La Guerra de Reforma de México o también conocida cono la Guerra de los Tres Anos, transcurrió desde el 17 de diciembre de 1857 hasta el 1 de Enero de 1861, que culmina con la entrada de Juárez a la capital el país. Fue el conflicto armado que enfrentó a los dos bandos en que se encontraba dividida la sociedad mexicana: liberales y conservadores.

En 1857, la situación llegó a ser delicada, tanto que el Congreso Constitucional, que había elegido a Comonfort presidente de la república y a Benito Juárez presidente de la Suprema Corte de justicia, confirió al Ejecutivo facultades extraordinarias para gobernar.

La amenaza de golpe de Estado en el país y la debilidad del presidente parac actuar firme y decididamente, precipitó al estallamiento franco de la lucha. En diciembre de 1857 se proclamó el Plan de Tacubaya, el cual demandaba la derogación de la Constitución de 1857, la permanencia de Ignacio Comonfort en la presidencia y la convocatoria de un Congreso extraordinario, el cual se encargaría de elaborar otra carta constitucional que, según los conservadores, "garantizara los verdaderos intereses del pueblo"

Presionado por las circunstancias, Comonfort decidió unirse a los sublevados. Parte de su equipo de trabajo renunció a sus puestos mientras que Benito Juárez, presidente, I. Olvera y algunos diputados fueron conducidos a prisión. Los estados de la República se dividieron en aquellos que apoyaban al Plan de Tacubaya y los que defendían el orden constitucional: Los conservadores y los liberales.

Los conservadores, por su parte, presionaron a Comonfort para que derogara las reformas liberales, a lo cual él se negó. Luego, trató de buscar una reconciliación con el ala liberal; excarceló a Juárez y llevó a cabo enfrentamientos armados contra los conservadores, en los cuales saldría mal librado. Debido a lo anterior decidió no continuar en la lucha y abandonó el país dejándolo inmerso en una guerra civil. El ataque a Guadalajara, poco después de que en junio de 1859 se promulgaran las Leyes de Reforma, que establecían una clara separación entre Iglesia y el Estado.

En consecuencia se dan dos gobiernos paralelos. Uno encabezado por Benito Juárez y el otro presidido por Félix Zuloaga. El primero defendería el orden constitucional, mientras el segundo se encaminaría a su destrucción.

Leyes de Reforma.

Las leyes decretadas por Juárez conocidas como Leyes de Reforma , establecieron al fin la separación de la Iglesia y el Estado. Inicialmente fueron 3:

Ley Juárez: De 1855, suprimía los fueros del clero y del ejército y declaraba a todos los ciudadanos iguales ante la ley, promulgada por Benito Juárez.

Ley Lerdo: De 1856, obligaba a las corporaciones civiles y eclesiásticas a vender casas y terrenos y fue creada por Miguel Lerdo de Tejada (hermano de Sebastián Lerdo de Tejada).

Ley Iglesias: De 1857, prohibió el cobro de derechos y obvenciones parroquiales, el diezmo, promulgada por José María Iglesias.

Posteriormente, al trasladar su gobierno a Veracruz en 1859, Benito Juárez promulgó las siguientes reformas:

Ley de la nacionalización de los bienes eclesiásticos: Esta ley complementa la Ley Lerdo de desamortización de los bienes de la iglesia, con un cambio importante: los bienes ya no pasaban a manos de los rentistas (1859).

Ley del matrimonio civil: Establece que el matrimonio religioso no tiene validez oficial y establece el matrimonio como un contrato civil con el Estado (1859).

Ley orgánica del registro civil: Se declararon los nacimientos y defunciones como un contrato civil con el Estado (1859).

Ley de exclaustración de monjas y frailes: Se prohibió la existencia de claustros o conventos, y se decretó la salida de las religiosas y religiosos que ahí vivían.

Ley de libertad de Cultos: Esta ley permitió que cada persona fuera libre de practicar y elegir el culto que desee. Esta ley también prohibió la realización de ceremonias fuera de las iglesias o templos.

Pero mientras esos ordenamientos se convertían en realidad, la guerra civil había agotado y empobrecido al país. Un hecho externo determinó el resultado de la contienda y daría un giro radical a los acontecimientos: en 1859, el gobierno de Estados Unidos representado por James Buchanan reconoció al de Juárez y lo proveyó de grandes recursos materiales y económicos; el jefe del gobierno conservador, el general Miguel Miramón, sabedor de la gran influencia estadounidense en la política mexicana, promovió infructuosamente una conciliación entre ambos bandos.

Después de tres años de guerra civil, las fuerzas liberales encabezadas por el general Jesús González Ortega, enfrentaron la que sería la última batalla contra las fuerzas conservadoras dirigidas por Miramón el 22 de Diciembre de 1860. Los liberales vencieron a los debilitados conservadores definitivamente en la batalla de Calpulapan en el Estado de México el 22 de diciembre de 1860, y finalmente el 1 de enero de 1861, Juárez hizo su entrada triunfal a la capital.

Poco tiempo antes de que esto sucediera, pero convencido ya de la victoria de las fuerzas constitucionalistas sobre las reaccionarias, Juárez expidió el 6 de noviembre de1860, una convocatoria para las elecciones de diputados al Congreso de la Unión y para Presidente constitucional de la República en un plazo de dos meses. Tras la votación, el Congreso declaró presidente constitucional a Benito Juárez y a González Ortega presidente de la Suprema Corte de Justicia.