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FILOCÓDIGO
JOHANA VILLOTA
SALOMÉ ZULUAGA
PRINCIPIOS DE SISTEMÁTICA
SÉPTIMO SEMESTRE
INTRODUCCIÓN
• LA PRIMERA REUNIÓN INTERNACIONAL DE NOMENCLATURA FILOGENÉTICA SE LLEVÓ A CABO DESDE EL 6-9 DE JULIO DEL 2004, EN EL MUSEO NACIONAL DE HISTORIA NATURAL EN PARIS, ORGANIZADO POR 10 MIEMBROS DEL COMITÉ LIDERADO POR MICHEL LAURIN.
• EL PROGRAMA Y LOS RESÚMENES DE LOS REPORTES EN HTTP://WWW.PHYLOCODE.ORG Y HTTP://WWW.PHYLONAMES.ORG
• LA CONFERENCIA EN PARIS SIRVIÓ COMO LUGAR INAUGURAL PARA LA SOCIEDAD INTERNACIONAL DE NOMENCLATURA FILOGENÉTICA (ISPN)
• EL ISPN INCLUYE UN COMITÉ ELECTO EN LA NOMENCLATURA FILOGENÉTICA, CUYA RESPONSABILIDAD INCLUYE RATIFICAR LAS EDICIONES MÁS RECIENTES DEL PHYLOCODE Y LA APROBACIÓN DE CUALQUIER MODIFICACIÓN SUBSECUENTE.
ISPN
COMITÉ INTERNACIONAL DE NOMENCLATURA FILOGENÉTICA
• BRIAN ANDRES (UNIVERSITY OF SOUTH FLORIDA), [email protected]
• NICO CELLINESE (FLORIDA MUSEUM OF NATURAL HISTORY), [email protected]
• JAMES A. DOYLE (UNIVERSITY OF CALIFORNIA, DAVIS), [email protected]
• DAVID HILLIS (UNIVERSITY OF TEXAS), [email protected] 2016
• KEVIN DE QUEIROZ (SMITHSONIAN INSTITUTION), [email protected]
• SEAN GRAHAM (UNIVERSITY OF BRITISH COLUMBIA), [email protected]
• RICHARD OLMSTEAD (UNIVERSITY OF WASHINGTON), [email protected]
• MIECZYSŁAW WOLSAN (POLISH ACADEMY OF SCIENCES), [email protected] 2017
• JOHN HALL (UNIVERSITY OF MARYLAND), [email protected]
• DAVID HIBBETT (CLARK UNIVERSITY), [email protected]
• DAVID MARJANOVIĆ (MUSEUM FÜR NATURKUNDE, BERLIN), [email protected]
• GREG ROUSE (UNIVERSITY OF CALIFORNIA, SAN DIEGO), [email protected]
PROPIEDADES DEL CÓDIGO
• SEMEJANZAS
• 1) PROPORCIONAR MÉTODOS INEQUÍVOCOS PARA APLICAR NOMBRES A LOS TAXONES
• 2) PROMOVER LA ESTABILIDAD NOMENCLATURAL
• 3) UTILIZACIÓN CLARA DE LA PRECEDENCIA, PARA DETERMINAR EL NOMBRE CORRECTO DE UN TAXÓN CUANDO EXISTAN SINÓNIMOS U HOMÓNIMOS. PARA LA PRECEDENCIA EL CRITERIO PRINCIPAL ES LA PRIORIDAD CRONOLÓGICA
• DIFERENCIAS
• INDEPENDENCIA DE LAS JERARQUÍAS TAXONÓMICAS PARA LA ASIGNACIÓN DE NOMBRES
• NO REQUIERE TAXONOMÍAS ORDENADAS
• LAS CATEGORÍAS ESPECIE Y CLADO SON DIFERENTES ENTIDADES BILÓGICAS
• DEFINICIONES PARA CLADO Y ESPECIE
• DEFINICIÓN DIFERENCIAL PARA SINÓNIMOS
• REQUIERE PUBLICACIÓN Y REGISTRO
PROPIEDADES
• LA NOMENCLATURA FILOGENÉTICA UTILIZA DEFINICIONES FILOGENÉTICAS PARA NOMBRAR CLADOS
• LA ESPECIE, ESPECÍMEN Y APOMORFIAS SE DENOMINAN ESPECIFICADORES, SE UTILIZAN PARA EXPLICAR EL CLADO AL QUE SE APLICA EL NOMBRE. PUEDEN USARSE MÚLTIPLES ESPECIFICADORES
Figura 1. Definiciones filogenéticas usadas bajo el PhylocodeTomado de http://palaeos.com/phylogeny/glossary.html
DIVISIÓN I: PRINCIPIOS DEL FILOCÓDIGO
1. REFERENCIA: EL PROPÓSITO DE LOS NOMBRES DE LOS TAXA ES PROVEER SIGNIFICADOS REFERENTES AL TAXÓN Y NO A SUS CARACTERÍSTICAS
2. CLARIDAD: SIN AMBIGÜEDAD EN LA DESIGNACIÓN DE UN TAXA PARTICULAR
3. SINGULARIDAD: PARA PROMOVER CLARIDAD, CADA TAXA DEBE TENER UN ÚNICO NOMBRE ACEPTADO
4. ESTABILIDAD: LOS NOMBRES DE LOS TAXA NO DEBEN CAMBIAR DURANTE EL TIEMPO
5. CONTEXTO FILOGENÉTICO: APLICACIÓN DE NOMBRES A TAXA A PARTIR DEL CONTEXTO FILOGENÉTICO
6. LIBERTAD TAXONÓMICA: PERMITE LIBERTAD TAXONÓMICA PRETENDIENDO MEJORA A LAS HIPÓTESIS TAXONÓMICAS EXISTENTES
7. NO HAY JURISPRUDENCIA BAJO ESTE CÓDIGO: LOS PROBLEMAS NOMENCLATURALES SON RESUELTOS POR EL COMITÉ DE NOMENCLATURA FILOGENÉTICA (CNF) MEDIANTE LA APLICACIÓN DIRECTA DEL CÓDIGO
DIVISIÓN II: REGLASCAPÍTULO I: TAXA
• ARTÍCULO 1. LA NATURALEZA DEL TAXA. Los taxa pueden ser clados o especies.
• ARTÍCULO 2. CLADOS. Es un ancestro. Ejemplo: Clados existentes y extintos perteneces a un clado.
Conceptualización con respecto a arboles filogenéticos:
Clado basado-nodo
Clado basado-ramas
Clado basado en apomorfias
• ARTÍCULO 3. JERARQUÍA Y RANGO. Independencia de la categoría de rangos.
CAPÍTULO III: ESTATUS
• ARTÍCULO 6. SI EL NOMBRE NO ESTÁ ESTABLECIDO BAJO LOS REQUERIMIENTOS DEL ARTÍCULO 7 NO TENDRÁ UN ESTATUS EN EL FILOCÓDIGO
• RECOMM 6.1 A LOS NOMBRES CIENTÍFICOS SERÁN ITALIZADOS
• RECOMM 6.2 B DEBE DIFERENCIARSE ENTRE LOS NOMBRES ESTABLECIDOS BAJO ESTE CÓDIGO Y LOS BASADOS EN JERARQUÍAS
• EJEMPLO. “P” DESIGNA NOMBRES GOVERNADOS POR ESTE CÓDIGO Y “R” LOS GOVERNADOS POR JERARQUÍAS.
• 6.4 UN NOMBRE ACEPTADO ES AQUEL QUE ESTÉ EN CONCORDANCIA CON LAS REGLAS DEL CÓDIGO:
• A) NOMBRE ESTABLECIDO B) SIN HOMÓNIMOS C) CUMPLA CON EL PRINCIPIO DE PRECEDENCIA
Ajugoidae (R), Teucnoidae (P)
SECCIÓN 2: ESTABLECIMIENTO DEL NOMBRE
• ARTÍCULO 7. REQUERIMIENTOS GENERALES
• 7.1 EN NOMBRE SE ESTABLECERÁ DESPUÉS DE SER PUBLICADO EN PHYLONYMS: A COMPANION TO THE PHYLOCODE
• 7.2 EL TAXÓN DEBE APLICAR A UN CLADO QUE APAREZCA EN LA REFERENCIA DE LA FILOGENIA. EL NOMBRE ACEPTADO DEBE ESTAR REGISTRADO EN LA BASE DE DATOS DEL FILOCÓDIGO
• ARTÍCULO 8. REGISTRO
• 8.1 EL NOMBRE E INFORMACIÓN ANEXA DEBE SER ENVIADA A LA BASE DE DATOS. EL NUMERO DE REGISTRO SERÁ PERMANENTE UNA VEZ EL AUTOR VERIFIQUE LA PUBLICACIÓN DEL NUEVO TAXON
http://www.slideshare.net/iczn/tax-sem2
CAPÍTULO IV: NOMBRES DE CLADOS • ARTÍCULO 9: REQUERIMIENTOS GENERALES PARA ESTABLECER UN NOMBRE DE
UN CLADO.
o Los nombres de los clados deben establecerse por la conversión de nombres preexistentes o la introducción de nuevos nombres.
o El clado va acompañado de una definición filogenética en ingles o en latín.
Nota 9.3.1
Una definición basada en nodo tomara la forma: El clado originado con el ancestro comun mas reciente de A y B, o el clado menos inclusivo que contiene A y B. abreviatura: ´´< A & B´´ o ´´A & B & C & D´´
Definición basada en rama: El clado que contiene A y todos sus organismos. ´´> A ~ Z´´ o ´´>A~ Z v Y v X´´
Definición basada en apomorfias: el clado originado con el primer organismo o especie que adquirió la apomorfia M heredada de A. ´´>M (A)´´.
Organismos extintos: el clado originado con el mas reciente ancestro común de A y todos los organismos extintos.
´´>´ A~ Z´´.
• ´´ M(A)´´
SISTEMA DE ABREVIACIONES USADO• > = Clado mas inclusivo.
• < = Clado menos inclusivo.
• & = y
• V = o
• ~ = Pero no
• A, B, C, ETC. = Especies, especimenes
• Z, y, x, etc. = Especies externas
• M = Apomorfia
• ( ) = De
• > = Clado corona mas inclusivo
• < = Clado corona menos inclusivo
• = Clado corona
• El establecimiento del nombre del clado debe incluir la citación de una referencia publicada. Ejemplo: Olmstead y judd (20xx) aplicaron el nombre preexistente Lamiaceae al clado menos inclusivo que contiene Gentianales, Solanales, Lamiales, Boraginaceae y Vahliaceae.
• ARTÍCULO 10: SELECCIÓN DE NOMBRE
o Los nombres de los clados son generales.
Recom.10.1.A: Si mas de un nombre pre- existente ha sido aplicado a un clado particular el nombre mas usado y consistente debe ser elegido.
o Sera elegido el nombre del clado si:
El clado no tiene nombre preexistente
El nombre mas usado y conocido se ha establecido a otro clado preexistente.
Homonimia
El clado a nombrar es un clado total. Pan-clado. Ejemplo: Pan-Rosidae, Pan-rosidae.
El grupo a nombrar es un clado basado en apomorfias.
10.3 El prefijo pan debe ser usado si se nombra un clado total. Ejemplo: si testudines se establece como clado corona debe nombrarse Pan- Testudines.
• ARTÍCULO 11: ESPECIFICADORES Y CALIFICADORES
o ESPECIFICADORES: Especímenes, especies o apomorfia citadas en una definición filogenética.
Nota 11.11.2. Aunque los clados no pueden ser espicificadores deben citarse con una definicion filogenetica del nombre del clado inclusivo para clarificar la posicion filogenetica del especificador. Ejemplo: Aves definido como ´´ el clado corona mas inclusivo con el ancestro comun mas reciente Struthio camelyn Linneus 1758 (Ratitae), Tinamus major Gmelin 1789 (Tinamidae) y Vultur gryphus Linneus 1758 (Neognathae). No son especificadores solo proveen informacion adicional acerca de la posicion filogenetica de los verdaderos especificadores.
• 11.3 Si se usa una especie como especificador el autor y año de publicación deben ser citados.
http://www.slideshare.net/iczn/tax-sem2
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http://www.slideshare.net/iczn/tax-sem2
CAPÍTULO 5: SELECCIÓN Y ACEPTACIÓN DE NOMBRES
• ARTÍCULO 12: PRECEDENCIA
• 12.1 LA PRECEDENCIA DETERMINA LA ACEPTACIÓN DE NOMBRES QUE PRESENTEN CONFLICTOS POR SINONIMIAS U HOMONIMIAS
• 12.2 LA PRECEDENCIA SE BASA EN LA FECHA ESTABLECIDA, LOS MÁS ANTIGUOS SERÁN PRIORITARIOS. ESTA FECHA SE REFIERE A LA DE PUBLICACIÓN Y NO LA DE REGISTRO.
• ARTÍCULO 13: HOMÓNIMOS
• 13.1 LOS HOMÓNIMOS SON NOMBRES DELETREADOS IDÉNTICAMENTE Y REFERIDOS A TAXONES DIFERENTES Y CLADOS CON DIFERENTE DEFINICIÓN.
• EJEMPLO 1. Pedersen definió Lamiaceae como el nombre del clado menos inclusivo que contiene Lamium purpureum Linnaeus 1753 y Congea tomentosa Roxburg 1819 y Ramírez definió Lamiaceae como el clado menos inclusivo que contiene Lamium purpureum Linnaeus 1753 y Symphorema involucratum Roxburg 1798.
• EJEMPLO 2. Gauthier et al 1988 definió Lapidosauromorpha para referirse al clado compuesto por Lapidosauria y todos los que comparten ancestro común con este (definición basada en rama). Laurin 1991 define Lapidosauromorpha para referirse al clado originado con el ancestro más reciente de Palaegama, Saurostemon y Paliguana (definición basada en nodo)
• 13.6 EN CASO DE REEMPLAZAR LAS HOMONIMIAS POR UN NUEVO NOMBRE, ESTE DEBE SER IDENTIFICADO CON LA DESIGNACIÓN “REPLACEMENT NAME” Y DEBIDAMENTE CITADO CON AUTOR, FECHA, JOURNAL Y NÚMERO DE REGISTRO DE REEMPLAZO
CAPÍTULO 5: SELECCIÓN Y ACEPTACIÓN DE NOMBRES
• ARTÍCULO 14: SINONÍMIAS
• 14.1 LAS SINONÍMIAS SON NOMBRES DELETREADOS DIFERENTE PERO REFERIDOS A UN MISMO TAXÓN, PUEDEN TENER IGUAL O DIFERENTE DEFINICIÓN
• EJEMPLO 1 Hypothethica fue definido como el clado menos inclusivo que contenía A y B y Cladia se definió como el clado menos inclusivo que contenía C y B . donde A comparte un ancestro con C que con B, Hypothetica y Cladia sería sinónimos heterodefinicionales.
CAPÍTULO 5: SELECCIÓN Y ACEPTACIÓN DE NOMBRES
• ARTÍCULO 17. ORTOGRAFÍA
• 17.1 Para establecer el nombre de un clado debe ser una sola palabra iniciando con mayúscula. Para referirse a un taxa iniciar con prefijos Phyto-, Phyco-, Myco-, Monera-, Zoo-. El nombre del autor es citado después del nombre del clado.
• Si el clado es en honor a alguien p.e Woodson el nombre del clado no debe ser Woodson sino Woodsonian
• ARTÍCULO 20. CITACIÓN DE AUTORES Y REGISTRO
• 20.2 El nombre del autor debe ser citado luego del clado
• EJEMPLO 1. Woodsonian Meekins[Larson], establecido por Larson(2010), basado en Meekins(1956)
CAPÍTULOS 10: NOMBRES DE ESPECIES
• ARTÍCULO 21: NOMBRE DE ESPECIES:
o Describe como las especies serán interpretadas y usadas bajo este código.
o Como epíteto genérico se utiliza un símbolo que simplemente se refiera a una entidad biológica. Ejemplo: ©Hypozheticus indica que es un nombre de un clado establecido. Hypozheticus indica que es un nombre que no han establecido. © debe indicarse.
CAPÍTULO 2: PUBLICACIÓN Y REQUERIMIENTOS
• ARTÍCULO 4. PROVISIONES DE PUBLICACIÓN Y NOMENCLATURA
• 4.2 LA PUBLICACIÓN SE DEFINE COMO LA DISTRIBUCIÓN DEL TEXTO PARA CUANTIFICAR Y CALIFICAR LOS TRABAJOS. ESTOS TRABAJOS DEBEN ENTREGARSE EN PER-VIEWED (50 COPIAS), OBTENIBLE, INALTERABLES.
• 4.2.2 LAS 50 COPIAS DEBEN DISTRIBUIRSE A BIBLIOTECAS IMPORTANTES INSTITUCIONALES ( 5 O 3 PAÍSES) CON ACCESIBILIDAD AL PÚBLICO DE LA COMUNIDAD CIENTÍFICA (PERIÓDICOS Y DIARIOS PARA INFORMAR PERSONAS QUE NO SEAN DEL ÁREA A FIN)
• 4.3 LA DISPERSIÓN POR MEDIO ELECTRÓNICO NO CUENTA COMO PUBLICACIÓN (USB , CDS ETC.)
• 5.1 LA FECHA DE PUBLICACIÓN CORRESPONDE A LA FECHA EN QUE LA PUBLICACIÓN TOMA LUGAR Y COMO SE DEFINE EN EL ART.4
EJEMPLOS PARA DETERMINACIÓN DE CLADOS
Tabla 1. Nomenclatura de clado bajo el Phylocode. Tomado de: http://en.wikipedia.org/wiki/PhyloCode
PROBLEMA PARA DEFINICIONES A PARTIR DE APOMORFIAS
Figura 2. Propuestas de evolución de los tetrápodos. En estos ejemplos es incierto si los Lacertilia y Cecilia son del clado tetrápoda .
EJEMPLOS • Callicebus caquetensis: Callicebus= Del Latín Kali: Bonito, cebus: mono y caquetensis=
Caquetá
• Cecropia angustifolia: Cecropia= Referente al rey Cécrope II angustifolia= Hoja estrecha
• Digitalis purpurea: Digitalis= Latín digitus: Dedo y purpurea= lila o purpúreo
• Cedrela odorata: Cedrela= Cedrus o Cedro, odorata= Del latín odoratus-a-um muy fragante por su madera.
• Acacia melanoxylon: Acacia del griego akis =punta, aludiendo a las espinas de las especies de acacias africanas, melanoxylon, del griego melas, que significa negro y xylon, que significa madera, aludiendo al color negro oscuro de la corteza.
BIBLIOGRAFÍA
• CANTINO P-D & DE QUEIROZ K (2010). PHYLOCODE: INTERNATIONAL CODE OF PHYLOGENETIC NOMENCLATURE. VERSION 4C
• COMPARING THE CODE: ZOOLOGICAL AND BOTANICAL CODES. AVAILABLE ON HTTP://WWW.SLIDESHARE.NET/ICZN/TAX-SEM2
• DE QUEIROZ K-D & CANTINO, P-D (2001). PHYLOGENETIC NOMENCLATURE AND THE PHYLOCODE. BULLETIN OF ZOOLOGICAL NOMENCLATURE 58(4) DECEMBER 2001.
• INTERNATIONAL SOCIETY FOR PHYLOGENETIC NOMENCLATURE. AVAILABLE ON HTTP://PHYLONAMES.ORG
• PHYLOGENETIC CLASSIFICATION & THE PHYLOCODE (2010). AVAILABLE ON HTTP://IB.BERKELEY.EDU/COURSES/IB200A/LECT/IB200A_LECT17B_LINDBERG_CLASSIFICATION_PHYLOCODE.PDF
• THE PHYLOCODE. AVAILABLE ON HTTP://WWW.OHIO.EDU/PHYLOCODE/
