La geografía regional comienza donde la superficie del territorio nacional ya no presenta la estructura característica conformada, en sentido este-oeste, por la Cordillera de la Costa, Depresión Intermedia y Cordillera de los Andes.

Aquí la Cordillera de la Costa se presenta sumergida casi por completo, correspondiendo su fracción en superficie a los archipiélagos de Guaitecas y Los Chonos, para finalmente morir en la Península de Taitao. La depresión intermedia, también sumergida, corresponde al Canal de Moraleda, el cual es la principal ruta de navegación regional, correspondiendo sus porciones emergidas a islas de baja altura como Traiguén y Nalcayec. Y finalmente, la Cordillera de los Andes atraviesa longitudinalmente la Región, encontrándose los poblados distribuidos en medio de ésta, llegando incluso a ubicarse algunos al oriente, situación totalmente distinta al norte del país.

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