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Coordinación científica:Dr. Fernando Rivera HerreroHospital Universitario Marqués de Valdecilla,
Santander
Organizado por: Fundación para el progreso
de la oncología en Cantabria
Secuenciación Masiva en CáncerJavier Freire Salinas
Dr. Biología Molecular
HUMV
Medianasupervivencia
(meses)
1 año(%)
2 año(%)
1980s 4-6 10 -
2000 8 30-35 10-15
2005 12 50 20
2015 14-15 60 30
2016… Medicina personalizada…?
Cáncer de pulmón
Clasificación morfológica
Escamoso
34%
otros
11%
Adenocarcinoma
Genotipado del NSCLC
CCnP
Escamoso
Hematox
p40, TTF1 ALK & EGFR
Hematox
21
2/5
Diagnóstico diferencial y
molecular
9
10
11...
20
Nuevos dianas moleculares
Y después de EGFR and ALK?
Ensayos clínicos ultimas fase y dianas ya aprobadas
SECUENCIACIÓN DEL GENOMA
7
ACGTGGTAA CGTATACAC TAGGCCATA
GTAATGGCG CACCCTTAG
TGGCGTATA
CATA…
ACGTGGTAATGGCGTATACACCCTTAGGCCATA
Short fragments of DNA
AC..GC
TT..TCCG..CA
AC..GC
TG..GT TC..CC
GA..GCTG..AC
CT..TG
GT..GC AC..GC AC..GC
AT..ATTT..CC
AA..GC
Short DNA sequences
ACGTGACCGGTACTGGTAACGTACA
CCTACGTGACCGGTACTGGTAACGT
ACGCCTACGTGACCGGTACTGGTAA
CGTATACACGTGACCGGTACTGGTA
ACGTACACCTACGTGACCGGTACTG
GTAACGTACGCCTACGTGACCGGTA
CTGGTAACGTATACCTCT...
Sequenced genome
Genome
SECUENCIACIÓN DEL EXOMA (WE)
Muchas menos bases Mayor cobertura
28X 280X
Data tsunami
SECUENCIACIÓN DE PANELES DE GENES
Y después de EGFR y ALK?
Ensayos clínicos y dianas ya aprobadas
Y ahora TMB!!!! Hematox
Hematox
21
5
/
1
Diagnóstico diferencial y
molecular 6
7
8...
20
NGS
IHC panel: p40, TTF1
ALK & EGFR
Qué es el TMB?:
Carga mutacional tumoral
Se define como el número de mutaciones
somáticas, de tipo SNP, o pequeñas inserciones
o deleciones, por megabase del genoma
secuenciado
Porqué es útil para predecir respuesta a inmunoterapia?
Sharabi et al The Oncologist 2017, 22:631–637
Anagnostou et al. Cancer Discov March 1 2017 (7) (3) 264-276
De
via
tio
n f
rom
ac
tua
l T
MB
(%
)
Snyder A et al. N Engl J Med. 2014;371(23):2189-2199
Datasheet Oncomine™ Tumor Mutation Load Assay
Correlación GENOMA con Paneles pequeños
15
OTROS MARCADORES NO DEPENDIENTES DE TMB
Ensayo multigénico para
biomarcadores
& TMB
Ensayo multigénico
expresión de puntos de
control para
inmunoterapia
Decisión clínica con
todos los datos
MUESTRA
NGS Y ONCOLOGÍA
• Objetivos que hay que alcanzar para NGS generalizada
–Alta cobertura con precio razonable
– Tiempo clínicamente relevante
• Desafíos
– Alto coste de infraestructuras
– Personal con cualificación
– BIG DATA
The New Yorker
"Here's my sequence”
Tratamiento del cáncer en el futuro…?