JmolPor: Wilian Bravo

¿Qué es Jmol?

Jmol es un visor de moléculas gratuito y de código abierto para estudiantes, profesores e investigadores en química y bioquímica. Es multiplataforma, compatible con sistemas Windows, Mac OS X y Linux/Unix.

JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web.

La aplicación Jmol es un programa autónomo en Java que funciona localmente en el ordenador, fuera del navegador.

JmolViewer es un conjunto de herramientas de desarrollo que se puede integrar en otros programas Java.

Características de Jmol

Software gratuito y de código abierto autorizado bajo la GNU Lesser General Public License

Miniaplicación (applet), aplicación y componente para la integración en sistemas JmolApplet es una miniaplicación para el navegador web que puede integrarse en páginas web. Es ideal para el desarrollo de material docente a través de la web y para bases de datos químicas accesibles por internet.

La aplicación Jmol es un programa autónomo que se ejecuta localmente en el ordenador.

JmolViewer puede integrarse como un componente dentro de otros programas Java.

Características de Jmol

Multi-idioma Traducido a numerosos idiomas: alemán (de), catalán (ca), checo (cs), coreano (ko), danés (da), español (es), estonio (et), francés (fr), holandés (nl), húngaro (hu), italiano (it), noruego Bokmal (nb), polaco (pl), portugués (pt), portugués de Brasil (pt_BR), ruso (ru), sueco (sv), turco (tr) (además del inglés nativo, en-US).

Adopta automáticamente el idioma del sistema operativo del usuario, si está entre las traducciones disponibles. Puedes cambiarlo a otro si quieres.

Se puede añadir cualquier idioma (si esta disponible).

Características de Jmol

Multiplataforma Windows Mac OS X Linux / Unix

Características de Jmol

Compatible con los principales navegadores Internet Explorer (Win32)

Mozilla o Firefox (Win32, OSX, *nix) Safari (Mac OS X) Opera 7.5.4 (sólo en Win32) Konqueror (Linux) IceWeasel (Linux)

Representación gráfica tridimensional de alto rendimiento sin requisitos de hardware 3D

Características de Jmol

Formatos de archivo compatibles CIF/mmCIF - Crystallographic Information File and Macromolecular

Crystallographic Information File, formatos estándar de la Unión Internacional de Cristalografía

CML - Chemical Markup Language (lenguage químico de marcado) CSF - estructura química de Fujitsu CAChe, ahora Fujitsu Sygress CTFile - Tabla química de Elsevier MDL GAMESS - General Atomic and Molecular Electronic Structure System output,

Gordon Research Group, Iowa State University Gaussian 94/98/03 formato de salida - Gaussian, Inc. Ghemical HIN - HyperChem de Hypercube, Inc. Jaguar - Schrodinger, LLC MM1GP - Ghemical, mecánica molecular MOL - estructura, de Elsevier MDL

MOLPRO - formato de salida de Molpro MOPAC - formato de salida de MOPAC 93/97/2002 (dominio público)

- MOPAC 2007 (v.7.101) formato de salida graphf (archivos .mgf) (public domain)

NWCHEM - formato de salida de NWChem, Pacific Northwest National Laboratory

odydata - datos de Odyssey, WaveFunction, Inc. PDB - Protein Data Bank, Research Collaboratory for Structural

Bioinformatics QOUT - Q-Chem, Inc. SDF - estructura de Elsevier MDL SHELX - Structural Chemistry Department, University of Göttingen

(Germany) SMOL - datos de Spartan, Wavefunction, Inc. spinput - Spartan data, Wavefunction, Inc. xodydata - datos XML de Odyssey, WaveFunction, Inc. XYZ - archivo XMol de Minnesota Supercomputer Institute XYZ+vib -formato XYZ con información de vectores de vibración XYZ-FAH - archivo XYZ de Folding@home * Los archivos comprimidos con gzip se descomprimen automáticamente

Animaciones Vibraciones Respaldo básico para la celdilla unidad y operaciones de

simetría Formas esquemáticas para las estructuras secundarias de

biomoléculas Mediciones distancia ángulo ángulo de torsión o diedro Compatibilidad con el lenguaje de instrucciones de

RasMol/Chime Biblioteca de apoyo en JavaScript Exporta a .jpg, .png, .ppm, .pdf y PovRay

Características de Jmol

Colores usados por Jmol

H He

Li Be B C N O F Ne

Na Mg Al Si P S Cl Ar

K Ca Sc Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br Kr

Rb Sr Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn Sb Te I Xe

Cs Ba L* Hf Ta W Re Os Ir Pt Au Hg Tl Pb Bi Po At Rn

Fr Ra A* Rf Db Sg Bh Hs Mt                  

 

  (L:) La Ce Pr Nd Pm Sm Eu Gd Tb Dy Ho Er Tm Yb Lu  

  (A:) Ac Th Pa U Np Pu Am Cm Bk Cf Es Fm Md No Lr

Colores Residuos: aminoácidos, nucleótidosProteína“amino”

 Proteína“shapely”

Ala [200,200,200]

C8C8C8      [140,255,140]

8CFF8C   

Arg [20,90,255]

145AFF      [0,0,124] 00007C   

Asn [0,220,220]

00DCDC      [255,124,112]

FF7C70   

Asp [230,10,10]

E60A0A      [160,0,66] A00042   

Cys [230,230,0]

E6E600      [255,255,112]

FFFF70   

Gln [0,220,220]

00DCDC      [255,76,76]

FF4C4C   

Glu [230,10,10]

E60A0A      [102,0,0] 660000   

Gly [235,235,235]

EBEBEB      [255,255,255]

FFFFFF   

His [130,130,210]

8282D2      [112,112,255]

7070FF   

Ile [15,130,15]

0F820F      [0,76,0] 004C00   

Leu [15,130,15]

0F820F      [69,94,69] 455E45   

Lys [20,90,255]

145AFF      [71,71,184]

4747B8  

Met [230,230,0] E6E600     [184,160,66]

B8A042   

Phe [50,50,170] 3232AA      [83,76,82] 534C52   

Pro [220,150,130]

DC9682      [82,82,82] 525252   

Ser [250,150,0] FA9600     [255,112,66]

FF7042   

Thr [250,150,0] FA9600      [184,76,0] B84C00   

Trp [180,90,180]

B45AB4      [79,70,0] 4F4600   

Tyr [50,50,170] 3232AA     [140,112,76]

8C704C   

Val [15,130,15] 0F820F     [255,140,255]

FF8CFF   

Asx [255,105,180]

FF69B4      [255,0,255] FF00FF   

Glx [255,105,180]

FF69B4      [255,0,255] FF00FF   

otro [190,160,110]

BEA06E      [255,0,255] FF00FF   

Carga formal

Carga  

-4 [255,0,0] FF0000   

-3 [255,64,64] FF4040   

-2 [255,128,128]

FF8080   

-1 [255,192,192]

FFC0C0   

0 [255,255,255]

FFFFFF   

1 [216,216,255]

D8D8FF   

2 [180,180,255]

B4B4FF   

3 [144,144,255]

9090FF   

4 [108,108,255]

6C6CFF   

5 [72,72,255] 4848FF   

6 [36,36,255] 2424FF   

7 [0,0,255] 0000FF   

Enlaces de hidrógeno

Distancia  

+2 FFFFFF   

+3 (giros) FF00FF   

+4 (hélice )α FF0000   

+5 FFA500   

-3 00FFFF   

-4 00FF00   

otra (lámina )β FFFF00   

pares de bases FF8080