Uso actual de SNOMED-CT Uso actual de SNOMED-CT en los Servicios de en los Servicios de
Anatomía Patológica Anatomía Patológica
http://serendipia.hgcr.sescam.jccm.es/
Coordinador de Sistemas de Información
Hospital General de Ciudad RealServicio de Salud de Castilla-La Mancha (SESCAM) Junta Directiva de la SEIS
en España y Europaen España y Europa Marcial García Rojo
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Objetivos de la presentación1. Contexto actual: Estándares SI en Patología2. Introducción a SNOMED: Evolución de
codificación a terminología clínica3. Principios básicos de SNOMED: Contenido y
estructura. Ejemplos4. SNOMED y Europa: Del NHS del Reino Unido, a
la International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO).
5. SNOMED en España6. Mantenimiento y mejora del contenido7. Subconjuntos, referencias cruzadas (“mapeos”)
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Interoperability in the Hospital
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Situación actual
Mambrino / Mambrino XXI
Laboratorio(SigloWeb)
Cartelería digital
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Interoperabilidad: Hay estándares para Anatomía Patológica?
Aún no se ha conseguido integración en los sistemas de información implicados en Anatomía Patológica.Los esfuerzos de estandarización se los sistemas de información (proyecto Serendipia) se basan en:CEN TC 251 (pr EN13606): Historia Clínica ElectrónicaHL7: Mensajes entre aplicaciones informáticas DICOM: imagen médicaIHE iniciativa (http://www.ihe.net/): Cómo utilizar estándares.
Noticia reciente: Se ha publicado para fase de implementación el Marco Técnico para Patología que identifica los flujos de trabajo, los actores (unidades funcionales y roles, p.ej: El S.I. de Anatomía Patológica es un “actor”) y las transacciones entre ellos.
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Necesidad de interoperabilidad de contenidos
• Ámbito europeo: iniciativa i2010: Espacio Europeo de la Información, Innovación y Servicios Públicos (eHealth)
• Ámbito nacional: Historia Clínica del SNS. Plan Avanza (Red.es: “Sanidad en línea”)
• Intercambiar informes de Anatomía Patológica entre diferentes hospitales
• Consensuar tipos de muestras, diagnósticos• Uso científico eficiente de registros de tumores • Elaborar guías o procedimientos normalizados a
nivel regional o nacional• Búsquedas de información (entre hospitales)
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Flujo de trabajo: IHE
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Normalización de términos
“Specimen” is the physical object that is subjected to technical process(es) and/or imaging procedure(s) which results in an image(s). Part: removed during a harvesting or surgical procedure (usually put in a Box)Tissue dice(s) created after a fixation process (embedded in a Block, contained in a Cassette) A Tissue item (section or smear) (on a Slide).
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IHE. Actores y Transacciones
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HL7: Lenguaje para máquinasMensaje entre aplicaciones:
MSH|^~\&|APA||||20050714150127||ORM^O01|-11407200515012714|R|2.3|PID||1|1||MOD_NOMB^MOD_APE1^MOD_APE2||19410907000000|F|||^^^^||||||||||||||||||||PV1|||^|||^|||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||ORC|XO|-1|05B0000003||CM||||||||||||
MSH|^~\&|APA||||20050714150134||ORU^R01|-11407200515013414|R|2.3|PID||1|1||MOD_NOMB^MOD_APE1^MOD_APE2||19410907000000|F|||^^^^||||||||||||||||||||PV1|||^|||^|||||||||||||0|||||||||||||||||||||||||||ORC|XO|-1|05C0000001||CM|||||0^DESCONOCIDO||10009^GOMEZ , ALICIA|||||OBR|1|-1|05C0000001|^^^^|||20050714145607||0|^^^|F|||20050714000000|^^^^^|10009^GOMEZ , ALICIA^^|||GI^GINECOLOGIA|||20050714145607|||F||0^^^^^^^^^|||||10002^GARCIA^F.^H.^^||||20050714145607|0||^^^^|OBX|1||73^MUESTRA^L^A^|0|CERVIX CT1|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|2||^MATERIAL REMITIDO^L^^|1|CITOLOGIAS/ RASPAT CV/ A) CERVIX CT1|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|3||^DATOS CLINICOS^L^^|2||^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|4||^MACRO^L^^|2||^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|5||^MICRO^L^^|2|A ) celulas vaginales normales|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|6||^MICRO^L^^|3| |^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|7||^DIAGNOSTICO^L^^|4|A ) CITOLOGIA NORMAL|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|8||^DIAGNOSTICO^L^^|5| |^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|9||T83000^SNOMED^L^^|6|CERVIX|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|OBX|10||M00120^SNOMED^L^^|7|CITOLOGIA NORMAL|^^^^|||0||||||^^^^|^^^|^^^^|
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Intercambio de información
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Evolución de SNOMED-CT
SNOMED nació como un sistema de codificación, es decir, asignar un código (SNOP, 1965). Aún utilizado en su versión SNOMED II (1979) y 3.0 (1993).
En 2000 pasó a ser una terminología clínica de referencia: SNOMED Reference Terminology (SNOMED RT)
En 2002, acuerdo con Reino Unido SNOMED Clinical Terms (SNOMED CT). Es año, nace la versión en Español.LOINC (laboratorios) y NDF-RT son vocabularios controlados.
Terminología clínica: Diseñada para registrar datos clínicos en historia clínica electrónica. Orientada a registrar aspectos relevantes de la atención médica en forma normalizada. SNOMED se considera una “terminología de referencia” (incluye relaciones entre los conceptos que definen su significado) y una “terminología de interfase”.
Nomenclatura Sistematizada de Patología Medicina
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Terminología de interfase
Facilita el ingreso de datos utilizando términos familiares para el usuario Facilita la búsqueda eficiente de conceptos
Búsqueda de texto Navegación de conceptos Posibilidad de agregar calificadores
Permite representar los conceptos utilizando los términos preferidos por el usuario Permite entender el significado del concepto al proveer una descripción completa (FullySpecifiedName) Permite “filtrar” los conceptos en base al contexto de la aplicación, mediante el mecanismo de definición de subconjuntos de la terminología
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Terminología de Referencia
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Ventajas de SNOMED CT
Amplitud del contenidoCompatibilidad con versiones previasAdaptabilidad para su uso en diferentes escenariosDesarrollo basado en las necesidades e implementaciones de los usuariosPosibilidad de pre y post coordinaciónExtendiblePosibilidad de mapeosPosibilidad de definición de subconjuntosMúltiples lenguajes y dialectos
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Escasa implantación SNOMED CT
Es poco frecuente ver sistemas de información con una integración de SNOMED CT. Podría ser debido a:Desconocimiento sobre sus beneficios o Desconocimiento en la forma de integrar SNOMEDProblemas con la conversión de sistemas anterioresLos usuarios creen que SNOMED puede que no cubra sus necesidadesDificultades para la representación de conocimiento de determinados dominios
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Contenidos de SNOMED CTHallazgos/conclusiones/evaluaciones
trastornosHallazgos clínicos (por lugar, método, función)
Procedimientosplanes, intervenciones, tratamientos, prescripciones, cirugías
Estructuras anatómicasEstructuras normales (anatomía/ topografía)Estructuras anormales (patología/ morfología)
Función (incluso habilidades y propiedades)Organismos VivosSustancias (drogas, productos químicos, productos biológicos)Agentes físicos, fuerzas y actividades (causas de lesión)OcupacionesContexto social y demográfico (raza, grupo étnico, religión, estado civil, nivel de la educación, hábitos, relaciones familiares, etc.)General (contexto, modificadores, localización, certeza, severidad, curso, períodos de tiempo, estadificación, estado, características)Otro (especímenes, relaciones espaciales, unidades)
January 2008
311,000 Concepts794,000 Descriptions920,000 Relationships
January 2008
311,000 Concepts794,000 Descriptions920,000 Relationships
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Content Summary: January 2008
Substance: 23,4557%
Pharmaceutical / biologic product: 19,083
6%
Clinical finding: 109,31035%
Organism: 27,9518%
Procedure: 53,85317%
Body structure: 31,83610%
Clinical f inding: 109,310 Procedure: 53,853 Body structure: 31,836
Organism: 27,951 Substance: 23,455 Pharmaceutical / biologic product: 19,083
Qualif ier value: 8,903 Event: 8,446 Observable entity: 7,833
Social context: 5,251 Situation w ith explicit context: 4,911 Physical object: 4,514
Environment or geographical location: 1,740 Linkage concept: 1,135 Staging and scales: 1,112
Specimen: 1,054 Record artifact: 201 Physical force: 171
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Hallazgos clínicos
También pueden llamarse “observaciones”Incluye signos, síntomas, trastornos, enfermedades, resultados de laboratorio, observaciones de imágenes, etc. – Ejemplos:
Dolor Descenso del sodio sérico Capaz de caminar
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Trastornos
Incluye enfermedades, o alteraciones que puedan ser listadas como diagnósticos. Desde enero de 2005 son considerados hallazgos, pues suele haber superposición.– Ejemplos:
Leucemia aguda promielocítica Gingivitis aguda ulcerativa y necrotizante
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Diagnósticos
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Entidades observables
Incluye entidades que son el sujeto de una observaciónUna vez realizada la observación– Hallazgo= observable + valorEjemplos
Frecuencia cardiaca Temperatura Viscosidad del líquido sinovial
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Procedimientos
Incluye acciones en el contexto de la administración, tratamiento y provisión de cuidados de la saludIncluye intervenciones quirúrgicas y procedimientos diagnósticosEjemplos
Examen físico Cambio de vendaje Apendicectomía Rehabilitación poslaringectomía
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Ejemplos: procedimientos
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Ejemplos: Procedimientos
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Anatomía y morfología
Estructuras anatómicas– HígadoEstructura del hígadoHígado como un todo
Estructuras anormales– Anomalías morfológicasQuisteNeoplasiaFractura
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Organismos
Bacterias, hongos, parásitosAnimales, plantasCriterio de inclusión– De interés para la medicina humana y veterinaria
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Sustancias y productos farmacéuticos
Separados en dos jerarquías Substancias
Ingredientes genéricos Productos
Drogas clínicas* Nombre, potencia, forma
farmacéutica
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Uso de SNOMED: Tinciones
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Cómo se organizan los conceptos
Trastorno = Sitio del hallazgo + Morfología asociada
Carcinoma papilar de tiroides
Sitio del hallazgo: Estructura de la glándula tiroides
Morfología asociada: Adenocarcinoma papilar
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Sinónimos
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Relaciones ente términos
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Estadificaciones
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carcinoma de órgano
genital
carcinoma de órgano
genitourinario
hallazgo relacionado
con estructura
pélvica
hallazgo en la estructura
del tronco
hallazgo relacionado
con las regiones
corporales
hallazgo por localización
hallazgo clínico
concepto de SNOMED CT
masa del tronco
masa de una región del
cuerpo
masa de una estructura corporal
tumor maligno de
la pelvis
neoplasia de la pelvis
neoplasia del tronco
neoplasia clasificada según el
sitio anatómico
trastorno, clasificado por sitio
anatómico
enfermedad
enfermedad neoplásica
neoplasia y/o
hamartoma
trastorno del tronco
masa pélvica
trastorno de la pelvis
neoplasia maligna
trastorno del aparato
genitourinario
trastorno de sistema corporal
neoplasia maligna
primaria de la pelvis
neoplasia maligna primaria
hallazgo genital
trastorno del aparato
reproductor
neoplasia maligna
primaria del cuello uterino
tumor maligno del
cuello uterino
neoplasia del cuello uterino
neoplasia del útero
trastorno del útero
trastorno del abdomen
hallazgo abdominal
trastorno de los órganos genitales
femeninos
trastorno del aparato genital
femenino
trastorno del aparato
reproductor femenino
trastorno de cavidad corporal
hallazgo relacionado
con una estructura
visceralneoplasia de los órganos genitales
femeninos
neoplasia del abdomen
masa abdominal
trastorno del cuello del
útero
neoplasia maligna del
útero
tumor maligno de abdomen
tumor maligno de los órganos genitales
femeninos
neoplasia maligna
primaria de órgano genital
femenino
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El Identificador de concepto
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Las tablas principales
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Sinónimos
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Licencias de SNOMED
En abril de 2007 la gestión de SNOMED CT fue transferida a la Organización para el Desarrollo de Estándares Internacionales de Terminología de Salud / International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO)IHTSDO asume la responsabilidad de: mantenimiento, desarrollo, garantía de calidad y distribuciónEl Colegio Americano de Patólogos (CAP) da apoyo inicial a IHTSDO durante 3 años y de forma separada ofrece productos y servicios relacionados con SNOMED, como consultoría, o formación.Cada país que participa en IHTSDO tiene su propia entidad gestora: En Reino Unido antes NHS ahora UK Terminology Centre (UKTC), con las funciones de:
Oficina de gestión, distribución, soporte y control del uso de SNOMED-CT y productos relacionados
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Qué incluye SNOMED-CT
–Las “tablas” de los conceptos, descripciones y relaciones–Referencias cruzadas a CIE-9-MC -con fines epidemiológicos y/o estadísticos. –Guía de Referencia Técnica de SNOMED CT.–Un browser que permite navegar la terminología.–2 actualizaciones: abril y octubre (Ed. Español) o enero y julio (Ed. Inglés EEUU)
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SNOMED CT en EuropaInternational Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO), con sede en DinamarcaSNOMED CT es un producto propiedad intelectual registrada por el IHTSDO 9 países son miembros del IHTSDO5 de 9 miembros son países europeos:
DinamarcaLituaniaLos Países BajosReino UnidoSuecia
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SNOMED CT en Europa
5 países europeos tienen derechos nacionales para el uso de SNOMED CT23 organizaciones dentro de Europa tienen licenciasUnas organizaciones:
Hospital Geral Santo Antonio (Portugal)
C2C Consultoria TSIS (España)
Hospital de Fuenlabrada (España)
Hospital General de Ciudad Real (España)
Sociedad Española de Informatica y Salud (SEIS) (un acuerdo de colaboración con SNOMED Terminology Solutions)
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SNOMED en Europa
Qué recibe el Servicio de Salud Británico (NHS) de SNOMEDProductos/Servicios
El núcleo de SNOMED CT (inglés británico), mapeos (ICD-10 y OPCS-4), documentación
Aplicacion(es)Mercado(s)
Hospitales, clínicos y otros lugares de atención dentro del NHS
Cómo entrega los productos/servicios al mercado A través del NHS y SNOMED (ahora IHTSDO)
Mantenimiento Actualizaciones: enero, julio
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SNOMED en Europa
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European COST Action IC0604 Scientific programme
Automation procedures in Pathology. Best technology available and under research.
Scanning solutions for Pathology microscopic slides.
Technological solutions for compression and storage problems with large image files.
Virtual slide standard viewer specifications which allow efficient reviewing of pathology images.
International standards (DICOM, HL7, SNOMED, CEN) and IHE initiative.
Model for pathology and other hospital information systems
An European-scope telepathology network
Collection of interesting and typical samples, and clinico-pathological sessions
http://www.conganat.org/eurotelepath
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EURO-TELEPATHCurrent research groups
Action kick-off
Finland: Tampere University & University of Helsinki
France: INSERM & Tribvn
Germany: University of Regensburg & Charité Universitätsmedizin Berlin
Italy: University of Udine
Lithuania: National Centre of Pathology & Kaunas University of Technology
Poland: Institute of Tuberculosis and Lung Diseases, Warsaw
Portugal: Hospital Espirito Santo
Serbia: University of Belgrade
Spain: University of Castilla-La Mancha, Hospital General deCiudad Real & SESCAM
Switzerland: EPF Lausanne
United Kingdom: University of Nottingham
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SNOMED en España
Edición en español: Actualización de julio de 2007 (basada en la edición en inglés de enero de 2007)Conceptos activos: Más de 300.000Descripciones: Más de 700.000Relaciones: Más de 900.000
Usuarios: Institut Catalá d’Oncologia Servicio Gallego de Salud Consellería de Sanidad de la Generalitat Valenciana SESCAM Balidea WebSanitaria…
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10 componentes esenciales en patología digital
1. Sistema de información de Anatomía Patológica (SIAP)
2. Gestión de imágenes3. Automatización de laboratorio4. Identificación de objetos5. Estaciones de trabajo específicas6. Entrada de datos (interfaz de usuario)7. Visualización de imágenes y datos8. Herramientas de comunicación9. Búsqueda de información10. Gestión del conocimiento
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Telepatología
HOSPITAL A HOSPITAL B
Remitente Segunda opinión
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SESCAM Diseño de integración
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Aurora Viewer
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Identificación portas: Tinciones
DocumentsContainersCassettesSlides
Bar codeDirect print: Leica/Sakura(2D: datamatrix)Label (resistant) with bar code:
Radiofrequency (RFID): tissue blocks and slides
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Mantenimiento y mejora del contenido
Actualizaciones (2 /año)Aportación de nuevas entidades (¿Desde España?)
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SNOMED CT en Patología
91 licencias por el mundo para el uso de SNOMED CT en patologíaIncluye vendedores de sistemas informáticos para el laboratorioIncluye el Centers for Disease Control and Prevention (EEUU) para los checklists de cáncerIncluye licencias para el uso del subconjunto de patología, los checklists de cáncer y las versiones previas de SNOMED que tiene un énfasis en patologíaLa mayoría de las organizaciones con licencias son hospitales dentro de los EEUU
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Subconjunto Anatomía Patológica
Incluye más de 70.000 conceptos relacionados con anatomía patológica que forman parte de SNOMED CT. Corresponde a una extensión del antiguo Surgical Pathology Microglossary
Contribución esencial del CAPPrincipal expansión: Cancer checklists (protocolos)Colaboración con ICD-O para morfología (M-codes) y topográficos (T-codes)
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Subconjuntos: Patología
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SNOMED en NHS
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Referencias cruzadas
Referencias cruzadas [CIE-03; LOINC®; CIE-9; CIE-10 (edición británica); OPCS-4 (edición británica); NIC; NOC; NANDA; PNDS; HHCC; The Omaha System]
Vocabularios: Enfermería, lab LOINC, SNODENTClasificaciones y agrupaciones: ICD-9CM, ICD-10, ICD-O, PNDS)
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Standardized Terminologies Integrated within SNOMED CT
SNOMED CT
ICD-9 and ICD-10 (UK)
LOINC
PNDSCCC NANDA
NIC
OmahaSystem
NOC ICNP
CPT
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Conclusiones
España tiene previsto participar en IHTSDO Las empresas españolas de S.I. de Patología tienen poca experiencia en la integración de SNOMED (más allá de codificación). En SESCAM: Patwin (iSoft) Novopath Web (Vitro)Principales problemas:
Códigos locales ¿Migrar histórico SNOMED II a SNOMED CT?
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Conclusiones. Aplicaciones de SNOMED
Historia clínica electrónicaInformes de laboratorioAlmacenamiento de imágenesInformes de anatomía patológica – protocolos
Base de datos para las autopsiasSistema de apoyo para la toma de decisionesCodificación de la noticia sobre la salud en la prensaBanco de tejidos
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Enlaces de interés
IHTSDO: http://www.ihtsdo.org/
CAP (SNOMED Terminology Solutions): www.capsts.org NHS: http://www.connectingforhealth.nhs.uk/systemsandservices/data/snomed
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Agradecimientos
Guillermo Reynoso, [email protected]
Joe Schramm, [email protected]
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9th European Congress on Telepathology
http://www.seapcongresos.com/telepathology2008/