PROTEINAS 3D ESTRUCTURAS

Programa Profesional de Ingenieria Biotecnologica BIOINFORMATICAErwin Renzo Valero Quispe

PROTEINAS 3D ESTRUCTURAS

Desarrollo

En esta práctica se tomó una secuencia ( target) y se comparó con otras secuencias con un parecido tomando en cuenta el e-value .Después se escogió la más homologa y se ingreso a estas páginas:

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit Predicción de estructuras secundarias.

Introducimos nuestro target T0522 y de ahí le ponemos un nombre

http://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html descargamos un programa llamado SWISS PDB WEABER. y instalamos en Windows .

Tenemos aquí mi homologa y target:

Target:

>T0522 NP_384335.1, SINORHIZOBIUM MELILOTI 1021, 134 residues

MTTFTLDERLERDGIPIGTLGLCQMRLMNDRRWPWLILVPQRADIKEVFELTPLDQAMLTFETNLVAAGLKKATGAEKINIGALGNIVRQLHVHVIARREGDPNWPGPVWGFGKAEPWPE EEHRTFAARIMENL

Homologa: 2OIK_A e-value 3e-10

>gi|126031601|pdb|2OIK|A Chain A, Crystal Structure Of A Histidine Triad (Hit) Protein (Mfla_2506) From Methylobacillus Flagellatus Kt At 1.65 A Resolution

GXTRTXSFHKNCELCTTAGGEILWQDALCRVVHVENQDYPGFCRVILNRHVKEXSDLRPAERDHLXLVVFAVEEAVREVXRPDKINLASLGNXTPHVHWHVIPRFKRDRHFPNSVWGETKRESLPQALDQGSTTALKKAI SVRLDQGEPVFXGX

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/126031601?report=genbank&log$=prottop&blast_rank=5&RID=XT65AWYU01S

http://spdbv.vital-it.ch/disclaim.html


Para la siguiente pagina: http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit

Aquí está la target :

Como vemos en el gráfico se puede apreciar :

• H son las hélices que se forman.

• A y b son las estructuras que se juntan.

• Si han eliminado todas las moléculas solo carbonos se ven.( se puede ver así también)

• Lab aparecen los nombres de la proteína.

• Energía que lo rodea ::v eso significa los enlaces.

http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/submit


• Se ve la cantidad o cuanto mide en números el aminoácido y su proteína.

• Valores más cercanos a 9 existe una alta confiabilidad esa h o c sea cierta.

SWISS PDB WEABER:

Primero se guarda en formato txt y pdb nuestra secuencia target homologa para usarla en el swisspdb weaber.

Ahora se seguirá los siguientes pasos:

• Abrimos nuestra secuencia target en pdb y la homologa nos aparece este gráfico.

• Acto siguiente se va a la opción prefer se coloca swiss mode y ponemos nuestro nombre y correo


• Pongo click en mi secuencia target y de ahí pongo enter.

• Click en mi secuencia homologa de ahí fit colocamos en reference

Sale en cuadro en donde se pone arriba homologa abajo la target.

• Fit generate structural aligament: esta poniendo una sobre la otra .

• Swis mode de ahí upugrading display now.


• Informe ubicamos en esta pagina.

• Verificamos y compramos señanaldo con colores los aminoacidos presneted


• Lo pintamos y corroboramos en:

• Buscamos dominios en mi proteína homologa (PDB: 2OIK_A) y target y los ponemos aquí en este programa viendo asi la cantidad de aminoácidos que hay en común.

• Viendo sus dominios en el ncbi

• TARGET


• PDB: 2OIK_A

• Hallo mi dominio de donde a donde target de 40 a 120 de ahí lo coloreo en mi target en mi figura igual hago para la homologa y de ahí comparo si tiene el mismo bien

• EL HIT familia: HIT (histidina tríada) de proteínas, llamadas así por un motivo relacionado con la secuencia HxHxH / Qxx (x, un aminoácido


hidrofóbico), son una superfamilia de hidrolasas de nucleótidos y transferasas, que actúan sobre la alfa-fosfato de ribonucleótidos. Sobre la base de la secuencia, el sustrato especificidad, estructura, evolución y el mecanismo, las proteínas HIT se clasifican en la literacture en tres ramas principales: la rama Pista, que consta de adenosina 5 '-monophosphoramide hidrolasas, la rama Fhit, que consta de polifosfato diadenosine hidrolasas, y la rama GalT que consiste en transferasas específicas nucloside monofosfato. Análisis de la secuencia revela además varios de los nuevos estrechamente relacionados, sin embargo, los subgrupos no caracterizados.

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