Estructura de Proteinas
Antonio FloresGiancarlo Alvarez
12 de setiembre de 2008
R1
H2N CH C OH
O
H R2
H N CH COOH+
H2O
R1
H2N CH C
O
H R2
N CH COOH
dipéptido
El oxígeno carbonílico (C=O) tiene una carga parcial negativa
El nitrógeno amídico (NH) tiene una carga parcial positiva→ se establece pequeño dipolo eléctrico
Enlace peptídico tiene naturaleza parcial de enlace doble, → es menos flexible que un covalente simple convencional
Todos los enlaces peptídicos en proteínas ocurren en trans
C-N = 1.46 AC-O = 1.20 A
http://www.johnkyrk.com/aminoacid.html
Enlace Peptidico y angulos Phy y psi
http://science.nhmccd.edu/biol/bio1int.htm
Elevación por residuo : 1.5 ÅIdeal phi = -60° , psi = -45°
Puente de H: entre C=O y N-H
Alpha Helice
Otras Helices
Hojas Beta
Menos estable que antiparalela se necesitan mas hojas
Prolina y Glicina prevalecen en vueltas beta
Vueltas Beta
y = 02 enlaces peptídicos flanqueandoC están en el mismo plano
Impedimentos estericos
Plot de Ramachandran
ESTRUCTURA TERCIARIA
• Estructura global tridimensional de una cadena polipeptidica.
• Las cadenas laterales de los aminoácidos son fundamentales en la formación de la estructura definitiva.
• El plegamiento de una proteína va a depender de su estructura primaria.
ESTRUCTURA TERCIARIA
• Es vital que la proteína siempre se plegue de una misma manera.
• Las interacciones débiles son muy importantes• Motifs: Arreglos estables de varias estructuras secundarias.
No son necesariamente independientes. Son importantes en la función. Se encuentran en distintas proteínas.
• Domains: Secciones de proteína independientes. Capaces de mantener estructura y función aun separadas de la proteína.
MOTIFS
DOMAINS
INTERACCIONES MOLECULARES
MODIFICACIONES EN PROTEINAS
EVOLUCION DE LAS PROTEINAS
• Hay un numero limitado de folds.• Evolución Divergente de la función de una
proteína.• Evolución Convergente de la estructura de
una proteína.• No son excluyentes.
CLASIFICACION BIOQUIMICA
Christine Orengo, Janet Thornton
• 1. Class: the overall secondary-structure content of the domain
• 2. Architecture: a large-scale grouping of topologies which share particular structural features
• 3. Topology: high structural similarity but no evidence of homology. Equivalent to a fold in SCOP
• 4. Homologous superfamily: indicative of a demonstrable evolutionary relationship. Equivalent to the superfamily level of SCOP.
Alexei G. Murzin
• class - general "structural architecture" of the domain
• fold - similar arrangement of regular secondary structures but without evidence of evolutionary relatedness
• superfamily - sufficient structural and functional similarity to infer a divergent evolutionary relationship but not necessarily detectable sequence homology
• family - some sequence similarity can be detected
Estructura Cuaternaria
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