Sistema de información y

codificación Marcial García Rojo

Hospital General Universitario de Ciudad Real. Spain

XXVI Congreso Nacional de la SEAP-IAP

Cádiz, 23 de mayo de 2013

Sistemas de información de

Anatomía Patológica

Tres grandes retos: interoperabilidad, imagen

digital y gestión del conocimiento

Para todo ello: interoperabilidad semántica

que se basa en intercambio de información

estructurada en todo el proceso (y no sólo en

codificación de diagnósticos)

Propuesta: Utilizar SNOMED CT por su

amplio contenido (casi 350k conceptos) y las

relaciones entre los conceptos

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Los ladrillos que componen SNOMED CT

Conceptos

Los anclajes para el significado. Jerarquías.

Descripciones

Son los términos (cadenas de caracteres legibles) usados para expresar el significado de los conceptos en lenguaje natural

Relaciones

Enlace concepto-con-concepto usado para expresar información en lenguaje entendible por máquinas

Objetivo principal: Significado con lógica formal

Además: controlar términos obsoletos, representar “hechos” variables, ayudar a post-coordinación sugiriendo calificadores válidos

Contenidos de SNOMED CT

Hallazgos/conclusiones/evaluaciones Trastornos Hallazgos clínicos (por lugar, método, función)

Procedimientos Planes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías

Especímenes Estructuras anatómicas

Estructuras normales (anatomía/ topografía) Estructuras anormales (patología/ morfología)

Función (incluso habilidades y propiedades) Organismos Vivos Sustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos) Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión) Ocupaciones Contexto social y demográfico General (contexto, localización, estadificación) Otros (relaciones espaciales, unidades)

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311.000 Conceptos

794.000 Descripciones

1,300.000 Relaciones

5 5

Concepto como un contenedor

Conceptos

ConceptID 29384001 (trastorno del estómago)

Descripciones:

trastorno del estómago (trastorno)

trastorno del estómago

enfermedad gástrica

enfermedad del estómago

Relaciones:

es un[a] hallazgo gástrico

es un[a] trastorno del abdomen

es un[a] trastorno del tracto gastrointestinal superior

sitio del hallazgo: estructura del estómago

SNOMED CT en Patología hoy

• Codificar informes en texto libre

• Informes estructurados (CAP cancer checklists)

• Codificar imágenes (almacenamiento/búsquedas)

• Petición electrónica de estudios a Patología

• Historia clínica electrónica (orientada Pacientes)

• Integración de autoteñidores

• Sistemas de ayuda a toma de decisiones

• Registros de tumores

• Biobancos

• Bases de datos de autopsias

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SNOMED II frente a CT

SNOMED II

• Listas de códigos

• Code id con significado

• Jerarquías simples (P,

T, E, M)

• Orientado a Patología

(muestras)

SNOMED CT

• Concepto, Atributo, Relación

• Code id secuencial

• Jerarquías complejas (19) y

> 40 subjerarquías

• Orientado a Clínica

(paciente)

SNOMED

SNOMED CT. Muestras y

diagnósticos

Subconjunto de

muestras y

procedimientos.

Reglas

Implementación de SNOMED CT en diagnóstico: Jerarquías:

Morphology (Abnormal body structure), Clinical findings, Qualifiers, …

Citología: Bethesda y SNOMED CT

Informes estructurados y SNOMED

CT

Codificación de informes estructurados CAP

(Colegio Americano de Patólogos) y modelo IHE

(Integrating Heathcare Entrerprise). Checklists.

Codificación de la pregunta (entidades

observables) y la respuesta (Finding, Disorder,

or Morphologic Abnormality).

Sistemas de información y SNOMED CT

(VitroPath, Patwin, GestPath y otros)

Codificar muestras

Web SEAP-IAP : http://www.seap.es/snomed-ct

Participación de 8 hospitales.

Criterios para clasificar muestras (sin considerar carga de trabajo o diagnóstico) 1. Localización anatómica (piel)

2. Procedimiento de obtención o intención: En biopsias Biopsia superficial (punch, tru-cut or aguja gruesa)

Biopsia por incisión

Enucleación

Escisión completa (generalmente con tejido adyacente)

Resección parcial de órgano

Extirpación completa de órgano

Extirpasción d eórgano y estructuras adyacentes (linfadenectomía)

Resección especial (Whipple, abdominoperineal,…) o método (estereotáctica, endoscópica)

Specimen and Procedures subset

Reglas de postocoordinación

Refinamiento (C:A=V) (C:A1=V1,A2=(V2),…,An=Vn)

Muestras:

a. specimen : specimen procedure (attribute) = procedure

b. specimen : specimen source topography (attribute) = body structure

c. specimen : specimen source topography (attribute) = body structure , specimen procedure (attribute) = procedure

Procedicmientos: procedure : procedure site - Direct (attribute) = body structure

DIAGNÓSTICOS. ¿Qué jerarquía

utilizar?

81% conceptos precoordinados

Morfología – Abnormal body structure ¡Solo 44% de los códigos de diagnóstico!

Hallazgos clínicos 48% de los códigos

Qualifiers, normal anatomic structures, procedures, physical object, substance, organism 10% de los códigos

Citología: códigos morfológicos Anomalías de Células Epiteliales 373886001 Estructura

corporal

Células Escamosas 80554009 Estructura corporal

• Células escamosas atípicas (ASC) 69740004 Estructura corporal

- de significado indeterminado (ASC-US) 39035006 Estructura corporal

- no puede excluirse HSIL (ASC-H) 373878001 Estructura corporal

• Lesión intraepitelial escamosa de bajo grado (LSIL)

comprendiendo: HPV/displasia leve/CIN 1

112662005 Estructura corporal

• Lesión intraepitelial escamosa de alto grado (HSIL)

comprendiendo: displasia moderada y severa, carcinoma

in situ (CIS)/CIN 2 y CIN 3

22725004 Estructura corporal

- con características sospechosas para invasión (si la

invasión es sospechada)

373879009 Estructura corporal

• Carcinoma de células escamosas 28899001 Estructura corporal

Dos tipos de informes

Informes normalizados y SNOMED CT

Conclusiones

SNOMED CT debe mejorar su organización de conceptos (anatomía patológica debe ser distinto a hallazgo clínico y es algo más que “estructura anatómica anormal”

SNOMED CT puede ampliar la lista de conceptos si los patólogos participan (subconjunto en Cataluña)

Los sistemas de información pueden integrar informes estructurados con SNOMED CT

Deben permitir usar conceptos postcoordinados

Deben mejorar la gestión de relaciones entre conceptos para simplificar búsquedas.