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Big data en genómica funcional : su aplicación en estudios de la
carcinogénesis humana
Dr. Martín C. Abba [email protected]. Matias Butti [email protected]
Jornadas de Definición Estratégica en Big Data
Facultad de Ciencias Médicas - UNLP
15/02/2001 16/02/200120/10/1995
Genómica funcional
Disciplina encargada de analizar a nivel funcional la interacción entre genes y/o proteínas mediante aproximaciones
experimentales holística, a escala genómica.
15/09/2005 23/06/2008 21/07/2011
ADNADNARNARN
ProteínasProteínas
Transcriptoma
Aplicaciones en Oncogenómica
Desarrollo de estrategias
terapéuticas
Desarrollo de estrategias
terapéuticas
FarmacogenéticaFarmacogenética
Nuevos biomarcadores
Nuevos biomarcadores
PronósticoPronóstico
Clasificación genómica
Clasificación genómica
ClasificaciónClasificación
Mecanismos moleculares de carcinogénesis
Mecanismos moleculares de carcinogénesis
ProgresiónProgresión
Cooperaciones, pipeline
Diseño experimentalDiseño experimental
ProcesamientoTranscriptomaTranscriptoma
Análisis estadísticoGene expression signatureGene expression signature
Inferencia biológicaInferencia biológica
Análisis funcionalRedes 'sociales' de genesRedes 'sociales' de genes
- Instituto de Fisiología, Biología Molecular y Neurociencia. UBA-CONICET
- Departamento de Fisiología, Universidad Nacional de Colombia, Bogotá, Colombia
- Department of Molecular Carcinogenesis, UT-MD Anderson Cancer Center, TX-USA - Department of Pharmacology. University of Pennsylvania School of Medicine, PA-USA
- Oral and Pharyngeal Cancer Branch. NIDCR-NIH Bethesda, MD - USA
Tecnologías para el análisis de transcriptomas
Métodos basados en la secuenciación de transcriptos
HySeq2000 Ion Torrent
Métodos basados en la hibridación reversa sobre microarreglos
Affymetrix Agilent
Pre-procesamiento: data workflow
Ejemplo: 50 muestras
Bases de datos
Base de datos Primarias de transcriptomas:Gene Expression OmnibusArray Express
InSilico DB
....
Estudio 1
Affymetrix Agilent
Estudio 2
SAGE/MPSS
Estudio 3
RNAseq
Estudio n
Bases de datos Secundarias:Gene Expression Signature database (GeneSigDB) Molecular Signature database (MolSigDB)
Biomarker Platform
www.cancergenomics.net
