11erer TALLER NACIONAL DE TALLER NACIONAL DE GENOTIPAJE KIRGENOTIPAJE KIR

20142014--2015 2015 Organizadoras: Dolores Planelles & Francisca González-Escribano

Consultor: Carlos Vilches

GRUPO ESPAÑOL DE TRABAJO EN HISTOCOMPATIBILIDADE INMUNOLOGIA DEL TRASPLANTE (GETHIT)

Madrid, 25 de mayo de 2015

Taller KIRTaller KIR

2014/15

PARTICIPANTES TALLER KIR 2014-2015

Nº RESPONSABLE LABORATORIO

1 Dolores Planelles CENTRO TRANSFUSION - VALENCIA

2 Fca. González-Escribano, Cristina Abad H. U. VIRGEN ROCIO - SEVILLA

3 Rafael González Fernández H.U. REINA SOFIA - CORDOBA

4 Ruth López, Florentino Sánchez H.U. Dr. NEGRIN - GRAN CANARIA

5 J. Gonzalo Ocejo-Viñals H.U. MARQUES VALDECILLA - SANTANDER

6 Adolfo Eiras, M Luisa Abad CENTRO TRANSFUSION - GALICIA

7 José Luis Caro Oleas BANC SANG I TEIXITS - BARCELONA

8 Eduard Palou, Carles Serra H. CLINIC - BARCELONA

9 JA.Campillo, M.Muro, AM.García H.CLINICO U. VIRGEN ARRIXACA - MURCIA

10 M.Dolores de Juan Echavarri H. DONOSTIA - SAN SEBASTIAN

11 Olga Montes Ares C.H.U.INSULAR MATERNO INFANTIL, LAS PALMAS G.C.

12 José Luis Vicario, Antonio Balas CENTRO TRANSFUSION - MADRID

13 Marcos González, Luis Marín H. CLINICO U. - SALAMANCA

14 Alberto Torío H. REGIONAL U. - MALAGA

15 Miguel Fernández Arquero H. CLINICO SAN CARLOS - MADRID

17 laboratorios inscritos en 2014, pero dos de ellos no envían resultados.El Hospital Niño Jesús de Madrid comunica su interés el 16/01/2015, pero no participa en el programa HLA-GECLID

CARLOS VILCHES, del H.U. PUERTA DE HIERRO DE MADRID, participa como CONSULTOR

HLA14-5.06β HLA14-5.07β HLA14-5.08β HLA14-5.09β HLA14-5.10β

HLA15-5.01α HLA15-5.02α HLA15-5.03α HLA15-5.04α HLA15-5.05α

HLA-5AB: HLA class I and II DNA typing (Low resolution)2015 round α (envío 20.01.2015)

HLA-5AB: HLA class I and II DNA typing (Low resolution)2014 round β (envío 24.06.2014)

CÉLULAS ANALIZADAS

PLATAFORMA DE RECOGIDA DE RESULTADOS Y ANÁLISIS

FORMULARIO DE RECOGIDA DE RESULTADOS

GENES KIR DE TIPAJE OBLIGATORIO

VARIANTES GENES KIR DE TIPAJE OPCIONAL

2DL5A2DL5B2DL5A+DL5B

3DP1full3DP1del3DP1full+del

2DS4full2DS4del2DS4full+del

A mejorar: Para imprimir y/o guardar el formulario, hay que hacerlo desde el navegador antes de pulsar “Enviar”. Desde Google Chrome es muy fácil: pulsar el botón derecho del ratón y seleccionar la opción “imprimir” (tanto para guardar –seleccionar guardar como pdf-, como para imprimir -seleccionar impresora-)

Confirmación envío formulario

Registro de respuestas en la nube de g oo g le d r iv e

Resumen de respuestas del formularioLaboratorios y Responsables

Análisis de respuestas:Técnicas utilizadas

Análisis de respuestas:

Genes de tipajeobligatorio

Análisis de respuestas:Variantes de

tipaje opcional

A mejorar en Google drive para el análisis automático de respuestas: Permitir sólo una entrada por persona!!!

Ojo!!!!Contador de respuestas no-modificable

Válidas Inválidas

De las 10 células, todas las HLA14-5.β y la HLA15-5.05α correctas

64

3 (60%)1 (20%)

1 (20%)

HLA15-5.01α 18R: 1lab2x,1lab3x (2mal)

HLA15-5.02α 16R: 1lab2x

HLA15-5.03α 17R: 1lab2x,1lab2x (1mal)

HLA15-5.04α 16R: 1lab2x

Células invalidadas para el análisis automático en g o o g le d r iv e

En las células invalidadas se suprimió “manualmente” del Excel la entrada de respuestas incorrectas comunicadas por el laboratorio emisor

•Cuatro laboratorios informaron las variantes de KIR2DS4•Dos laboratorios informaron las variantes de KIR2DL5•Ningún laboratorio informó las variantes de KIR3DP1

•Un laboratorio informó en comentarios el genotipo KIR

•Todos los laboratorios participantes informaron todos los genes obligatorios (ninguno se informó como “desconocido”) de todas las células del Taller

RESULTADOS: Grado de participación

CRITERIOS PARA TIPAJE CONSENSO

•El asignado por el 75% o más de los laboratorios siempre que la participación fuese de más del 75% de los participantes• En caso de duda, se disponía de un consultor experto (Carlos Vilches)• En el CTCV se testaron las 10 células por las 4 técnicas diferentes para analizar la variabilidad inherente al método

•En 9 de las 10 células analizadas se alcanzó un 100% de concordancia en el tipaje de los genes obligatorios.•En la célula HLA15-5.03α se detectó una discrepancia en KIR2DL3, tipadocomo positivo por 14 laboratorios y negativo por un laboratorio.

La concordancia entre las cuatro técnicas analizadas por el mismo laboratorio fue del 100%.

No hubo suficiente participación de los laboratorios para el tipaje de las variantes de KIR2DS4 y 2DL5 y por tanto no se llegó a un consenso.

En todas las células analizadas hubo tipaje consenso en los genes obligatorios.

RESULTADOS: Genotipaje KIR

Los 4 laboratorios participantes en tipaje de las variantes KIR2DS4 tuvieron una concordancia del 100% salvo en la célula HLA15-5.04α, tipada como 2DS4del por 3 laboratorios y como 2DS4full+del por el cuarto.Puede haber alguna terminología confusa: con GenProbe todos los alelos 2DS4 dan positiva una sonda dirigida al exón 4, que identifican como “2DS4*all full length”.La variantes alélicas de 2DS4 que tienen la secuencia completa en exón 5 se identifican como “2DS4*full length Ex.5”, mientras que las que tienen una deleción de 22 pb se identifican como “2DS4*deletion Ex.5”.

1

1

1

3

3

1

g2g71

g18

g6 g5g4

RESULTADOS:Distribución de los genotipos KIR de las células testadas

Identificación asignada según la base de datos de

genotipos KIR AlleleFrequency Net Database,

2015 update

HLA14-5.10βHLA15-5.04αHLA15-5.05α

HLA14-5.10βHLA15-5.04αHLA15-5.05α

HLA14-5.06β

HLA14-5.09βHLA14-5.07β

HLA14-5.08β

HLA15-5.03α

HLA15-5.02α

HLA15-5.01α

HLA15-5.01α

2DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DS2 2DL2 2DL5 2DS3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DS2 2DL23DL3 3DP1full

3DL1 2DS42DL4 3DL2

3DS1 2DS5 2DS12DL52DL4 3DL2

2DL4 3DL23DS1 2DS3 2DS12DL5

Lado centromérico Lado telomérico

Ordóñez et al. Genes & Immunity 2008

Semihaplotipos KIR comunes en caucasoides

HLA14-5.10βHLA15-5.04αHLA15-5.05α

Haplotipos posibles

3DL1 2DS42DL4 3DL2

3DS1 2DS5 2DS12DL5A2DL4 3DL22DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DS2 2DL23DL3 3DP1full

3DL1 2DS42DL4 3DL2

3DL1 2DS42DL4 3DL2

HLA14-5.06βHLA14-5.07βHLA14-5.09β

Haplotipos posibles

2DS2 2DL2 2DL5B 2DS3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

HLA14-5.08βHaplotipos posibles

2DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del 3DL1 2DS4

del2DL4 3DL2

3DL1 2DS4del2DL4 3DL2

3DL1 2DS4del2DL4 3DL2

3DS1 2DS5 2DS12DL5A2DL4 3DL2

HLA15-5.03αHaplotipos posibles

2DS2 2DL2 2DL5B 2DS3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

HLA15-5.02αHaplotipos posibles

2DS2 2DL23DL3 3DP1full

2DS2 2DL2 2DL5B 2DS3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

3DL1 2DS4del2DL4 3DL2

3DL1 2DS4del2DL4 3DL2

HLA15-5.01αHaplotipos posibles

2DL3 2DP1 2DL13DL3 3DP1del

2DL23DL3 3DP1full 3DL1 2DS4

del2DL4 3DL2

3DS1 2DS5 2DS12DL5A2DL4 3DL2

Pyo et al. BMC Genomics 2013, 14:89Población Guinea Ecuatorial (Vilches et al. no publicado)

Agradecimientos:Carmen Martín y Alfredo Corell, de GECLID-SEI, por la cesión de las células del TallerLuis González Palacios, por el soporte informáticoElisa Cisneros, de IIS Puerta de Hierro, por el tipaje de los subtipos de 3DP1Miguel Mainer (Diagnostica Longwood), Itziar Olea (Thermo Físher) y Nuria Montero(Inmuno Hospitalar S.L.), por la cesión de reactivos al CTCV para contrastar el tipaje de todas las células del Taller