Protozoarios

ParameciumGiardia

Índice Introducción Diplomónados y Parabasálidos Euglenozoos Alveolados Estramenópilos Cercozoos y radiolarios Amoebozoos

Introducción o Eucariotas unicelulareso Sin pared celular*oMóvileso No pigmentados *o Diversidad filogenética*o Aerobios*

Madigan M., Martinko, J., Parker, J. 2001. Brock: Biología de los microorganismos. Octava edición. Prentice Hall. Madrid, España. pp 582-583.https://scontent-dfw1-1.xx.fbcdn.net/hphotos-xpf1/v/t34.0-12/11855660_977731985634186_8462130059477915569_n.jpg?oh=709c3b68b7e2e07d8850781c6f539baf&oe=55E4A994

Diplomónados y Parabasálidos Unicelulares Flagelados que perdieron

los cloroplastos Viven en hábitats anóxicos Simbióticamente o como

parásitos Conservan energía por la

fermentación

Cuerpo parabasal ( da un soporte estructural al complejo de Golgi)

Hidrogenosomas para metabolismo anaeróbico

Viven en el tracto digestivo o urogenital de los vertebrados e invertebrados como parásitos o comensales simbiontes

• 2 núcleos de igual tamaño• Mitosomas (mitocondria reducida

que perdió el transporte de electrones, proteínas y enzimas del ciclo de ácido cítrico)

• No hidrogenosomas• No mitocondria• No peroxisomas

Trichomonas vaginalisGiardia lamblia (intestinalis)

Edad del genoma

TamañoMb rRNA Genes Intrones Exones No. de

cromosomasRango de No.

de genes

Rangos de densidad

génica (#Genes/Mb)

Rangos de pseudo-genes

Estado del Genoma

Giardia intestinalis

Más de mil

millones de años

11.2136 17 6,583 >4 >3 5

6,583 a 8,507

(por el momento)

587.0550a

656.779

(por el momento)

>2

5 genomas ensamblados y

reportados(4 nivel contig y 1

nivel scaffold)Whole Genome Shotgun

(WGS)

Spironucleus salmonicida

12.9546 8

8,507 - >14 - No hay

ensamblados >21

1 genoma ensamblado

Whole Genome Shotgun (WGS)

Está en proyecto de secuenciarlo

completamente por medio de una

combinación de 454 y Solexa

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=5738&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/genomes/26 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=txid5741[orgn] http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/14510 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF393829 (Intrón identificado) Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 2009 Eukaryotic Genomes: From parasites to primates 2nd Edition. John Wiley & Sonss, Inc. (ed) pp. 733-734

DIPLOMÓNADOS

Edad del genoma Tamaño Proteinas rRNA Intrones Exones No. de

cromosomasRango de

No. de genes

Rangos de densidad

génica (#Genes/M)

Rangos de pseudo-

genesEstado del Genoma

Trichomonas vaginalis

Más de mil

millones de años

176.42Mb 59 679

668

1136 RNA-

coding genes

41-65

65 GENES CON

INTRONES

>61

660 815- 98611 344.7172

1354(Anotados) -

1976 (Posibles)

1 Genoma reportado y ensamblado (Permanent

Draft)

6 proyectos

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/258 http://trichdb.org/trichdb/showApplication.do http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2080659/table/T1/ http://trichdb.org/trichdb/showApplication.do http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject?LinkName=genome_bioproject&from_uid=258 https://gold.jgi-psf.org/projects?page=1&Project.Project+Name=Trichomonas&count=25 https://books.google.com.mx/books?id=wxgToEfT1ZQC&pg=PA55&dq=eucariotas+evolucion+millones+de+a%C3%B1os&hl=es&sa=X&ved=0CCAQ6AEwAWoVChMI-pqSjvLSxwIVSco-Ch1kYgcK#v=one

page&q=eucariotas%20evolucion%20millones%20de%20a%C3%B1os&f=false Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 2009 Eukaryotic Genomes: From parasites to primates 2nd Edition. John Wiley & Sonss, Inc. (ed) pp. 732-733 Christian Woehle, Gary Kusdian, Claudia Radine, Dan Graur, Giddy Landan,Sven B Gould 2014, The parasite Trichomonas vaginalis expresses thousands of pseudogenes and long non-coding RNAs

independently from functional neighbouring genes. BMC Genomics 2014, 15:906

PARABASÁLIDOS

EuglenozoosProtozoos flagelados

Incluye varias formas de vida libre así como unas pocas formas parásitas importantes, algunas de las cuales son parásitos de humanos.

La mayoría son pequeños, alrededor de 15-40 µm de tamaño, si bien muchos euglénidos alcanzan los 500 µm de largo.

Genomas secuenciadosCompletos Incompletos Sin datos

13 19 -

Organismo Tamaño

Contenido GC

Numero de cromosomas

Número de genes

Numero de pseudogenes

Genes Ribosomales

Densidad génica

T. Major 32.8 Mb 59.7 36 8209 104 63 250.27

T. brucei 35 Mb 46.4 11 8122 900 16 232.05T. cruzi 89.9 Mb 51 28 25183 3586 219 280.12

Leishmania donovani

27.5 Mb 59 36 8195 51 11 298

Leishmania major

32.8 59.5 36 8312 90 253.41

Leishmania infantum

32.1 59.5 36 8150 91 253.89

Leishmania braziliensis

32 57.3 35 8160 202 6 255

Leishmania mexicana

32.1 59.7 34 8147 102 253.8

Leishmania panamensis

30.9 57.4 35 7711 - - 249.54

Phytomas 17.7 48 - 6381 - - 360.5Crithidia fasciculata

41.2 57 - - - - -

Angomonas deanei

31.6 50.4 - 16936 - - 535.94

Strigomonas culicis

25.4 56.7 - 12083 - - 475.70

Estos son investigados por su papel en la enfermedad humana. Por ejemplo T. brucei es una especie de tripanosoma salival que causa tripanosomiasis africana, conocida también como la enfermedad del sueño en los seres humanos y nagana en animales.

Clase Rangos Tamaño Genes Contenido GC

%Densidad

Génica

Euglenozoa 17.7 – 89.9 Mb

6381 - 25183 46.4 – 59.7 232.05 – 535.94

http://protists.ensembl.org/index.htmlhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Euglenozoa

Alveolados• Un sistema de sacos membranosos, llamados "alvéolos", colocados debajo de la membrana

plasmática (sinapomorfía); los alvéolos pueden estar vacíos (por ejemplo colpodellids y apicomplexans) o lleno de material celulósico (por ejemplo thecate dinoflagelados y algunos ciliados)

• Distintos microporos a través de la superficie celular que funcionan con la pinocitosis.• Orgánulos extrusivas similares.

The Alveolata is a monophyletic group of primarily single-celled eukaryotes that have adopted extremely diverse modes of nutrition,

such as predation, photoautotrophy and intracellular parasitism.

Caracterisiticas

Genomas secuenciados

Completos Incompletos Sin datos

12 48 -

Sub phylum Rangos

Tamaño Genes Contenido GC % Densidad Génica

Apicomplexan 65 - 8.3 Mb 8,657 – 3,671 19.4 – 41.8% 25.5 – 486.14

Ciliados 73.09 – 130.353 Mb

26,996 – 39,581 22.3 – 38.8% 1408.57 – 166.83

Alveolata son un grupo de protistas que incluye; Ciliophora, Apicomplexa y Dinoflagellata. Los miembros de este grupo son de particular interés para la ciencia ya que son la causa de algunas de las enfermedades humanas y ganaderas graves.Organismo Tamaño Contenido GC

%Numero de

cromosomasNúmero de

genesPseudogenes Genes

ribosomalesDensidad

Génica

Apicomplexan Plasmodium falciparum 3D7

22.8 Mb 19.4 14 5268 10 24 231.05

Plasmodium yoelli yoelli

23.1 Mb 22.6 14 5878 - - 254.45

Plasmodium vivax 27.01 Mb 40.7 14 5503 28 42 203.9

Plasmodium knowlesi 23.4 Mb 39.3 14 5162 7 6 220.59

Plasmodium chabaudi 19.8 Mb 23 14 5128 3 - 25.5

Bavesia bovis 8.2 Mb 41.8 4 3671 - - 447.68Cryptosporidium hominis

9.2Mb 31.7 8 3956 - 24 430

Cryptosporidium parvum

9.1Mb 30.3 8 3886 - 15 427.03

Eimeria tenella 51.89 Mb 51.3 14 8657 - - 166.83Theileria annulata 8.4Mb 32.5 4 3792 1 8 451.42

Theileria orientans 9.1 Mb 41.5 4 4058 - 9 455.9

Theileria parva 8.3 Mb 34.1 4 4035 - 9 486.14Taxoplasma gondi 65 Mb 53.3 9 8032 - - 123.56

Ciliados Paramecium tetraurelia

73.09 Mb 28.1 50 y 350 39,581 1 - 1408.57

Tetrahymena thermophila

130.353 Mb 22.3 10 y 200 26,996 - - 207.09

Tetmemena (incompleto)

88.38 Mb 38.8 - - - - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=alveolata

Estramenópilos Heterokontophyta o Stramenopiles

Heteroconto• Células que tienen flagelos de desigual morfología. Los miembros de este filo presentan dos flagelos desiguales, uno

liso y otro con mestionemas.

Fucoxantina• Enmascara el color de las clorofilas a y c, de los beta carotenos y otras xantofilas.

Subfilos• Oomycetes, Diatomeae, Phaeophyceae (Algas cafés), Chrysophyceae (Algas doradas).

Cloroplastos• Poseen cuatro membrana envolventes. Los obtienen por transferencia horizontal de un alga roja.

OomycetesGénero o especie Genoma

(Mb)Estado del

genomaNo. de

cromosomasNo. de genes

No. de genes ribosomales

Cantidad de

pseudogénes

No. de exones

Densidad génica en

Mb

Fuente; Base de datos

Saprolegnia parasitica 53.13 En proyecto - 20435 266 67 - 384.62 NCBI/Genome

Phytophthora infestans 228.54 Terminado 8-10 19344 590 619 49990 84.64 NCBI/Genome

Phytophthora parasitica 82.39 En proyecto - 23240 117 31 - 282.07 NCBI/Genome

Saprolegnia diclina 62.89 Ensamblaje 11-13 17448 89 16 39884 277.43 NCBI/Genome

Hyaloperonospora arabidopsidis 78.89 En proyecto - 14321 260 28 - 181.53 Ensembl/

Genome

Aphanomyces invadans 71.4 Ensamblaje - 15416 167 25 20984 215.91 Ensembl/

Genome

Aphanomyces astaci 75.84 Ensamblaje - 19584 455 218 26724 258.22 NCBI/Genome

Rangos - Oomycetes

Rangos para Oomycetes

Tamaño de genoma (Mb)

No. de genes Cantidad de pseudogénes

Densidad génica

82.39 23240 16 84.64

228.54 14321 619 384.62

• El nombre significa "hongos huevo" y se refiere al oogonio, estructura grande y esférica que contiene los gametos femeninos.

• El grupo engloba especies tanto saprófitas como parásitas, muy vinculadas al medio acuoso.• Presentan una gran importancia económica puesto que engloban a parásitos de plantas vasculares, muchas de

ellas de interés agrícola.

Conidióforo de Hyaloperonospora parasitica

Diatomeae

Género o especie Genoma (Mb)

Estado del genoma

No. de cromosomas

No. de genes

No. de genes ribosomales

Cantidad de

pseudogénes

No. de exones

Densidad génica

Fuente; Base de datos

Thalassiosira pseudonana 32.44 Ensamblaje 27 11771 - 99 - 362.85 NCBI/Genome

Thalassiosira oceanica 69.07 En proyecto - 34500 142 - 50891 374.83 Ensembl/

Genome

Phaeodactylum tricornutum 27.56 En proyecto 34 12178 - 37 42012 441.87 Ensembl/

Genome

Diatomeae

Rangos para Diatomeae

Tamaño de genoma (Mb)

No. de genes Cantidad de pseudogénes

Densidad génica

27.56 11771 37 362.85

69.07 34500 99 441.87

• Muchas diatomeas son unicelulares, aunque algunas de ellas pueden existir como colonias en forma de filamentos o cintas.

• Se hallan rodeadas por una pared celular única hecha de sílice opalino (dióxido de silicio hidratado) llamada frústula.

Thalassiosira pseudonana

Phaeophyceae y Chrysophyceae(Algas cafés y doradas)

Género o especie Genoma (Mb)

Estado del genoma

No. de cromosomas

No. de genes

No. de genes ribosomales

Cantidad de

pseudogénes

No. de exones

Densidad génica

Fuente; Base de datos

Ectocarpus siliculosus 391.72 Ensamblaje 34 16567 - 12 - 42.29 NCBI/Genome

Nannochloropsis gaditana 33.99 Ensamblaje 23 3558 - 4 15,496 104.67 Ensembl/

Genome

Aureococcus anophagefferens 56.66 En proyecto - 11522 - 2 38244 203.35 NCBI/Genome

Nannochloropsis oceanica 27.64 En proyecto 21 5633 5 18233 203.79 NCBI/Genome

Rangos - Phaeophyceae y Chrysophyceae(Algas cafés y doradas)

Rangos para Phaeophyceae y Chrysophyceae

Tamaño de genoma (Mb)

No. de genes Cantidad de pseudogénes

Densidad génica

27.64 3558 2 42.29

391.72 16567 12 203.79

• Presentan una gran variedad en morfología y modos de nutrición; la mayoría son fotoautótrofos, aunque también hay heterótrofos (osmótrofos y fagótrofos). Viven en la mayoría de los lagos y lagunas de aguas dulces limpias y frías, y algunas especies son marinas.

Aureococcus anophagefferens

Cercozoos y radiolarios

• Producen pseudópodos filiformes (filopadios).

• Se alimentan por medio de pseudópodos filiformes

• Fotótrofos

• Incluye clorarachniófilos (fotótrofos marinos con un flagelo) y foraminíferos (marinos con testas o caparazones que contienen carbonato de calcio).

• Heterótrofos

• Marinos

• Tienen pseudópodos filiformes como los cercozoos.

• Testas compuestas de sílice con simetría radial y formadas por una pieza única.

Amphisphaera aoteaBigelowiella natans

Cercozoos

Genero Edad del genoma

Tamaño Mb

GC% Genes Intrones Exones No. De cromosomas

Rango de numero de genes

Rangos de densidad

génica (#Genes/M

b)

Rangos de pseudo-

genesEstado del Genoma

Bigelowiella natans

---- 94.7 45 2630 86 8.8 3

2630 - 9730

27.77 -381.56

5

2 genomas ensamblados

pero incompletos.

Plasmodiophora brassicae

------- 25.5 58.5 9730

4 (por cada gen

de longitud

de 60 pb)

--- --- ---

1 genoma ensamblado

pero incompleto.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=cercozoahttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/822 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/38756 Arne Schwelm, et. al. The Plasmodiophora brassicae genome reveals insights in its life cycle and ancestry of chitin synthases, 2015. Scientific Reports.Bruce A. Curtis, et. al. Algal genomes reveal evolutionary mosaicism and the fate of nucleomorphs, 2012. Nature 492, 59–65.

Radiolarios

Genero Edad del genoma

TamañoMb

GC % Genes Intrones Exones No. De cromosomas

Rango de numero de genes

Rangos de densidad

génica (#Genes/Mb

)

Rangos de pseudo-

genesEstado del Genoma

Radiolarios (en general)

65.5 millones de años

--- --- --- --- --- 800 --- --- --- No se encontraron genomas ensamblados ni reportados

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=radiolaria http://protists.ensembl.org/Multi/Search/Results?species=all;idx=;q=Radiolaria;site=ensemblunithttps://gold.jgi-psf.org/projects?page=1&Project.Project+Name=radiolaria&count=25 Brad Harrub. Apologetics Press : Creación vs. Evolución, Se Reporta la Secuencia Inicial del Genoma del Chimpancé, 2005.

Juan Carlos Raya Pérez, César L. Aguirre Mancilla. El Papel del Silicio en los Organismos y Ecosistemas, 2012. Conciencia Tecnológica, pp. 42-46.

AmoebozoosSubgrupos: o Gymnamoebaso Entamoebaso Hongos mucosos

o Movimiento ameboideo (corrientes del plasma)

o No todos son patógenoso Fagocitano Mayoría unicelulares

Acuáticos y terrestres de vida libre

No son patógenos

Pseudópodos lobulados

Parásitos en cavidad oral o tracto intestinal

Son patógenos

Son móviles en superficies solidas

Viven en materia vegetal en descomposición

• Hongos mucosos celulares (se agregan)

• Hongos mucosos plasmoidales (mov. ameboideo)

o Tamaño del genoma: 11.89-99.59 mb o Número de genomas secuenciados:

o Según AmoebaDB: 19 secuencias completas sin anotar (en proyecto) y 11 secuencias completas anotadas.o Según NCBI 30 genomas completos

o Rangos de densidad génica: .33-3421.5 genes/ Mbo Rangos de pseudogenes: 3 - 693o % GC: 32 - 42% ( APROXIMADAMENTE )

Secuencias completas con anotación en

proyecto

especie fecha tamaño de genoma (Mb) No. Contigs

E. histolytica cepa Rahman 02/02/2011 25.2 20492A. astronyxis cepa desconocida 31/01/2015 83.24 15100

A. castellanii Ma 07/02/2015 79.13 29072A. sp Galka 31/01/2015 79.46 28942

A. sp Incertae sedis 29/01/2015 77.8 7134A. sp T4b-type 31/01/2015 84.38 29688

A. culbertsoni A1 31/01/2015 48.87 5845A. lenticulata PD2S 31/01/2015 59.29 21185A. lugdunensis L3a 29/01/2015 90.59 28971

A. mauritaniensis 1652 31/01/2015 99.59 28966A. palestinensis Reich 29/01/2015 73.61 12659

A. quina Vil3 07/02/2015 76.22 19748A. rhysodes Singh 31/01/2015 65.15 16388

A. triangularis SH621 31/01/2015 94.93 26357E. histolytica DS4-868 04/08/2010 19.76 1180

E. histolytica KU48 17/08/2010 16.68 1172E. histolytica MS96-3382 24/08/2010 19.02 1171

E. histolytica KU50 04/08/2010 11.89 1100E. histolytica HM-1:CA 04/08/2010 17.73 1172

http://amoebadb.org/amoeba/getDataset.do?question=GenomicSequenceQuestions.SequencesByTaxon&display=detail#6

Secuencias anotadas

especie fecha tamaño de genoma

(Mb)

No. Contigs Genes tipo densidad de genes

pseudogenes codificante de

proteinasgenes de tRNA

E. histolytica HM-1:IMSS-B

08/03/2013 12.78 1938 6301 102025.03

E. histolytica HM-1:IMSS-A

18/04/2013 12.29 1685 6325 31942.16

3

E. histolytica HM-3:IMSS

01/04/2013 13.83 1880 7358 31878.82

1

N. fowleri ATCC 30863

05/11/2014 29.62 1124 15731 1751862.2

31

E. nuttalli P19 27/09/2012 14.4 5233 6187 6 2325.2E. moshkovskii

Laredo15/10/2012 25.25 3460 12260 69

2048.02189

E. histolytica HM-1:IMSS

27/11/2009 20.8 1496 8201 272527.95

105

E. histolytica KU27 12/02/2013 15.27 1796 7455 14 2044.5E. invadens IP1 27/11/2009 40.89 1149 11539 412 3421.5 24

E. dispar SAW760 27/11/2009 22.96 3312 8744 1511 2238.9 7A. castellanii str. Neff 18/03/2013 42.02 (supercontig

) 38414973 464

2722.03693

http://amoebadb.org/amoeba/getDataset.do?question=GenomicSequenceQuestions.SequencesByTaxon&display=detail#6

En NCBI hay 30 genomas

secuenciados

especie fecha tamaño de genoma (Mb) codificante de proteinas

genes de tRNA pseudogenes No. De genes de rRNA

Entamoeba histolytica 05-jul-11 20.84 8,342 80 99

Acytostelium subglobosum

31 12,686

Entamoeba nuttalli 15-AUG-2014

14.4 6,193 6

Mastigamoeba balamuthi

48.61

Polysphondylium violaceum

04-AUG-2014

25.72

Physarum polycephalum

30-jun-14 166.47

Entamoeba dispar26-AUG-

200930.63 8,814 3

Acanthamoeba castellanii

14/11/2012

42.02 15,655 682

Dictyostelium discoideum

20-nov-09 34.13 13,892 163

Chr 1: 4.92 12,019 79 13

Chr 2: 8.48 3,431 91 46

Chr 3: 6.36 2,604 79 39

Chr 4: 5.45 2,183 33 23

Chr 5: 5.13 2,030 33 25

Chr 6: 3.6 1,498 87 17

Chr mit: .055564 63 18 2

plásmido nuclear dDp5: .014955

6

no conocido: .19 127 3

• El tamaño de su genoma es de 176.42Mb• Tiene alrededor de 60 000 genes , aproximadamente el doble

que el genoma humano y cerca del límite superior observado hasta ahora para los genomas eucariotas

• Aproximadamente se identificaron 60.000 genes codificadores de proteínas a lo largo de los seis cromosomas. Perdieron intrones.

• Parásito. Causante de thichomonasis una infección de transmisión sexual y se presentan alrededor de 170 millones de casos en todo el mundo al año

• 62% del genoma consiste en genoma repetitivo• Presenta aparentemente 152 genes adquiridos por transferencia

horizontal

ORGANISMO MODELO: Trichomonas vaginalis.

¿Para qué quiere un parásito como Trichomonas vaginalis tantos genes?

.

Borck Biology of Microorganisms 13ª Edition Microbiology pp. 593Pevsner J. Bioinformatics and functional genomics. 2009 Eukaryotic Genomes: From parasites to primates 2nd Edition. John Wiley & Sonss, Inc. (ed) pp. 732-733

http://d-nb.info/992780098/34