El 3 de octubre de 1814 inició sus sesiones el Congreso. Fue elegido presidente el Dr. Francia, quien en el discurso inaugural, aconsejó la formación de un gobierno personal para la mejor defensa de la Independencia Nacional.

Mariano Antonio Molas propuso al Dr. Francia como dictador, quien fue designado "Dictador Supremo de la República" por un periodo de cinco años. Se le autorizó a constituir el Tribunal Supremo y a ejercer potestad judicial mientras tanto. Al día siguiente clausuró sus sesiones el Congreso determinando disminuir el número de diputados a 250 y de tomar juramento al flamante dictador.

Asunción recibió con regocijo popular la ascensión del Dr. Francia al poder supremo. Las fiestas organizadas en esta ocasión fueron las últimas que conoció durante muchos años. Las sombras cayeron sobre el Paraguay.

Desde el inicio de su mandato el Dr. Francia ejerció el poder con "mano dura". Mediante decreto , prohibió, extinguió y anuló toda autoridad o supremacía de las autoridades religiosas, jueces o prelados residentes en otras provincias o gobiernos. Se cortó así todo vínculo de dependencia de las comunidades religiosas del país.

El gobierno ejerció un control sobre los nombramientos de los prelados.

No esperó el Dr. Francia los cinco años que le señaló el Congreso de 1814 como plazo de duración de su gobierno. Convocado para fines de mayo de 1816 un nuevo Congreso, sus emisarios propagaron la necesidad de declarar la perpetuidad de la Dictadura.

El gobierno del Dr. Francia era gran defensor de los límites del Paraguay. La violación de la soberanía nacional aparejaba terrible sanción.

Clausurado el país, el dictador lo organizó con el objetivo de abastecerse a sí mismo como una condición esencial para sostener la efectividad de su independencia. El Paraguay produjo todas las materias primas esenciales para su subsistencia.

La instrucción de las primeras letras era muy extendida desde los tiempos de la colonia; casi no había analfabetos en el país. Durante la dictadura se prestó la misma atención a la enseñanza primaria, no así a la cultura ni a la educación superior. La introducción de libros no estaba prohibida, pero eran minuciosamente revisados en sus contenidos.

Así como la música y la danza gozaban del favor del dictador se difundió la afición por la lectura, única distracción de la sociedad paraguaya.

El Dr. Francia murió el 20 de setiembre de 1840, a los 74 años de edad.

1- Reiteró la prohibición de extraer del país oro y plata.

2- Estableció un arancel del 8% sobre todos los productos importados.

3- Creó un batallón de granaderos para asegurar la independencia.

4- Reservó los puestos públicos y empleos para los patricios paraguayos.

5- Dio impulso a las obras públicas en especial los caminos.

6- Mejoró las condiciones de vida del campesinado.

El 30 de mayo de 1816, el Dr. Francia convocó al Cuarto Congreso Nacional, oportunidad en que fue nombrado como Dictador Perpetuo de la República.

En este largo período de gobierno (1816 a 1840) el Dr. Francia realizó innumerables obras.

1- Consolidó la Independencia Nacional.

2- Defendió la Soberanía Paraguaya cerrando toda comunicación con el exterior, excepto la habilitación controlada de los puertos de Itapúa, Pilar y Concepción.

3- Las relaciones exteriores no fueron muy cordiales.

4- Hizo desarrollar la agricultura y la industria, logrando con ello el autoabastecimiento de la población.

5- Mandó cerrar el Colegio de San Carlos, pero estableció la obligatoriedad de la enseñanza primaria.

6- Hizo perseguir a los contrarios políticos.

7- Suprimió los conventos.

8 - Prohibió las procesiones de Santos.

Podemos decir que el Dr. Francia gobernó con mano férrea y gran honestidad hasta el día de su fallecimiento acaecido el 20 de setiembre de 1840 a las 13:30 horas de la tarde, en Asunción.