Acytostelium subglobosum
31 12,686
Entamoeba nuttalli 15-AUG-2014
14.4 6,193 6
Mastigamoeba balamuthi
48.61
Polysphondylium violaceum
04-AUG-2014
25.72
Physarum polycephalum
30-jun-14 166.47
Entamoeba dispar26-AUG-
200930.63 8,814 3
Acanthamoeba castellanii
14/11/2012
42.02 15,655 682
Dictyostelium discoideum
20-nov-09 34.13 13,892 163
Chr 1: 4.92 12,019 79 13
Chr 2: 8.48 3,431 91 46
Chr 3: 6.36 2,604 79 39
Chr 4: 5.45 2,183 33 23
Chr 5: 5.13 2,030 33 25
Chr 6: 3.6 1,498 87 17
Chr mit: .055564 63 18 2
plásmido nuclear dDp5: .014955
6
no conocido: .19 127 3
• El tamaño de su genoma es de 176.42Mb• Tiene alrededor de 60 000 genes , aproximadamente el doble
que el genoma humano y cerca del límite superior observado hasta ahora para los genomas eucariotas
• Aproximadamente se identificaron 60.000 genes codificadores de proteínas a lo largo de los seis cromosomas. Perdieron intrones.
• Parásito. Causante de thichomonasis una infección de transmisión sexual y se presentan alrededor de 170 millones de casos en todo el mundo al año
• 62% del genoma consiste en genoma repetitivo• Presenta aparentemente 152 genes adquiridos por transferencia
horizontal
ORGANISMO MODELO: Trichomonas vaginalis.
¿Para qué quiere un parásito como Trichomonas vaginalis tantos genes?
.
Borck Biology of Microorganisms 13ª Edition Microbiology pp. 593Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 2009 Eukaryotic Genomes: From parasites to primates 2nd Edition. John Wiley & Sonss, Inc. (ed) pp. 732-733
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