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ESTRUCTURA y ANALISIS
AMINOACIDOS
PEPTIDOS
PROTEINAS
Estructura de un alfa aminoácido
Lambert-Beer : A = log (Io/I)=e.c.l e = coef absorción molar c concentración
Intermediarios en la síntesis de arginina y ciclo de la urea
El zwitterion predomina en solución acuosa a pH neutro
Los recuadros indican las regiones de mayor poder tamponate
Los aminoácidos pueden actuar como ácidos o bases
Efecto del entorno químico en el pK, debido a las interacciones moleculares
La curva de valoración predice la carga eléctrica de los aminoácidos
• pH 5.97 punto de inflexión entre las dos etapas, la glicina esta en forma dipolar totalmente ionizada y sin carga neta
• este punto se denomina : pI
• PUNTO ISOELECTRICO
• pH < 5.97 positiva
• pH> 5.97 negativa
pI= 3.22
pI 7.59
Reacción de condensación Formación del enlace peptídico
Se nombran desde el residuo amino terminal a la izquierda
Trabajar con proteínas
• Se pueden separar y purificar• Extracto crudo• Diálisis• Cromatografía en columna• HPLC• Electroforesis• Secuenciación : degradación de Edman• Espectrometría de masas
En sucesivos pasos se va acotando en numero de bandas
Otorga a todas las moléculas una misma cargo por lo que migran en el campo eléctrico solo por su peso molecular
Electroforesis bidimensional
Secuencia de aa Citocromo c Hum residuos invariables amarillo
Punto de rupturas
1fluoro-2,4 dinitrobenceno
Solo rompe en los carbonilos que provienen de Met
ESPECTROMETRIA DE MASAS
• MALDI MS
• Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry
• Muy poca cantidad de muestra
• Mr es un parámetro critico para identificar la proteína
• ESI MS Electrospray Ionization
Espectroscopia de masas en tandem
ESPECTROMETRIA DE MASAS TANDEM
• HIDROLSIS CON PROTEASAS
• PRIMER EM SEPARA LOS FRAGAMENTOS IONIZADOS
• SE SELECCIONA UN PEPTIDO
• ESTE ENTRA A UNA CAMARA DE VACIO DONDE VUELVE A FRAGMENTARSE LA MAYORIA DE LAS FRAGMENTACIONES SE DA EN LOS ENLACES PEPTIDICOS
• EL SEGUNDO EM MIDE LA RELACION MASA/CARGA DE TODOS LOS FRAGMENTOS CARGADOS GENERANDO PICOS
• LOS PICOS SUCESIVOS TIENEN UNA DIFERENCIA DE UNA AMINOACIDO RESPECTO DE SU MASA
Síntesis química de un polipéptido sobre un soporte polimérico