CFX96 y CFX384 en tiempo real Sistemas de deteccin de PCR

Manual de instrucciones Catlogo # 184-5384 # 185-5384 # 184-5096 # 185-5096

Copyright 2008 Bio-Rad reproduccin Laboratories, Inc., en cualquier forma, ya sea impreso o electrnico, es sin previa autorizacin escrita de Bio-Rad Laboratories, Inc.

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LICENCIA DE AVISO AL COMPRADOR Bio-Rad en tiempo real termociclador CFX96 o CFX384 es licenciado en tiempo real termociclador (s) bajo los Applera de Patente No. 6.814.934 Estados B1 para su uso en la investigacin y para todos los campos excepto los campos del diagnstico y humanos diagnsticos veterinarios.

Este CFX96 o CFX384 Mdulo de deteccin, cuando se combina con un termociclador C1000 para los que el tiempo real de aplicacin tarifa trmica de regalas ciclador se ha pagado, constituye un termociclador en tiempo real con licencia bajo la patente de EE.UU. No. 6.814.934 reclamaciones y cualquier patente correspondiente en su homlogo canadiense propiedad de Applera Corporation, para el uso exclusivo en investigacin y todos los campos de aplicacin, salvo humano y veterinario en el diagnstico in vitro. Estos derechos de licencia slo son eficaces si el mdulo de deteccin se combina con un termociclador Bio-Rad trmica para que el tiempo real de aplicacin tarifa trmica de regalas ciclador se ha pagado y no con cualquier otro termociclador. Los derechos no se transmiten expresamente, no por implicacin o de impedimento de las patentes sobre mtodos en tiempo real, incluyendo pero sin limitarse a 5 'nucleasa ensayos, o de cualquier patente que reivindique una o kit de reactivos. Para ms informacin sobre la compra de derechos de licencia, pngase en contacto con el Director de Licencias de AppliedBiosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California, 94404, EE.UU.

Este producto est cubierto por una o ms de las siguientes patentes de EE.UU., sus contrapartes extranjeras, o de sus extranjeros patentes pendientes, propiedad de Eppendorf AG: Patente de EE.UU. N 6.767, 512 y 7074367.

Bio-Rad Recursos La Tabla 1 enumera otras Bio-Rad recursos y la forma de localizar lo que necesita: Tabla 1. Bio-Rad recursosRecursoCmo ponerse en contacto

Local Bio-Rad LaboratoriesrepresentantesEncontrar informacin local y los contactos en el sitio web de Bio-Radmediante la seleccin de su pas en la pgina principal(www.bio-rad.com). Buscarla oficina ms cercana internacionalesque aparece en la parte posterior de este manual

Notas tcnicas y la literaturaIr ala pgina web de Bio-Rad (www.bio-rad.com) o GeneExpresin Gateway (www.bio-rad.com/genomics/). Escriba untrmino de bsqueda en el cuadro Buscar y seleccionar informacin para encontrarenlaces alas notas tcnicas, manuales y otra literatura

Especialistas tcnicosDepartamento de soporte tcnico de Bio-Rad est dotada con cientficos con experiencia para ofrecer a los clientes con la prctica y soluciones expertasPara encontrar soporte tcnico local en el telfono, pngase en contactoms cercana oficina de Bio-Rad. Para obtener asistencia tcnica en los Estados UnidosEstados Unidos y Canad, llame al 1-800-424-6723 (nmero gratuito),y seleccione la opcin de soporte tcnico

Convenciones de Escritura Utilizadas en Este Manual

Este manual utiliza las convenciones de la escritura en la Tabla 2.Tabla 2. Convenciones utilizadas en este manual Convencin Significado

SUGERENCIA:Se proporciona informacin til e instrucciones, incluida la informacin que se explican con ms detalle en otras partes de este manual.

NOTA:Se proporciona informacin importante, incluyendo la informacin se explica en mayor detalle en otras partes de este manual

ADVERTENCIA!Explica una informacin muy importante acerca de algo que podra daar el investigador, el dao de un instrumento, o causar la prdida de datos.

X > Y Seleccionar X y Y a continuacin, seleccione desde la ventana de la barra de herramientas, mens o software.

Para obtener informacin sobre las etiquetas de seguridad utilizados en este manual y en el sistema o el sistema de CFX96 CFX384, vase, "La seguridad y el cumplimiento de normativas" en la pgina iii.

Seguridad y Cumplimiento NormativoPara un funcionamiento seguro del sistema o el sistema de CFX96 CFX384, le recomendamos que siga las especificaciones de seguridad que figuran en esta seccin ya lo largo de este manual. Etiquetas de Advertencia de Seguridad Las etiquetas de aviso en el instrumento y en este manual le advertir sobre las fuentes de lesin o dao. Consulte la tabla 3 para revisar el significado de cada etiqueta de advertencia de seguridad.Tabla 3. Significado de las etiquetas de advertencia de seguridad

PRECAUCIN: Riesgo depeligro!Este smboloidentifica los componentesque presentan unriesgo de lesiones personaleslesiones odaos en el instrumento, si no se maneja adecuadamente. Dondequiera queaparece este smbolo,consulte el manualpara obtener ms informacinantes de proceder

PRECAUCIN: Superficie caliente!Este smboloidentifica los componentesque presentan unriesgo de lesiones personaleslesionespor exceso de calorsi no se maneja

Advertencias instrumento de seguridad Las etiquetas de advertencia que se muestra en la Tabla 4 muestran tambin en el instrumento, y se refieren directamente al uso seguro de el sistema o el sistema de CFX96 CFX384. Tabla 4. Instrumento etiquetas de advertencia de seguridad Icono Significado

Advertencia sobre el riesgo de dao al cuerpo o del equipo. Funcionamiento de la CFX96 o CFX384 sistema en tiempo real la deteccin por PCR antes de leer este manual puede constituir un peligro de lesiones personales. Para un uso seguro, no utilice este instrumento de alguna manera no especificada en este manual. Slo el personal de laboratorio cualificado formado en el uso seguro de los equipos elctricos deben utilizar este instrumento. Siempre maneje todos los componentes del sistema con cuidado y con manos limpias y secas

Advertencia sobre el riesgo de quemarse. Un termociclador genera suficiente calor para causar quemaduras graves. Utilizar gafas de seguridad proteccin para los ojos en todo momento durante la operacin. Siempre deje que el bloque de la muestra para volver a temperatura de inactividad antes de abrir la tapa y extraer las muestras. Siempre permiten elmximo autorizacin para evitar quemaduras accidentales piel

Advertencia sobre el riesgo de explosin. Los bloques de la muestra puede calentarse lo suficiente durante el curso de la operacin normal de la causa lquidos en ebullicin y explotar

NOTA: Para obtener informacin acerca de la C1000 termociclador, se refieren a la cicladora C1000 trmica manual de instrucciones. Especificaciones del Uso Seguro y Cumplimiento Tabla 5 se enumeran las especificaciones de uso seguro para el sistema o el sistema de CFX96 CFX384. Cables blindados (Suministrado) debe ser utilizado con este dispositivo para asegurar el cumplimiento de los lmites de Clase A de la FCC. Tabla 5. Especificaciones de Uso Seguro

Requisitos deUso Seguroespecificaciones

Temperatura Uso en interioresTemperatura ambiente de15-31oC. humedad relativa del airemximo del 80%sin condensacin

altitudHasta 2.000metros sobre elnivel del mar

CUMPLIMIENTO DE LA NORMATIVA

Este instrumento ha sido probado, y se encontr que de acuerdo con todos los requisitos aplicables de la siguientes normas de seguridad y electromagnticas: IEC 61010-1:2001 (2 ed.), EN61010-1: 2001 (2 Ed.). Equipos elctricos para Use la medicin, control y de laboratorio - Parte 1: Requisitos generales IEC 61010-2-010:2005, EN61010-2-010: 2003. Requisitos de seguridad para equipos elctricos de medida, control y uso en laboratorio. Parte 2-010: Requisitos particulares para equipos de laboratorio para el calentamiento de materiales IEC 61010-2-081:2001 + A1, EN61010-2-081: 2002 + A1. Requisitos de seguridad de equipos de medida, control y uso en laboratorio. Parte 2-081: Requisitos particulares para equipos de laboratorio automticos y semiautomticos para anlisis y otros fines (Incluye Enmienda 1) EN 61326-1:2006 (Clase A) Equipos elctricos para medida, control y laboratorio uso. Requisitos de compatibilidad electromagntica, Parte 1: Requisitos generales Este equipo genera, utiliza y puede, si no irradiar energa de radiofrecuencia y, se instala y utiliza acuerdo con el manual de instrucciones, puede causar interferencias perjudiciales a las comunicaciones por radio. El funcionamiento de este equipo en una zona residencial puede causar interferencias perjudiciales, en cuyo caso el usuario deber corregir la interferencia a sus propias expensas. Requisitos de especificaciones de uso seguro Temperatura de la temperatura para uso en interiores ambiente de 15-31oC. Humedad relativa del aire mximo del 80% sin condensacin Altitud de hasta 2.000 metros sobre el nivel del mar CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas Tabla de contenidosBio-Rad recursos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iiEscritura utilizados en este manual. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . iiSeguridad y Cumplimiento Normativo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . iiiCaptulo 1.El sistema de instalacin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 1 Desembalaje del mdulo de reaccin ptica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 Requisitos del sistema. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 Descripcin general del sistema. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 2 Configuracin del sistema. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 3 Instalacin del software CFX Manager. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... 6 Llevar a cabo experimentos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 Captulo 2.Introduccin al Software Manager CFX. . . . . . . . . . . . . . .. . . . . .. . . . 11 Ventana principal del software. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11 Asistente de inicio. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 Los instrumentos detectaron panel. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 16 Propiedades de instrumento de la ventana. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18 Los archivos de software. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 Consejos y trucos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 Captulo 3. Llevar a cabo experimentos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 Experimento ventana de configuracin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . 21 Protocolo Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 Placa Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23 Inicio Ejecutar Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24 Abra la ventana de detalles. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . 25 Instrumento ventana de resumen. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 28 Captulo 4.Protocolos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . 31 Protocolo de ventana del editor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . 31 Protocolo de Control Editor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33 Modo de control de temperatura. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . 37 Protocolo AutoWriter. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 37 Tabla de contenidos VICaptulo 5.Placas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Placa ventana del editor. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41 Seleccione Ventana fluorforos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . 45 Configuracin del experimento de la ventana. . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . 48 Bueno Grupos gestor de ventanas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . 50 Hoja de clculo Plate la ventana de visualizacin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51 Captulo 6.Funcionamiento autnomo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ..53 Panel de control. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 53 Men Principal. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ..54 Montaje del ensayo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55 Exportacin de datos para el anlisis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . 61 Creacin de un archivo de datos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64 Configurar el correo electrnico. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . 65 Captulo 7.Anlisis de Datos Descripcin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 69 Datos de la ventana de anlisis. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 Anlisis de los datos de la barra de mens. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71 Cuantificacin Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72 Configuracin de anlisis de datos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73 Selectores de bien. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . .75 Grficos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78 Hojas de clculo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79 Captulo 8.Anlisis de datos de Windows. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . 81 Cuantificacin Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81 Los datos de cuantificacin Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85 Derretir Tab curva. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87 Derrita la curva de la ficha de datos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . 89 Punto Final Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91 Distincin del allica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93 QCTab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95 Informes de los archivos de datos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . 97 Captulo 9. Anlisis de expresin gnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101 De la expresin gnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .101 Placa de instalacin de anlisis de expresin gnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 Gene Expresin Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102 Configuracin del experimento de la ventana. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . 107 Estudio de genes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109 Estudio de genes de datos de hoja de clculo. . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . 112 Estudio de genes Informe de la ventana. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113 Preguntas Frecuentes. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114 Los clculos de la expresin gnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115 CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas VIICaptulo 10. Los usuarios y las preferencias. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 Entrar o seleccione un usuario. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121 Preferencias de usuario de la ventana. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . 122 Email Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123 Ficha Archivos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 Protocolo Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124 Placa Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125 Anlisis de datos Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126 Gene Expresin Tab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127 QCTab. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128 Administracin de usuarios. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129 Captulo 11. Los recursos. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131 Mago de la calibracin. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .131 Instrumento de mantenimiento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133 Solicitud de registro. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135 Herramientas de ayuda del software. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . 135 Solucin de problemas. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . 136 Instrumentos, piezas y accesorios. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 138 Referencias. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. 139 ndice. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141 Tabla de contenidos

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CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 1 Un sistema de instalacinLea este captulo para obtener informacin sobre la configuracin del sistema o CFX96 CFX384:

Desembalaje del mdulo de reaccin ptica (abajo) Los requisitos del sistema (pgina 1) Vista general del sistema (pgina 2) Configuracin del sistema (pgina 3) Instalacin de software CFX Manager (pgina 6) Ejecucin de experimentos (pgina 9)

Desembalaje del mdulo de reaccin ptica Su CFX96 o CFX384 envo ptico mdulo de reaccin incluye los siguientes componentes: Mdulo de reaccin ptica Cable USB CFXManagerTM CD de instalacin de software Manual de instrucciones Gerente de software CFXuick guas para la instalacin del sistema, el protocolo, la placa, los datos anlisis y anlisis de expresin gentica Retire todos los materiales de embalaje y almacenamiento para uso futuro. Si falta algn elemento o daado, pngase en contacto con su oficina local de Bio-Rad oficina. Requisitos del sistema Para operar el sistema CFX96 o CFX384, utilice la siguientes fuentes de alimentacin y cables: Potencia de entrada. 100-240 VAC, 50-60 Hz Para uso en interiores. Temperatura ambiente de 15-31oC. Mximo de humedad relativa del 80% (Sin condensacin) Cable USB. Si el sistema CFX96 va a ser controlado por una computadora mediante un cable USB cable, el cable que viene de la empresa Bio-Rad es lo suficientemente blindado para su uso. NOTA: Para obtener una lista completa de los requisitos de seguridad y el cumplimiento de este instrumento, consulte la seccin "Cumplimiento de normativas y seguridad" en la pgina iii.

El sistema de instalacin 2 Descripcin general del sistema

El sistema CFX96 o sistema CFX384 incluye dos componentes: El mdulo de reaccin ptica. Este mdulo incluye un sistema ptico para recoger fluorescentes de datos y un bloque termocicladorNOTA: El nmero de serie del mdulo de CFX96 o CFX384 se encuentra en la parte posterior. Base de C1000Tm termociclador. La base C1000 incluye una interfaz de usuario para controlar el sistema cuando se ejecutan en modo stand-alone y el botn de encendido y los puertos (tanto en el panel trasero) para conectar a un ordenador

Indicador LED

Boton de apertura

Del panel frontal

Figura 1. Vista frontal del sistema CFX96. Cuando est abierto, el sistema CFX96 o CFX384 incluye las caractersticas que se muestran en la Figura 2. Tapa interna con placa de calefaccin

Bloquebotn de cierre

Figura 2. Vista interior del sistema CFX96. ADVERTENCIA! Evite tocar la tapa interior o bloque: Estas superficies pueden estar calientes.

CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 3 Tapa interior con placa de calefaccin. La tapa del calentador mantiene la temperatura en la parte superior de la de consumo para evitar la evaporacin de la muestra. Evite tocar o contaminantes de otro modo la placa de calefaccin. Nunca introduzca nada en los agujeros, el sistema de transporte ptico podra daarse Bloquear. Cargar las muestras en este bloque antes de la carrera El botn Cerrar. Pulse este botn en el interior de la tapa para cerrar la tapa del motor ADVERTENCIA! Evitar la contaminacin de los instrumentos por los derrames, y nunca ejecutar un reaccin con una tapa de la muestra o abre. Para obtener ms informacin acerca de la limpieza en general y el mantenimiento del aparato, consulte "Mantenimiento del instrumento" (pgina 133). El panel trasero del chasis C1000 incluye las siguientes caractersticas (Figura 3): El interruptor de encendido. Pulse el botn de encendido para encender la alimentacin del sistema Potencia de entrada. Conecte el cable de alimentacin aqu Puerto Ethernet. Conecte un cable Ethernet para correo electrnico los registros y ejecutar archivos independientes de datos Conexiones USB. Utilizar estos puertos para conectar el sistema o el sistema de CFX96 CFX384 a un ordenador o para conectar un termociclador S1000Tm

El interruptor de encendido. Potencia de entrada. Puerto Ethernet Conexiones USB.

Figura 3. Panel trasero de C1000 termociclador.

ADVERTENCIA! Evite el contacto con el panel posterior de la C1000 durante la operacin.

Configuracin del sistema

El CFX96 o CFX384 en tiempo real sistema de deteccin de PCR se deben instalar en un lugar limpio, seco, nivel de la superficie con suficiente flujo de aire fresco para funcionar correctamente. El sistema CFX96 o sistema CFX384 se puede ejecutar en dos modos: autnomo o controlado por software. Si est ejecutando el sistema en el modo controlado por software, asegrese de que hay espacio suficiente para un equipo durante de configuracin. Para insertar el mdulo o CFX96 CFX384 reaccin ptica en el compartimento del mdulo de reaccin el chasis C1000, siga estas instrucciones:

1. Coloque el chasis C1000 en un lugar adecuado con la barra de bloqueo hacia abajo. Eliminar cualquier previamente instalado mdulos de reaccin. Alimentacin interruptor de entrada de conexiones USB Ethernet puerto El sistema de instalacin 2. Levante el mdulo de reaccin ptica utilizando los guiones manejar por encima de las rejillas de aire laterales (Figura 4).

Figura 4. Levantar el mdulo de reaccin ptica en el chasis C1000.

3. Coloque el mdulo en el compartimento modular la reaccin de la C1000 chasis, dejando alrededor de 2 cm de espacio en la parte delantera. Cuando en la baha del chasis, el mdulo ptico se debe cubrir el Bio-Rad logotipo en frente de la baha del chasis C1000. 4. Y alcance y tire hacia arriba el pestillo de la C1000 hasta que est alineada con los lados del compartimento para mdulos. Esta accin se traslada el mdulo hacia adelante, de bloqueo en su lugar (Figura 5)

Figura 5. El bloqueo del mdulo ptico en su lugar. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas

5. Compruebe que el mdulo est completamente asentado y uniformemente en la base de C1000. Como se muestra en

comprobar espacio comprobar espaciocomprobar espacio

Figura 6, marque el espacio que rodea la parte inferior del mdulo. No debe haber ningn extra el espacio entre el mdulo y la base, el espacio debe ser uniforme. Figura 6. Compruebe que incluso el espacio entre el mdulo y base. NOTA: Si el espacio entre el mdulo y la base de C1000 es desigual, vuelva a instalar el mdulo a partir del Paso 2 (pgina 4). 6. Conecte el cable de alimentacin en la parte posterior de la base de C1000 (Figura 3 en la pgina 3), y en unadecuada triple toma de corriente elctrica. 7. Pulse el botn de encendido en el panel posterior del termociclador C1000 para iniciar el del sistema. 8. Siga las instrucciones en el panel frontal C1000 para quitar el tornillo de envo de color rojo la tapa del calentador interno (Figura 7). Gire el tornillo hacia la izquierda para salir del agujero.

Figura 7. Instrucciones para retirar el tornillo de envo.

El sistema de instalacin

NOTA: Si el tornillo de envo no se elimina en este paso, ser detectado por CFXGerente de software. Siga las instrucciones en el software para quitar el tornillo (Pgina 19). CONSEJO: El tornillo de transporte debe estar en su lugar cuando el mdulo se suministra. Guardar este tornillo en un lugar seguro para el envo futuro. 9. Retire la placa de envo desde el bloque termociclador para operar.

Instalacin del software de Administrador de CFXSoftware CFX Manager es ejecutado en un ordenador PC, ya sea con el Windows XP o Windows Vista sistema operativo y es necesario para analizar datos en tiempo real PCR del sistema o CFX96 CFX384 sistema. Este software tambin se puede utilizar para controlar el sistema CFX96 o CFX384 sistema en el software de modo controlado. La Tabla 6 enumera los requisitos del sistema para el software en Windows XP y Windows Vista. SistemaMnimoRecomendado

sistema operativoWindows XP ProfessionalSP2y Windows XP ProfessionalSP2yPor encima oWindows Vista HomePremium ypor encima depor encima o Windows Vista HomePremium ypor encima de

ConducirCD-ROMCD-ROM

Disco Duro10GB20GB

Velocidad del procesador2.0 GHz2.0 GHz

RAM1GB RAM (2 GB de Windows Vista)2 GB RAM

resolucin de la pantalla1024 x 768concolor verdaderomodo de1280 x 1024concolor verdaderomodo de

USBUSB2.0 Hi-SpeedUSB2.0 Hi-Speed

navegador de InternetInternet ExplorerInternet Explorer

Software

Microsoft Office Suite

NOTA: La ejecucin de un sistema CFX96 CFX384 o con el software de Administrador de CFX en un PC computadora con un sistemas operativos Windows de 64 bits no es compatible debido a la incompatibles de los controladores USB. Un PC con un procesador de 64 bits (como Intel) en un de 32 bits del sistema operativo Windows es compatible.

Para instalar el software CFX Manager:

1. El software debe estar instalado en la computadora de un usuario con privilegios administrativos. Asegrese de que est conectado con privilegios administrativos. 2. Coloque el Administrador de CFX CD de software en la unidad de CD del ordenador. Tabla 6. Requisitos del equipo de software de gestin CFX3. La pgina de inicio de software debera aparecer automticamente. Haga doble clic en Instalar software en la pgina de inicio del software (Figura 8). CONSEJO: Haga clic en el botn de la documentacin para obtener copias en PDF de la bsqueda manuales del instrumento y otra documentacin. 4. Siga las instrucciones en pantalla para completar la instalacin. Cuando se haya completado, el Bio-Rad CFX icono de software de gestin van a aparecer en el escritorio de la computadora. 5. Si la pgina de inicio no aparece automticamente, haga doble clic en (la unidad de CD): \ Bio-Rad CFX, a continuacin, abra y siga las instrucciones en el archivo Readme.txt. Consulte

Figura 8. Software pantalla de instalacin.

"Instalacin del Software de forma manual "en la pgina 136. Instalacin de los controladores Si el sistema o el sistema de CFX96 CFX384 se va a ejecutar en el software de modo controlado, los conductores deben estar instalados en el ordenador. Utilice slo el cable USB suministrado, lo cual es suficientemente protegidos para evitar la prdida de datos. Para instalar los controladores del sistema: 1. Conectar el chasis C1000 al ordenador conectando un cable USB al puerto USB 2.0 A puerto situado en la parte posterior del chasis (Figura 3 en la pgina 3), y luego conectar el cable en el puerto USB 2.0 B ubicado en el equipo. 2. Si an no est activada, a su vez en el sistema utilizando el interruptor de encendido en la parte posterior de la el chasis C1000. Siga las instrucciones del Asistente para nuevo hardware encontrado que pone en marcha despus de que el instrumento se detect por primera vez por el ordenador. El sistema de instalacin

3. En la primera pantalla, seleccione S, esta vez slo para indicar al sistema operativo Windows para conectarse a Windows Update para buscar software (Figura 9). Haga clic en

Figura 9. Asistente para hardware nuevo. 4. Instruir al asistente para "Instalar automticamente el software." Haga clic en Siguiente para continuar instalacin de los controladores (Figura 10).

Figura 10. Software (driver) de instalacin de la pantalla. 5. Haga clic en Finalizar en la pantalla del software de completar la instalacin cuando los controladores estn instalados. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas

Los experimentos en ejecucin

Recomendada de consumo de plstico Ejecutar slo 384 y placas en el sistema de CFX384. Para obtener resultados ptimos, Bio-Rad recomienda la siguientes consumibles para el sistema de CFX384 (nmeros de catlogo se proporcionan en negrita): HSP-3805. De bajo perfil de 384 pozos de tapa dura placas con claros shell y pozos blancos HSP-3866. De bajo perfil de 384 pozos de placas duras de color negro concha blanca y pozos MSB-1001. Sellos adhesivos 'B' Microseal, pticamente transparente El sistema CFX96 acepta placas de bajo perfil 0.2 ml y tubos. Para obtener resultados ptimos, Bio- Rad recomienda el consumo siguientes: MLL-9601. De perfil bajo placas de 96 pozos unskirted con pozos claro MLL-9651. De perfil bajo placas de 96 pozos unskirted con blanco pozos HSP-9601. Hard-Shell placas de 96 pozos bordeado con cscara blanca y pozos claros HSP-9655. Hard-Shell de 96 y placas de concha blanca bordeada de blanco y los pozos TLS-0801. De bajo perfil de 0,2 ml tiras de 8 tubos sin tapas, pozos claro TLS-0851. De bajo perfil de 0,2 ml tiras de 8 tubos sin tapas, blanco pozos TCS-0803. ptica plana de 8 cap tiras, para tubos de 0,2 ml y placas MSB-1001. Sellos adhesivos 'B' Microseal, pticamente transparente Carga del Bloque Para cargar sus reacciones en el bloque, siga estas sugerencias: Haga clic en el botn Abrir la tapa situada en la pestaa Inicio, Ejecutar software (vea "Iniciar TabRun" en la pgina 24), o pulse el botn tapa en la parte frontal del sistema (Figura 1) para iniciar abrir la tapa del motor.

asA10 (180 de rotacin)

asH3(correcta)

ADVERTENCIA! La tapa se mueve lentamente al principio, y luego aumenta la velocidad cuando se abre o se cierra. Coloque el micro de 0,2 ml o tiras de tubos con tapas selladas en el bloque. Compruebe que los tubos estn completamente sellados para evitar fugas. Para muestra ptimo de carga los resultados volmenes de 10-25 l para el sistema y los volmenes de carga CFX96 muestra de 5.20 l para los el sistema CFX384. NOTA: Para el anlisis de datos precisos, compruebe que la orientacin de las reacciones en el bloque es exactamente lo mismo que la orientacin de los contenidos y en el software Lengeta de la placa (ver "lengeta de la placa" en la pgina 23). Si es necesario, editar el contenido antes de, durante o despus de la carrera. Como se muestra en la Figura 11 en la pgina 10, la rotacin de la microplacapor 180 o el programa se queda esperar que la lectura y H3 de ser un vaco A10 as. El sistema de instalacin Figura 11. Placa de la ventana Editor mostrando orientacin de la placa. ADVERTENCIA!Cuando se ejecuta el sistema CFX96, siempre equilibrar las tiras de tubo o de corte microplacas en los pozos (Figura 12). Por ejemplo, si ejecuta una tira en el tubo lado izquierdo del bloque, ejecute una tira de tubo de vaco (con maysculas) en el lado derecho de la bloque para equilibrar la presin ejercida por la tapa trmica.

Tubo de llenado tira Tubo de la tira para balanceFigura 12. Balance de las tiras de tubo o de corte microplacas en el bloque. ADVERTENCIA!Asegrese de que nada est bloqueando la tapa cuando se cierra. A pesar de que es un mecanismo de seguridad para evitar que la tapa se cierre si se detecta una obstruccin, se No coloque nada en el camino de la tapa de cierre.

CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 11 2 Introduccin al Administrador de CFX Software Lea este captulo para obtener informacin sobre cmo empezar con el software de Administrador de CFX. ventana principal del software (continuacin) Asistente de inicio (pgina 15) Detectado Instrumentos panel (pgina 16) Propiedades de la ventana del instrumento (pgina 18) Los archivos de software (pgina 20) Consejos y trucos (pgina 20) Ventana principal del software Para obtener instrucciones sobre la ejecucin del sistema, se refieren a uno de los software de gestin rpida CFXguas que se suministra con el sistema: Gua de instalacin rpida Protocolo Gua rpida Placa de gua rpida Anlisis de Datos Gua rpida Anlisis de la expresin gnica Gua rpida Sugerencia: Vea el programa de ayuda para obtener guas acerca de los experimentos en marcha. Comience en la ventana principal del software mediante el uso de estas caractersticas (Figura 13): Barra de estado. Ver el software actual y el estado del instrumento (pgina 12) Barra de mens. Seleccionar los comandos del software (pgina 12), como la creacin o apertura de archivos Botones de la barra de herramientas. Haga clic en estos botones (pgina 14) para abrir los archivos de software, el inicio Asistente (pgina 18), la ventana Configuracin del experimento (pgina 21) Detectado panel de instrumentos. Ver una lista de los instrumentos conectados (pgina 15) 2 Introduccin al Software Manager CFX

ventana del asistente de inicio. Comandos de software de acceso comn (pgina 16)

Figura 13. La ventana principal del software. La barra de estado La barra de estado en la parte inferior de la ventana principal del software muestra el estado del software. Ver el lado izquierdo de la barra de estado (Figura 14) para ver el estado actual de los instrumentos.

Figura 14. El lado izquierdo de la barra de estado en la ventana principal del software. Ver el lado derecho de la barra de estado (Figura 15) para ver el nombre de usuario, la fecha y la hora.

Figura 15. Lado derecho de la barra de estado en la ventana principal del software. Haga clic y arrastre la esquina inferior derecha de la barra de estado para cambiar el tamao de la ventana principal. Barra de men La barra de mens de la ventana principal del software proporciona los elementos enumerados en la Figura 16:

Figura 16. Barra de men en la ventana principal del software. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 13 Seleccionar los comandos que se muestra en la barra de men (Tabla 7). Tabla 7. Los elementos del men de barras en la ventana principal del software tem del men de comandos de funcin Nuevo archivo Crea un nuevo protocolo, la placa, la experimentacin, Gene Estudio

Menu del articulocomandoFuncion

ExpedienteNuevoCrear un nuevo protocolo, la placa, la experimentacin,Geneestudio

AbiertoApertura de archivos existentes, incluyendo el protocolo(. PRCL), la placa de(. PLTD), datos (. PCRD), y elestudio de genes(. mgxd) archivos,archivos independientesde ejecucin (. zpcr)

Archivos de datosrecientesVer una lista de los diez datos ms vistos archivos y seleccione una para abrir en el anlisis de datos

Repetir un experimentoAbra laventana Configuracin del experimentocon laprotocoloy la placade una carreracompletade forma rpidaRepetir el ensayo

SalirSalga del programa desoftware

Verregistro de aplicacionesMostrarel registro de aplicacinpara el software

Los informes se ejecutanSeleccione un informede ejecucinpara revisarde una lista

Asistentede inicioAbra el Asistentede inicio

Montaje del ensayoAbra laventana Configuracin del experimento

Resumende instrumentosAbra la ventana deResumende instrumentos

Los instrumentosdetectaronMostrar uocultar el panel deinstrumentosDetectado

barra de herramientas

Mostrar u ocultar labarra de herramientas desoftware dela ventana principal

la barra de estadoMostrar u ocultarla ventana principaldel softwarebarra de estado

Usuarioseleccione UsuarioAbrir la ventanaSeleccionar usuariopara cambiarde softwarelos usuarios

Cambiar la contraseaCambie su contrasea de usuario

Preferencias de usuarioAbra la ventana de preferencias de usuario

Administracion de usuariosLa gestin de usuariosen la ventana deadministracin de usuarios

InstrumentosTinte mago de calibracionAbra la ventanade calibracinpara calibrar untinteinstrumento paraun fluorforonuevo

ProtocoloAutoWriterAbra la ventanaAutoWriterProtocolopara crear unnuevo protocolo

TaCalculadorabra la ventana dela calculadorapara calcular elTatemperatura deanillamiento de los cebadores

Ver registro deBloque de estadoVer un registrodel bloquetermociclador

Datos de la aplicacinde carpetaAbra la carpetaDatos de programapara versoftwarearchivos

Los datosde usuariode carpetaabra la carpetade datos para verel protocolo, la placa yarchivos de datos

Todas laspropiedadesinstrumentosVer las propiedadesde todos losinstrumentos detectaron,incluyendo nmeros de serie

Datos deZip yarchivos de registroElijay condensarlos archivos seleccionadosen formato comprimidopara el almacenamientode archivoso correo electrnico a

opcionesConfigurar las opciones desoftware de correo electrnico

mendel artculocomandoFuncin

ventanascascadaOrganizar las ventanasde softwareen la parte superiorde cada uno

ayudaMosaico verticalOrganizar las ventanasde softwarede arriba a abajo

TileHorizontalOrganizar las ventanasde softwarede derecha a izquierda

Cerrar todoCierre todas las ventanasde software libre

ContenidoAbrirla ayuda del softwarepara obtener ms informacin sobre la ejecucin dePCRyPCRen tiempo real

IndiceVerel ndice enla Ayuda del software

BusquedaBuscarla ayuda del software

Expresin GnicaPuerta de entradadel sitioWebAbra un sitioweb para encontrarinformacin sobre la ejecucinPCRen tiempo reallos experimentos de PCR

Ver un sitio webque las listas deBio-Rad consumibles paraPCRen tiempo real yreactivosPCR

PCR de plsticoconsumibles sitio WebVer un sitio webque las listas deBio-Rad consumibles paraPCRen tiempo reallos experimentos de PCR

Actualizaciones de softwareBuscar actualizaciones de softwarede Bio-Rad

sobreAbriruna ventana para verla versin de software

Introduccin al Software Manager CFX14 Botones de la barra de herramientas Haga clic en un botn en la barra de herramientas de la ventana principal del software (Tabla 8) para acceder rpidamente a los comandos ms comunes de software. NOTA: Para mostrar u ocultar la barra de herramientas, seleccione Ver> Barras de herramientas en la barra de men.

Tabla 8. Botones de la barra en la ventana principal del software Botn Nombre de la funcin Abrir un archivo de datos Abrir una ventana del navegador para localizar un archivo de datos (*. PCRDde extensin) y abrirlo en la ventana de Anlisis de Datos (Pgina 69) Abrir un estudio de Gene Abra una ventana del navegador para localizar un archivo de estudio de genes (. Mgxd extensin) y abrirlo en el estudio de genes ventana (pgina 101) Crear un nuevo gen Estudio Abra la ventana del estudio de genes (pgina 101) para aadir archivos y crear un nuevo estudio Imprimir la ventana actual del software Asistente de arranque Abra el Asistente de arranque que le vincula con comunes las funciones del software (pgina 16) Tabla 7. Los elementos del men de barras en la ventana principal del programa (continuacin) tem del men de comandos de funcin CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 15Asistente de inicio El asistente de inicio aparece automticamente cuando el software CFX Director se abre por primera (Figura 17). Si no se muestra, haga clic en el botn Asistente de inicio en la ventana principal del software barra de herramientas.

Figura 17. Ventana del Asistente de arranque. Opciones en el Asistente de inicio son los siguientes: Configuracin del experimento Abra la ventana Configuracin del experimento para ejecutar una experimento (pgina 21) AutoWriter Protocolo Abra la ventana AutoWriter Protocolo para crear un nuevo protocolo (pgina 37) El usuario selecciona Abrir la ventana Seleccionar usuario para cambiar de software los usuarios (ver "Entrar o seleccione un usuario" en la pgina 121) Preferencias de usuario Abra la ventana de preferencias del usuario (pgina 121) Ayudar a abrir la ventana de ayuda del software para obtener ms informacin sobre la ejecucin de PCR y PCR en tiempo real Tabla 8. Botones de la barra en la ventana principal del software (continuacin) Botn Nombre de la funcin Introduccin al Software Manager CFX16

Crear un nuevo experimento (pgina 21). Configurar el protocolo y la placa para comenzar una nuevaexperimento. NOTA: Seleccione el instrumento adecuado en la lista desplegable para asegurarse de que la configuracin predeterminada de la placa coincida con el instrumento a ser utilizado para el experimento. repetir un experimento. A cabo un experimento con el protocolo y la placa de un completado ejecutar. Si es necesario, puede modificar el experimento antes de la carrera Abra un archivo de datos (pgina 69). Abrir un archivo de datos para analizar los resultados Abrir un estudio de genes (pgina 101). Abrir un estudio de genes de varios archivos para analizar la expresin los resultados de varios experimentos de expresin gnica Abra las preferencias del usuario (pgina 121). Abra la ventana de preferencias del usuario para personalizar configuracin del software

Panel de Instrumentos detecta Software CFX Manager se ejecuta estos instrumentos de la serie 1000: CFX96 CFX384 y sistemas en tiempo real PCR. Los sistemas incluyen un termociclador C1000 y un mdulo de reaccin ptica C1000 termociclador. El ms verstil de los instrumentos a cargo de Gerente de CFXsoftware. Agregar y quitar estos mdulos reaccin de PCR para el chasis C1000 en segundo: Mdulo de reaccin rpida de 96 pozos, gradiente permitido 384-y la reaccin del mdulo Mdulo de doble 48/48 de reaccin, gradiente permitido ciclador trmico S1000 conectado a un termociclador C1000. Para ms informacin, ver S1000 y C1000 manuales de instrucciones ciclador trmico Envo de tornillo. Retire el tornillo de transporte para ejecutar el instrumento, o instalar el envo de tornillo cuando se desea transportar el instrumento Calibrado tintes. Ver la lista de los fluorforos calibrado Figura 20. Propiedades instrumento ventana. Ficha Propiedades

El nombre predeterminado de un instrumento es el nmero de serie C1000 termociclador, lo que parece en muchos lugares, incluyendo el panel de instrumentos ha detectado (Figura 18). Para cambiar el nombre de un instrumento para facilitar su identificacin, siga estas instrucciones: En la ficha de instrumentos Propiedades, escriba un nombre en el cuadro Cambiar el nombre en la parte superior de la Ficha Propiedades y pulse el botn Cambiar nombre para guardar el nuevo nombre NOTA: En el panel de instrumentos ha detectado, haga clic en el icono del instrumento y seleccione Cambiar el nombre para abrir la ventana Propiedades del instrumento. La ficha Propiedades muestra importantes nmeros de serie para el instrumento conectado, incluyendo el termociclador y el mdulo de reaccin. Las versiones de firmware tambin se muestran. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 19 Envo Tab tornillo La ficha de tornillo envo incluye las instrucciones para instalar o quitar el tornillo de envo de color rojo. Para evitar daos a los mdulos de reaccin ptica, instalar el tornillo de envo en cualquier momento que enviar el sistema o el sistema de CFX96 CFX384. NOTA: Si el tornillo de envo es detectado por el software, las propiedades del instrumento ventana se abre automticamente con la ficha de envo de tornillo en el frente. Siga las instrucciones para retirar el tornillo. La informacin de esta ficha cambia en funcin de si el tornillo de transporte martimo se ha instalado o eliminado. Por ejemplo, para instalar el tornillo de envo, haga clic en el botn Instalar el envo de tornillo y siga las instrucciones de la ficha (Figura 21).

Figura 21. Las instrucciones para instalar el tornillo de envo. Calibrado Colorantes TabAbra la ficha calibrado Colorantes para ver la lista de fluorforos calibrado y placas para el seleccionados instrumento. Haga clic en un botn de informacin para ver informacin detallada acerca de la calibracin. Figura 22. Calibrados ficha Colorantes en la ventana de Propiedades de instrumentos.

Introduccin al Software Manager CFX20 Archivos de software CFX Manager almacena la informacin sobre los experimentos en archivos especficos (Tabla 9): Consejos y trucos Trucos y consejos para el uso de software de gestin CFX se enumeran a continuacin. Abra cualquier protocolo, la Plata, de datos o un archivo de Estudio Gene arrastrndolo desde una carpeta a un ventana del software libre Imprimir o exportar la informacin mostrada en muchas ventanas haciendo clic derecho en un grfico, hoja de clculo, o bien selector Cambiar el tamao de cualquier ventana haciendo clic y arrastrando los bordes Abra la ventana de preferencias del usuario de elegir la configuracin por defecto que se activan todos los vez que inicie sesin en el software Agregar archivos de datos de un estudio de Gene arrastrando desde una carpeta a un estudio de Gene abierto ventana Anlisis de datos Abrir varios archivos y Gene estudio, al mismo tiempo Haga clic en Configuracin y Herramientas de mens para encontrar las funciones avanzadas Para aadir o eliminar archivos en el men de carga Express, agregar o eliminar los archivos (. PRCLextensiones and.pltd) en la carpeta ExpressLoad, seleccione Herramientas> Carpeta de Usuario de datos en la barra de men de la ventana principal del software Para ver toda la informacin cargada en un pocillo de una placa, haga doble clic en el pozo para abrir la ventana de informacin bien Haga clic en cualquier grfico o tabla para cambiar las opciones de visualizacin y anlisis de datos Modificar el contenido y, antes, durante o despus de la carrera Seleccione un grupo y para ver y analizar un subconjunto de los pozos de la placa. Seleccione cada as el grupo por su nombre en el grupo bien el men desplegable en la barra de herramientas Tabla 9. Abrir este tipo de archivos con el software de Administrador de CFXExtensin Tipo de archivo Cmo ver y editar archivos Protocolo. PRCL Seleccione en Configuracin del experimento y editar en el Protocolo Editor Plato. PLTD Seleccione en Configuracin del experimento y editar en el Editor de Plata De datos. PCRD Ver y analizar en la ventana de Anlisis de Datos Estudio de genes. Mgxd Ver y analizar en la ventana de Gene Estudio Independiente antes de los datos expediente . Zpcr Contiene las lecturas de fluorescencia de stand-aloneoperacin que se convierte en un archivo de datos CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 21 3 Experimentos RunningLea este captulo para obtener informacin sobre la ejecucin de experimentos utilizando el software CFX Manager: Experimentar la ventana de configuracin (continuacin) Protocolo de la ficha (page22) Punto final slo se ejecuta (pgina 22) Placa de la ficha (pgina 23) Inicio, Ejecutar pestaa (pgina 24) Detalles de ejecucin de la ventana (pgina 26) Instrumento ventana Resumen (pgina 28) Ventana de Configuracin de experimento La ventana Configuracin del experimento proporciona acceso rpido a los archivos y configuraciones necesarias para crear y realizar un experimento. Para abrir la ventana Configuracin del experimento, siga una de estas opciones: Haga clic en la opcin Crear un nuevo experimento en el Asistente de inicio (pgina 16) Haga clic en el botn Configuracin del experimento en la barra de herramientas de software principal (pgina 14) Seleccione Archivo> Nuevo> Experimento en la barra de men principal de software (pgina 12) La ventana Configuracin del experimento incluye tres pestaas: Protocolo. Haga clic en la ficha Protocolo para seleccionar un protocolo existente para ejecutar o modificar, o crear un nuevo protocolo en la ventana del editor de Protocolo (pgina 31) Placa. Haga clic en la lengeta de la placa para seleccionar una placa existente para ejecutar o modificar, o crear una nueva placa en la ventana Editor Plate (pgina 41) Inicio Ejecutar. Haga clic en la pestaa Inicio Ejecutar (pgina 24) para comprobar la configuracin de ejecucin, seleccione una o ms bloques de instrumentos, y comienza la carrera NOTA: Si el protocolo seleccionado en la ficha Protocolo no incluye un paso con una placa de lectura para anlisis en tiempo real PCR, la lengeta de la placa que est oculto. Para ver la lengeta de la placa, aadir una "Placa de lectura" (pgina 34) en al menos un paso en el protocolo. NOTA: Inicie un nuevo experimento de una ejecucin anterior, seleccione Archivo> Repetir una Experimento en la barra de men principal del software. A continuacin, seleccione el archivo de datos (. PCRD) para el experimento que desea repetir. Los experimentos en ejecucin 22 La ventana Configuracin del experimento abre con la ficha de protocolo delante (Figura 23). Para abrir otra ficha, haga clic en esa ficha o haga clic en Anterior y Siguiente en la parte inferior de la ventana. Figura 23. Experimento ventana de configuracin, incluyendo el Protocolo de la Plata, y las pestaas Inicio Ejecutar. Protocolo TabEn la ficha Protocolo muestra una vista previa del archivo de protocolo seleccionado cargado en la Configuracin del experimento

(Figura 23). Un archivo de protocolo contiene las instrucciones para los pasos de instrumentos de temperatura, como as como las opciones de instrumentos que controlan la velocidad de la rampa y la temperatura de la tapa. Seleccione una de las siguientes opciones para seleccionar un protocolo existente, crear un nuevo protocolo, o de modificar el protocolo seleccionado: Crear botn Nuevo. Abra el Editor del Protocolo para crear un nuevo protocolo Seleccione el botn existente. Abra una ventana del navegador para seleccionar y cargar un protocolo existente archivo (. PRCL extensin) en la ficha Protocolo Load Express en el men desplegable. Seleccionar rpidamente un protocolo para cargarlo en la ficha Protocolo TIP: Para agregar o eliminar los protocolos en el men de carga Express, aadir o eliminar archivos (PRCL. de extensin) en la carpeta ExpressLoad. Para encontrar esta carpeta, seleccione Herramientas>UserLa carpeta de datos en la barra de men de la ventana principal del software Editar botn seleccionado. Abra el protocolo seleccionado en el Editor de Protocolo Punto final slo se ejecuta Para ejecutar un protocolo que contiene slo un punto final de datos de adquisicin de paso, seleccione Opciones> Fin nico punto de ejecucin de las opciones en la barra de men de la ventana Configuracin del experimento. El valor por defecto protocolo de punto final, que incluye dos ciclos de 60,0 C durante 30 segundos, se carga en el Protocolo de ficha. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 23 La figura 24 muestra el final por defecto del protocolo punto.

Figura 24. Punto final solo protocolo. Para cambiar la temperatura de paso o volumen de muestra para el punto final slo se ejecuta, haga clic en el men Inicio Ejecutar ficha y edite la temperatura Paso o volumen de muestra. La figura 25 muestra el paso la temperatura se cambia a 55.0oC.

Figura 25. Cambiar el volumen de la muestra en la ficha Inicio Ejecutar. Placa TabLa lengeta de la placa muestra una vista previa del archivo seleccionado placa cargada en la configuracin del experimento

(Figura 26). En un experimento de PCR en tiempo real, el archivo de la placa contiene una descripcin de los contenidos de cada bien, el modo de exploracin, y el tipo de placa. Software CFX Manager utiliza estos descripciones para la recoleccin de datos y anlisis.

Seleccione una de las siguientes opciones para seleccionar una placa existente, crear una nueva placa, o editar el plato seleccionado: Crear botn Nuevo. Abra el Editor del Plata para crear una nueva placa Seleccione el botn existente. Abra una ventana del navegador para seleccionar y cargar un archivo de placa existente (. PLTD extensin) en la lengeta de la placa Load Express en el men desplegable. Seleccionar rpidamente un plato a la pila en la lengeta de la placa TIP: Para agregar o eliminar las placas en el men de carga Express, aadir o eliminar archivos (PLTD. de extensin) en la carpeta ExpressLoad. Para encontrar esta carpeta, seleccione Herramientas>UserLa carpeta de datos en la barra de men de la ventana principal del software. Los experimentos en ejecucin 24 Editar botn seleccionado. Abra la placa seleccionada en el Editor de Plata Figura 26. Placa de ventana de la ficha. Inicio Ejecutar TabLa ficha Inicio Ejecutar (Figura 27) incluye una seccin para verificar la informacin sobre la carrera que se va a ser iniciado, incluyendo el protocolo seleccionado y los archivos de la placa, y una seccin para la seleccin el bloque de instrumento. Ejecutar panel de informacin. Vea el archivo de protocolo seleccionado, el archivo de la Plata, y adquisicin de datos Ajustes de escaneado modo. Escriba notas opcionales sobre el experimento en el cuadro Notas Ejecutar el bloque seleccionado (s) panel. Seleccione uno o ms bloques, modificar los parmetros de ejecucin (Si es necesario) y haga clic en el botn Ejecutar en Iniciar para comenzar el experimento

Figura 27. La pestaa Inicio, Ejecutar. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 25 De manera predeterminada, el Inicio, Ejecutar el bloque seleccionado (s) panel muestra el nombre del bloque, bloque tipo y estado de cada instrumento detectado por el software. Estas descripciones no se pueden editar. NOTA: Se puede reemplazar el volumen de muestra cargada en el archivo de Protocolo de la seleccin el volumen en la celda de hoja de clculo y escribir un nuevo volumen. NOTA: Un identificador de ejecucin se puede realizar por cada bloque mediante la seleccin de la celda y escribiendo un ID o seleccionando la celda y el escaneado con un lector de cdigo de barras. Para aadir o eliminar los parmetros de ejecucin de la hoja de clculo en el men Inicio Ejecutar el bloque seleccionado (s) panel, haga clic en la lista y seleccionar una opcin en el men de pantalla. Elija el valor de cambio haciendo clic en el texto dentro de la celda para seleccionarla y despus de escribir en la celda, o mediante la seleccin de un nuevo parmetro en el men desplegable. Parmetros editables incluyen: Temperatura de la tapa. Ver la temperatura de la tapa. Reemplazar la tapa de la temperatura seleccionar el texto y escribiendo una nueva temperatura La tabla 10 muestra otras opciones en el men de botn derecho del ratn en Inicio, Ejecutar en la Seleccin Bloque (s) panel: Los botones para controlar el instrumento Haga clic en los siguientes botones en la ficha Ejecutar comenzar a operar de forma remota los instrumentos seleccionados: Inicio Ejecutar. Iniciar el experimento en los bloques de instrumento seleccionado Flash Indicador de bloqueo. Flash del indicador LED en los bloques de instrumento seleccionado Abrir la tapa. Abra la tapa motorizado en bloques de instrumento seleccionado Cierre la tapa. Cierre la tapa motorizado en bloques de instrumento seleccionado Abra la ventana de Detalles Al hacer clic en el botn Ejecutar en Inicio, software CFX Gerente le pide que guarde el nombre de el archivo de datos y luego se abre la ventana Ejecutar Detalles. Revise la informacin en esta ventana para monitorear el progreso de la carrera. Ejecutar ficha Estado. Comprobar el estado actual del protocolo, abrir la tapa, hacer una pausa en ejecucin, agregue repite, omita los pasos, o detener la ejecucin en tiempo real la ficha Estado. Ver la PCR en tiempo real los datos de fluorescencia, ya que se recogen Tiempo de la ficha Estado. Ver una cuenta atrs de pantalla completa para el protocolo Tabla 10. Inicio Ejecutar el bloque seleccionado (s) de opciones que el men Haga clic derecho Opcin Funcin Copiar Copiar el texto seleccionado Copiar como imagen copia una imagen del inicio de ejecucin en el bloque seleccionado (s) panel Imprimir ... Imprimir la vista actual de la lista de los bloques seleccionados Imprimir Seleccin ... Imprimir la columna que se encuentra seleccionado Exportar a Excel ... Exportar la lista de bloques a un archivo de hoja de clculo Excel Exportar a texto ... Exportar la lista de bloques a un archivo de texto Buscar ... Bsqueda de texto en la lista de bloques Ordenar ... Ordenar un mximo de tres columnas en la lista de bloques Los experimentos en ejecucin 26 La figura 28 muestra las caractersticas de la ventana Ejecutar Detalles.

Figura 28. Abra la ventana de detalles. Ejecutar ficha Estado La ficha Estado de ejecucin (Figura 28) muestra el estado actual de una carrera en curso en los detalles de ejecucin botones de la ventana y ofrece (pgina 26) para controlar la tapa y cambiar la carrera en curso. Ejecutar el panel de estado. Muestra el progreso actual del protocolo, incluida la actual paso, repetir GOTO actual, la temperatura del bloque, el tiempo restante para mantener el paso actual, temperatura de la muestra, la tapa y la temperatura de transporte Ejecutar los botones de estado. Haga clic en uno de los botones para manejar a distancia el instrumento o interrumpir el protocolo actual Ejecutar panel de informacin. Muestra los detalles de experimento Ejecutar botones de estado TabHaga clic en uno de los botones que se enumeran en la Tabla 11 para utilizar el equipo con el software, o para cambio de la carrera que est en curso. NOTA: El cambio de protocolo durante la carrera, como se repite aadiendo, no cambia el archivo de protocolo asociado con la carrera. Estas acciones se registran en el Registro de ejecucin. El cuadro 11. Ejecutar botones de estado y sus funciones Botn de funcin Abra la tapa del motor de los instrumentos seleccionados ADVERTENCIA! Abrir la tapa durante una pausa en la ejecucin ejecutar durante el paso de corriente y puede alterar los datos. Cierre la tapa del motor de los instrumentos seleccionados CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 27Estado en tiempo real TabLa ficha Estado en tiempo real (Figura 29) muestra datos en tiempo real PCR recogidos en cada ciclo durante el el protocolo despus de la primera placa de dos lecturas. Esta ficha tambin muestra el texto y seleccin, y describir el estado del protocolo en la parte inferior de la ventana. CONSEJO: Haga clic en Ver / Editar botn Plate para abrir la ventana Editor de la Plata. Durante el de ejecucin, puede introducir ms informacin sobre el contenido de cada pocillo en la placa.

Figura 29. La ficha Estado en tiempo real muestra los datos durante una carrera. Aadir ms repeticiones con el actual paso GOTO en el protocolo. Este botn slo est disponible cuando un paso GOTO se est ejecutando. Omitir el paso de corriente en el protocolo. Si usted se salta un paso GOTO, el software verifica que desea omitir todo el GOTObucle y continuar con el siguiente paso en el protocolo. Flash del LED en el instrumento elegido para identificar la bloques seleccionados Pausa el protocolo NOTA: Esta accin se inscribe en el Registro de ejecucin. Reanudar un protocolo que se ha detenido Detener la ejecucin antes de que termine protocolos, que pueden alterar sus datos El cuadro 11. Ejecutar los botones de estado y sus funciones (continuacin) Botn de funcin Los experimentos en ejecucin 28 Sustitucin de un archivo de Plata Durante la carrera, reemplazar el archivo placa haciendo clic en el botn Cambiar Plate (Figura 29) en el tiempo real La ficha Estado. Seleccione el archivo de la nueva placa (. PLTD) de la lista en el explorador de Windows. NOTA: El software CFX gerente controla el modo de exploracin y tamao de la placa de la placa archivo, los cuales deben coincidir con las configuraciones de ejecucin que se iniciaron durante el experimento. SUGERENCIA: Sustitucin de un archivo de la placa es especialmente til si se inicia una carrera con un plato rpido archivo en la carpeta de carga Express. Tiempo ficha Estado La ficha Estado muestra un tiempo de temporizador de cuenta atrs para la ejecucin actual (Figura 30).

Figura 30. La ficha Estado muestra un contador de tiempo de cuenta regresiva para la ejecucin actual. Instrumento ventana Resumen La ventana de Resumen de instrumentos muestra una lista de los instrumentos detectados y su estado. Abra el resumen del instrumento haciendo clic en el botn Ver resumen (Figura 19 en la pgina 17) en el panel de instrumento detect. La figura 31 muestra la ventana Resumen de instrumentos, incluyendo la lista de nombre del bloque y el estado actual de todos los instrumentos detectados. Seleccione uno o ms bloques y haga clic en los botones la barra de herramientas para cambiar el estado de cada instrumento.

Figura 31. Instrumento ventana de Resumen. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 29 Instrumento barra de herramientas Resumen Resumen de la barra de herramientas de instrumentos incluye los botones y funciones que se enumeran en el cuadro 12. Men de clic derecho Haga clic derecho en la ventana Resumen de instrumentos para cambiar la lista de opciones que aparecen: Nombre del bloque. Ver el nombre del bloque Tipo. Ver el tamao y el tipo de bloque Estado. Ver el estado actual del bloque usuario. Ver el usuario actual que se registra en el software restante. Ver el resto del tiempo en la ejecucin actual Tabla 12. Botones de la barra en la ventana Resumen de instrumentos Botn Nombre de la funcin Prepar el experimento Monte un experimento en el seleccionado bloque mediante la apertura de la Configuracin del experimento ventana Detener Detiene la marcha actual de los bloques seleccionados Pausa la ejecucin actual de los bloques seleccionados Reanudar Reanudar la ejecucin de los bloques seleccionados Flash Bloque indicador de flash, el indicador LED en la tapa de la bloques seleccionados Abrir la tapa abierta de un bloque seleccionado tapa motorizada Cierre al cerrar la tapa de un bloque seleccionado tapa motorizada Ocultar los bloques seleccionados Ocultar los bloques seleccionados en el Resumen de la lista de instrumentos Mostrar todos los bloques muestran los bloques seleccionados en el Resumen de la lista de instrumentos Mostrar Seleccione los bloques para mostrar en la lista. Seleccione una de las opciones para mostrar todos los bloques detectados, todos los bloques de inactividad, todos los bloques que se estn ejecutando con el actual usuario, o todos los bloques de funcionamiento Los experimentos en ejecucin 30 Copia. Copia de la lista completa Copiar como imagen. Copia de la lista como un archivo de imagen Impresin. Imprimir la lista Seleccin de impresin. Imprimir slo las celdas seleccionadas en la lista Exportacin a Excel. Exportar la lista como un archivo de Excel con formato Exportar a texto. Exportar la lista como un archivo de texto Buscar. Bsqueda de texto en la lista Ordenar. Ordenar la lista mediante la seleccin de un mximo de tres columnas de datos en la ventana para ordenar CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 31 4 Protocolos Lea el captulo siguiente para obtener informacin sobre cmo crear y editar archivos de protocolo: Protocolo de ventana de Editor (a continuacin) Protocolo de control de Editor (pgina 33) Temperatura del modo de control (pgina 37) Protocolo AutoWriter (pgina 37) Protocolo de ventana del editor Un protocolo de instrucciones del instrumento para controlar los pasos de la temperatura, la temperatura de la tapa, y otros opciones del instrumento. Abra la ventana del editor de Protocolo para crear un nuevo protocolo o para editar el protocolo seleccionado en la ficha Protocolo. Una vez que el Protocolo se crea o modifica en el Editor de protocolo, haga clic en Aceptar para cargar el archivo de protocolo en la ventana Configuracin del experimento y ejecutarlo. Abrir el editor de Protocolo Para abrir el Editor de protocolo, siga una de estas opciones: Para crear un nuevo protocolo, seleccione Archivo> Nuevo> Protocolo o haga clic en la Nueva Creacin botn en la ficha Protocolo (pgina 22) Para abrir un protocolo existente, seleccione Archivo> Abrir> Protocolo, o haga clic en el Abierto de Botn existente en la ficha Protocolo (pgina 22) Para modificar el actual protocolo en la ficha Protocolo, haga clic en el botn Editar Seleccionado en la Protocolo de la ficha (pgina 22) SUGERENCIA: Para cambiar la configuracin predeterminada en la ventana del editor de Protocolo, entrar en el cambios en la ficha Protocolo en la ventana de preferencias del usuario (pgina 124) Protocolo de ventana del editor La ventana del editor de Protocolo (Figura 32) incluye las siguientes caractersticas: Barra de mens. Seleccionar la configuracin del protocolo Barra de herramientas. Seleccione las opciones para la edicin del protocolo Protocolo. Ver el protocolo seleccionado en un grfico (arriba) y el texto (abajo) vista. Haga clic en el la temperatura o tiempo de permanencia en el punto de vista grfico o texto de cualquiera de los pasos para introducir un nuevo valor Protocolos 32 Protocolo de botones del editor. Editar el protocolo, haga clic en uno de los botones a la izquierda de la vista de texto

Figura 32. Protocolo de ventana Editor de botones para los protocolos de edicin. Editor Protocolo barra de mens La barra de mens en la ventana del editor de Protocolo establece los elementos de men que aparecen en la Tabla 13 La barra de herramientas (Figura 33) en la ventana del editor de Protocolo de proporcionar un acceso rpido para importantes funciones:

Figura 33. Protocolo de la barra de herramientas del editor. Tabla 13. Editor Protocolo men de la barra tem del men de comandos de funcin Guardar archivo Guardar el protocolo actual Guardar como guardar el protocolo actual con un nombre nuevo o en una nueva ubicacin Cierre Cierre el Editor del Protocolo Configuracin de ajustes de tapa abierta la ventana de Configuracin de la tapa para cambiar o ajustar la tapa Temperatura Herramientas de degradado Calculadora Seleccione el tipo de bloque de un paso gradiente. Elija 96 Wells o 384 Wells En tiempo de ejecucin Calculadora Seleccionar el modo de instrumento y anlisis que se utilizarn para calcular el tiempo de ejecucin estimado en la Configuracin del experimento ventana CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 33 Tabla 14 enumera las funciones de los botones de la barra de herramientas Protocolo Editor: Protocolo de Control Editor La ventana del editor Protocolo incluye botones para cambiar el protocolo. En primer lugar, seleccionar y resaltar un paso en el protocolo de la izquierda haciendo clic con el puntero del ratn. A continuacin, haga clic en uno de los Protocolo Editor de botones en la parte inferior del lado izquierdo de la ventana del editor de Protocolo para cambiar el protocolo. La ubicacin de la insercin de una nueva etapa, "Antes" o "despus" del paso actualmente seleccionado se determinado por el estado del cuadro de Paso Insertar situado en la barra de herramientas. Insertar botn Paso Para insertar un paso de temperatura antes o despus del paso actualmente seleccionado: 1. Haga clic en el botn Paso Insertar. 2. Edicin de la temperatura o tiempo de espera haciendo clic en el valor por defecto en la vista grfica o de texto, e introducir un nuevo valor. Tabla 14. Protocolo de botones de la barra de herramientas del editor Barra de herramientas de botones y mens de funcin Nombre Guardar Guarde el archivo de protocolo actual Imprimir la ventana seleccionada Inserte el paso Seleccione antes o despus de insertar los pasos de un posicin en relacin con el resaltado paso Volumen de la muestra Introduzca un volumen de muestra en l entre 0 y 50 (para el bloque de 96 pozos), o entre 0 y 30 (Por 384-y bloque) Volumen de la muestra determina la temperatura Control de modo (pgina 37). Escriba cero (0) a seleccionar el modo de bloque Tiempo de ejecucin Ver un tiempo de ejecucin estimado basado en la pasos del protocolo y la velocidad de rampa Ayuda Abrir la Ayuda del software para obtener ms informacin sobre los protocolos Protocolos34 3. (Opcional) Haga clic en el botn Paso opciones para introducir un incremento o ampliacin de la opcin de la el paso (pgina 36). La figura 34 muestra el nuevo paso que se ha insertado despus del paso 2.

Figura 34. Protocolo con el paso inserta. Agregar o quitar una etiqueta leer PlatePara agregar una placa de lectura a un paso o para remover una placa leer de un paso: 1. Seleccione el paso haciendo clic en el paso, ya sea en la vista grfica o de texto. 2. Haga clic en la placa de Lee Agregar a paso para agregar una placa de lectura al paso seleccionado. Si el paso ya contiene una placa de lectura, el texto del botn cambia, as que ahora mismo botn lee Remueva la Placa de lectura. Haga clic para quitar una placa de lectura de la etapa seleccionada. En la figura 34, observe que el icono de la cmara en el punto de vista grfico (arriba) muestra que el paso 4 incluye una placa de leer. Insertar botn de degradado Para insertar un paso gradiente antes o despus del paso actualmente seleccionado: 1. Insertar un paso gradiente de temperatura haciendo clic en el botn de degradado en Insertar. 2. Asegrese de que el tamao de la placa para el gradiente coincide con el tipo de bloques del instrumento, el 96 bien o bien 384. Seleccione el tamao de la placa para el degradado, seleccione Herramientas>GradientCalculadora en la barra de men Protocolo Editor. 3. Modificar el intervalo de gradiente de temperatura, haga clic en la temperatura por defecto en el grfico o ver el texto, y entrando en una nueva temperatura. Alternativamente, haga clic en el botn Opciones de Paso entrar en el rango de gradiente en la ventana de Opciones de Paso (pgina 36) 4. Editar el tiempo de espera haciendo clic en el tiempo predeterminado en el punto de vista grfico o texto, y entrando en un nuevo tiempo. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 35 La figura 35 muestra el paso gradiente inserta. Las temperaturas de cada fila en el gradiente se trazado en la parte derecha de la ventana.

Figura 35. Protocolo con el paso del gradiente inserta. Insertar Botn GOTOPara insertar un paso GOTO antes o despus del paso seleccionado: 1. Haga clic en el botn Insertar GOTO. 2. Editar el nmero del paso GOTO o el nmero de repeticiones GOTO haciendo clic en el nmero predeterminado en el punto de vista grfico o texto, y entrando un nuevo valor. La figura 35 muestra un paso GOTO inserta al final del protocolo. Tenga en cuenta que el bucle GOTOincluye los pasos 2 a 4. Inserte Melt botn Curva Para insertar un paso curva de fusin antes o despus del paso seleccionado: 1. Haga clic en el botn Insertar Melt Curve. 2. Modificar el intervalo de temperatura de fusin o de incremento de tiempo haciendo clic en el nmero por defecto en la grfica o de texto, e introducir un nuevo valor. Alternativamente, haga clic en Opciones de Paso botn para entrar en el rango de gradiente en la ventana de Opciones de Paso (pgina 36). NOTA: No se puede insertar un paso curva de fusin dentro de un bucle GOTO. NOTA: El paso de la curva de fusin incluye una espera de 30 segundos al principio de la etapa de que no se muestra en el protocolo. Protocolos 36 La figura 36 muestra una curva de paso derretir aadido despus del paso 6:

Figura 36. Protocolo con el paso inserta curva de fusin. Opciones de Paso Para cambiar una opcin de paso para el paso seleccionado: 1. Seleccione un paso haciendo clic en el paso en el punto de vista grfico o texto. 2. Haga clic en el botn Opciones de paso para abrir la ventana Opciones de Paso. 3. Agregar o quitar opciones de introducir un nmero, la edicin de un nmero, o hacer clic en una casilla de verificacin. CONSEJO: Para mantener un paso para siempre (una bodega infinita), escriba cero (0.00) para la poca. La figura 37 muestra el avance seleccionado, con un gradiente de 10 C. Tenga en cuenta que algunas opciones no son disponibles en un paso de gradiente. Un paso pendiente no puede incluir un incremento o cambio de velocidad de la rampa.

Figura 37. Paso opcin para un gradiente. NOTA: Un gradiente se ejecuta con la temperatura ms baja en la parte delantera del bloque (fila H) y la temperatura ms alta en la parte trasera del bloque (lnea A). La ventana de Opciones de paso muestra las siguientes opciones que usted puede agregar o quitar de los pasos: Placa de lectura. Marque la casilla para incluir una placa de leer Temperatura. Introduzca una temperatura de destino para el paso seleccionado Gradiente. Introduzca un intervalo de gradiente para el paso CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 37 Incremento. Ingrese una temperatura para incrementar el paso seleccionado, la cantidad de incremento es aadido a la temperatura deseada en cada ciclo Velocidad de rampa. Introduzca un tipo para el paso seleccionado, el rango depende del tamao de bloque El tiempo. Introduzca un tiempo de espera para el paso seleccionado Extender. Introduzca una hora de ampliar el paso seleccionado. Ampliar la cantidad se aade a la tiempo de espera en cada ciclo Sonido. Marque la casilla para incluir un pitido en la final de la etapa CONSEJO: Cuando se introduce un nmero que est fuera del rango de opcin, el software cambia el nmero de la entrada ms cercana dentro de la gama. Botn Eliminar Paso Para eliminar un paso en el protocolo: 1. Seleccione un paso en el punto de vista grfico o texto. 2. Haga clic en el botn Borrar para borrar el paso de la etapa seleccionada. ADVERTENCIA! No se puede deshacer esta funcin. Modo de control de temperatura El instrumento utiliza uno de dos modos de control de temperatura para determinar cundo la muestra alcanza la temperatura deseada en un protocolo. SUGERENCIA: El volumen de la muestra se puede cambiar antes de una carrera mediante la edicin de la Muestra Volumen de parmetros en la ficha Ejecutar Start (vea "Iniciar ficha Ejecutar" en la pgina 24). Entrar en un volumen de muestra en el editor de protocolo para seleccionar un modo de control de la temperatura: Calculado modo. Cuando se introduce un volumen de muestra entre 1 y 50 l (96-y bloque) o entre 1 y 30 l (384-y bloque) el termociclador calcula la muestra temperatura basado en el volumen de la muestra. Este es el modo estndar Bloquear el modo. Cuando se introduce un volumen de muestra de cero (0) l, los registros trmicos cicladorla temperatura de la muestra como el mismo que mide la temperatura del bloque Protocolo AutoWriterAbra el AutoWriter Protocolo para escribir rpidamente los protocolos de PCR y PCR en tiempo real experimentos. Para abrir el AutoWriter Protocolo, seleccione una de estas opciones: Haga clic en el botn AutoWriter Protocolo en la barra de herramientas de software de la ventana principal Seleccione Herramientas> Protocolo AutoWriter la barra de mens en la ventana principal del software Protocolos 38 La figura 38 muestra un protocolo (parte inferior de la ventana), escrito por el AutoWriter Protocolo. Figura 38. Protocolo de ventana AutoWriter con un nuevo protocolo. Descripcin general del protocolo AutoWriterLa ventana AutoWriter Protocolo utiliza la informacin acerca de su reaccin de forma automtica generar un archivo de protocolo. Introduzca la siguiente informacin acerca de su experimento de PCR: la temperatura de recocido (Ta) o secuencia de cebador. Introducir la temperatura de recocido para los cebadores. Si la temperatura de recocido es desconocida, haga clic en el botn de la calculadora de Ta entrar en la secuencia del cebador para calcular la temperatura de anillamiento en la calculadora de Ta ventana Longitud de amplicn (pb). Introduzca la duracin prevista del producto de PCR enzima. Seleccione la enzima ADN polimerasa (ITAQ, iProof, u otro) (ADN iTagTmPolimerasa, ADN polimerasa iProofTm de alta fidelidad), introducir informacin adicional incluyendo el tiempo de activacin del inicio caliente, y el tiempo de extensin final Tiempo de funcionamiento y el tipo. Introducir una velocidad (estndar, rpido y ultrarrpido) para ajustar el tiempo de ejecucin total, y seleccionar el tipo de PCR (PCR en tiempo real o PCR) El tiempo de ejecucin de cualquier protocolo se ve influenciada por el nmero de pasos y de los ciclos, la incubacin tiempo en cada paso, y el tiempo que tarda en llegar a la uniformidad, a la temperatura deseada. Para reducir el tiempo de ejecucin del conjunto de la AutoWriter Protocolo de hace uno o ms de los siguientes cambios: Reduce el nmero total de pasos del protocolo Reduce el nmero de repeticiones GOTO Minimiza el tiempo de espera en cada paso de temperatura Minimiza el tiempo de rampa entre los pasos por la reduccin del cambio de temperatura de un paso a la siguiente CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 39 Por ejemplo, un tpico protocolo de PCR incluye los siguientes tres conjuntos de medidas con un recorrido total tiempo de 1,5 a 2,0 horas: 1. Plantilla inicial de desnaturalizacin y la activacin de la enzima (95 C durante 30-10 minutos). 2. Ciclos de tres pasos de temperatura (30 a 40 ciclos): La desnaturalizacin de la plantilla (94-95 C durante 15-30 segundos), hibridacin de los cebadores (recocido durante 15-30 segundos), y la extensin de producto (72 C durante 15-60 segundos). 3. La extensin final (72 C durante 10 minutos). El Protocolo de AutoWriter podra hacer estas modificaciones para acortar un protocolo tpico: Cambiar la plantilla de desnaturalizacin inicial y activacin de la enzima paso de 95 C durante 3 minutos a 98 C durante 30 segundos Cambie el primer paso de desnaturalizacin en cada ciclo de 95 C durante 30 segundos a 92 C durante 1 segundo Combinar los pasos de recocido y extensin en un solo paso a 70 C durante 20 segundo NOTA: La combinacin de los pasos de recocido y extensin impone lmites a la fusin la temperatura de los cebadores. Si las temperaturas de fusin de los cebadores no estn dentro del rango especificado, ajustar los cebadores. Por ejemplo, acortar los cebadores por 2 a 3 pares de bases (pb), o redisearlos para ajustar la temperatura de fusin. Crear un protocolo con el Protocolo de AutoWriterSiga estos pasos para utilizar el AutoWriter Protocolo para crear un nuevo protocolo: 1. Haga clic en el botn AutoWriter Protocolo sobre la barra de herramientas para abrir el Protocolo AutoWriterventana. 2. Introduzca la temperatura (Ta) y amplicn longitud en los cuadros dentro de la Introducir valores objetivo / panel de enzimas. Si usted no sabe la temperatura de recocido para primers, haga clic en el botn de la calculadora Ta para entrar en el primer secuencias y calcular el la temperatura de recocido. Para obtener ms informacin acerca de los clculos utilizados en la calculadora de Ta ver Breslauer et al. 1986. 3. Seleccione un tipo de enzima de la lista de opciones (ITAQ, iProof, u otro). 4. Agregar parmetros en el panel de parmetros adicionales (opcional) si desea agregar un Rango de gradiente, la temperatura caliente de inicio de activacin, o el tiempo de extensin final de la protocolo. 5. Seleccione una velocidad de protocolo (estndar, rpido o ultrarrpido) moviendo la barra deslizante en la Tipo panel. Cuando se mueve la barra deslizante, el software ajusta el tiempo de ejecucin total. Seleccionar PCR en tiempo real para indicar al software para recopilar datos de fluorescencia. 6. Revisar el protocolo en el panel de vista previa en tiempo de ejecucin total. Hacer los cambios necesarios. Consejo: Introduce la temperatura tapa y volumen de la muestra antes de cada ejecucin mediante la edicin del parmetros en la pestaa Inicio Ejecutar (vea "Iniciar ficha Ejecutar" en la pgina 24). 7. Haga clic en Aceptar para guardar el nuevo protocolo, o en Cancelar para cerrar la ventana sin guardar el protocolo. Sugerencia: Para editar un protocolo escrito con las AutoWriter Protocolo, abra el archivo de protocolo (. PRCL extensin) en la ventana del editor de Protocolo (pgina 31). NOTA: Bio-Rad Laboratories no garantiza que la ejecucin de un protocolo por escrito en la ventana AutoWriter Protocolo siempre dar como resultado un producto de PCR. Protocolos 40 CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 41 5 placas Lea este captulo para obtener informacin sobre cmo crear y editar archivos de la placa: Placa de la ventana del editor (seccin siguiente) Placa de tamao y tipo (pgina 44) Analizar el modo (pgina 45) Los fluorforos ventana Select (pgina 45) Los controles de carga Bueno (pgina 46) Grupos Bueno ventana del Administrador (pgina 50) Placa ventana del editor Un archivo de la placa contiene los parmetros de ejecucin, tales como el modo de exploracin y fluorforos, y el contenido, as e instruye a los instrumentos sobre cmo analizar los datos. Abra la ventana del editor de placas de crear un nuevo plato o para editar la placa seleccionada en la ficha de la Plata. Una vez que un archivo de la placa es creados o editados en el Editor de la Plata, haga clic en Aceptar para cargar el archivo de la placa en la Configuracin del experimento ventana y ejecutarlo. Para ejecutar un experimento de PCR en tiempo real, debe cargar la informacin mnima requerida en la Plata Editor: al menos un pozo debe contener un tipo de muestra cargada y fluorforo. TIP: Cambiar el contenido y, antes, durante y despus de ejecutar el experimento. Sin embargo, el tamao del modo de exploracin y la placa no se puede cambiar durante o despus de la carrera. Abra el Editor del Plata Para abrir la ventana del editor de placa (Figura 39), siga una de estas opciones: Para crear una nueva placa, seleccione Archivo> Nuevo Plate> o haga clic en el botn Crear Nuevo la lengeta de la placa (pgina 23) Para abrir una placa existente, seleccione Archivo> Abrir Plate>, o haga clic en Abrir existentes botn de la lengeta de la placa (pgina 23) Para modificar la corriente de placa en la lengeta de la placa, haga clic en el botn Editar Seleccionado en la Plata pestaa (pgina 23) Para abrir la placa asociada con un archivo de datos, en la ventana de Anlisis de Datos (pgina 69), haga clic en Ver / Editar la Plata en la barra de herramientas Placas 42

Figura 39. Placa de la ventana Editor. Placa ventana del editor La ventana del editor placa incluye las siguientes caractersticas: Barra de mens. Seleccionar la configuracin del tamao de la placa, tipo de placa, nmero de convenciones, y las unidades (Pgina 43) NOTA: Una placa de 96 pocillos recoge datos de hasta 5 canales (todos los canales de exploracin). A 384 y placa recopila datos para un mximo de cuatro canales (todos los canales de exploracin). Barra de herramientas. Seleccionar la configuracin del modo de escaneo (pgina 45) o Grupos Bueno (pgina 50) Gua de Carga de la Plata. Abra la ventana de Carga Placa Gua de la barra de herramientas para un visin general rpida de las instrucciones para cargar una placa (pgina 42) Placa de vista. Ver el contenido y actual. Pozos de carga mediante el uso de las opciones de carga de planchas en el lado derecho de la opinin de la placa (Figura 39) Bueno carga controles. Elegir el contenido de la carga en los pozos (pgina 46) de la controles en el lado derecho de la placa de vista El ejemplo del editor Plate muestra algunos pozos cargados de incgnitas (Desc) y las normas (estndar) (Figura 39). La parte inferior de la placa muestra el tipo de placa (BR claro) y un selector para ver Nombre de destino o de concentracin cuando los pozos se cargan con el tipo de muestra estndar. CFX96 y CFX384 Manual de Sistemas 43 Editor de la placa de la barra de mens La barra de mens en la ventana Editor Plate proporciona los elementos de men se muestra en la Tabla 15. Placa de la barra de herramientas del editor La barra de herramientas en el Editor de placas proporciona acceso rpido a funciones importantes de placa de carga: SUGERENCIA: Para cambiar la configuracin predeterminada en la ventana del editor de la Plata, abierta al Usuario Preferencias ventana e introduzca los cambios en la lengeta de la placa. Cuadro 15. Elementos de la barra de men en el Editor de Plata tem del men de comandos de funcin Guardar archivo Guardar los archivos de la placa Guardar como Guarda el archivo plato con un nuevo nombre de archivo Salir Salir del Editor PlateTamao de la configuracin Plate Seleccione el tamao de la placa que refleja el nmero de pozos en el bloque de instrumento. Elija de 384 pozos para el CFX384, De 96 pozos para el CFX96 NOTA: Tamao de la placa debe ser el mismo que el tamao del bloque del instrumento en el que ejecuta el experimento Placa de elegir el tipo de pozos en la placa que tiene susmuestras, incluyendo BR BR blanco y transparente. Para anlisis de los datos precisos, el tipo de placa debe ser el mismo como la placa y tipo de los utilizados en el experimento NOTA: Es necesario calibrar los nuevos tipos de placas (pgina 131). Convenio nmero Seleccionar o cancelar la seleccin de notacin cientfica Seleccione las unidades de las unidades para mostrar en las hojas de clculo cuando realizar la cuantificacin de incgnitas en comparacin con un estndar curva. Seleccione el nmero de copias, diluciones, micromoles, nanomoles, picomoles, femtomoles, attomoles, miligramos, microgramos, nanogramos, picogramos, femtomoles, attograms por ciento, o Herramientas del clculo Ver Mostrar la informacin de la placa en una vista de hoja de clculo para exportacin o la impresin Gua de placa de carga Mostrar una gua rpida sobre cmo configurar una placa y carga de los pozos Mostrar Bueno Notas Seleccionar para mostrar el panel de los controles de carga tambin. Escribe una nota acerca de uno o ms pozos Mostrar Coleccin Nombre Seleccione para mostrar este panel en los controles de carga tambin.Seleccione esta opcin para introducir los nombres de la coleccin de uno o ms pozos Ayuda de Contenidos Abiertos de la Ayuda para obtener ms informacin sobre las placas Placas44 Tabla 16 enumera las funciones disponibles en la barra de herramientas del editor de la Plata. Tamao de la placa y el tipo de El software se aplica estos ajustes placa a todo